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[新手求助] 如何构建氢自由基进攻位置的问题

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各位老师,我在找氢自由基进攻4号碳的过渡态,但是氢的位置一直摆放的不对,能量变化也一直上升,麻烦老师您可以看一下我的输入文件
能指点我一下。万分感谢。

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发表于 Post on 2019-12-7 19:28:42 | 只看该作者 Only view this author
过渡态初猜明显不合适,既然要进攻4号原子,怎么也得把周围的键往后掰
我建议你先把产物结构优化出来,这样便于你判断过渡态该怎么摆(应介于反应物和产物之间)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-7 19:45:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-7 19:28
过渡态初猜明显不合适,既然要进攻4号原子,怎么也得把周围的键往后掰
我建议你先把产物结构优化出来,这 ...

好的,老师。谢谢老师的回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 22:13:57 | 只看该作者 Only view this author
朱陈 发表于 2019-12-7 19:45
好的,老师。谢谢老师的回复

非常抱歉打扰您了,我调整了结构找了两天的过渡态,其震动方向不是氢向碳4运动,我上传了用B3LYP/6-311G**优化后的
反应物和生成物以及我初猜的结构,麻烦老师您看一下,我过渡态的结构需要怎么调整。再次感谢老师您了。

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发表于 Post on 2019-12-15 11:36:33 | 只看该作者 Only view this author
朱陈 发表于 2019-12-8 22:13
非常抱歉打扰您了,我调整了结构找了两天的过渡态,其震动方向不是氢向碳4运动,我上传了用B3LYP/6-311G* ...

把product里C4-H26做个拉长的柔性扫描,用极大点位置作为过渡态初猜
注意要以对称破缺方式计算,否则没法正确表现解离曲线,参考下文里相关例子
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2019-12-15 12:28:14 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
您确定氢自由基进攻存在能垒?

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