VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

wypkdhd

qzm 发表于 2024-4-6 12:10
老师，按照您这个教程，我已经完美编译vasp了，非常感谢，请问出个编译安装CP2K的教程吗

不过cp2k可以参考论坛内刘锦程老师的帖子，甚至cp2k官网给的都很详细。

_Fun

老师你好，在编译vasp5.4.4的时候出现了如下错误：
make[3]: Entering directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
fpp -f_com=no -free -w0 preclib.F preclib.f90
make[3]: fpp: Command not found
make[3]: *** [preclib.f90] Error 127
make[3]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[1]: *** [lib] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2
还请老师指导下
处理器AMD，centos7系统，编译器Intel Parallel Studio XE 2019

Wuwei

_Fun 发表于 2024-5-20 15:15
老师你好，在编译vasp5.4.4的时候出现了如下错误：
make[3]: Entering directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/b ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 23583&fromuid=49424看下这个？ 我遇到相同的问题，通过3楼的回答解决了

Wuwei

【已经解决，仅供参考】
在安装intel mpi 2015的时候，出现下边的情况
Please type the full path to the installation:/opt/intel

Select the target software(s) which you will install
1.intel-2015.2.164
2.intelmpi-5.0.2.044
3.ALL
Enter your selection:2
[ww] Info: Installing IntelMPI (with intel), please wait a minute ...
Intel does not installed, please install Intel Compiler firstly!
有大佬知道这是啥情况吗？

以下步骤可能有无效的内容，仅供参考
通过重装之后能够找到编译器
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install --reinstall libc6 libc6-dev

~/.bashrc中加入以下环境配置
    source /opt/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/env/vars.sh
    source ~/.bashrc
删除/opt/intel/mpi/下之前关于intelmpi-5.0.2.004的文件夹(我的主机中，该目录下只有一个文件夹)
重新运行./hpcsoft

Qingming

老师您好，我先前用的oneapi编译的vasp，现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory。请问是怎么回事，应该怎么解决啊？谢谢老师

wypkdhd

Qingming 发表于 2024-9-29 18:27
老师您好，我先前用的oneapi编译的vasp，现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while  ...

输入which mpiexec 显示啥？我这边已经毕业，有情况首页有群，群里艾特。

后到咸阳斯蒂庞

楼主您好，我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题，,在mpi安装过程当中并无报错，5.4.4版本可以正常运行，但当运行vasp.6.3.2时会出现：vasp_cellopt: symbol lookup error: vasp_cellopt: undefined symbol: mpi_f08_compile_constants_mp_mpi_info_null_的报错。想请教一下各位这个问题该如何解决。

wypkdhd

后到咸阳斯蒂庞 发表于 2024-10-31 20:49
楼主您好，我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题，,在mpi安装过程当中并无报错，5.4.4版本可以正 ...

兄弟，我记得vasp6对mpi版本有最低要求。。。不行您老老实实用oneapi吧，那个一点问题没有，用oneapi2023年版本即可。

zzaa

wypkdhd 发表于 2023-9-19 20:22
你可以输入 which mpiexec 和which ifort 看返回值，如果都没有。那说明你没加载环境， 看我帖子两行命令 ...

你好，感谢大佬的解答，想问下，安装这个库，命令行就可以操作，还是需要桌面选择啊，我们自己的服务器不在身边，是通过远程连接的，我想如果没有必要，我就不到机器旁边了

L4tte

楼主你好，我在运行非root的步骤之后，在集群上提交slurm脚本，遇到了报错，似乎是无法与节点连接？）

----------out.log 内容：

y01是节点名字    kxz是我的用户名

mpiexec_y01(): cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_kxz); possible causes:
  1. no mpd is running on this host
  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)

----------err.log 内容：
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory

请问是发生了什么。。。。。

L4tte

网上有些是说mpd未启动，在slurm脚本上加上mpd命令之后err.log的报错更诡异了


/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd:1049: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\['
  cmd = "/usr/bin/cpuset -q " + cpuset + " -Q | grep ' CPU\[' | wc -l"
  File "/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd", line 1813
    logFileFD = os.open(self.logFilename,os.O_CREAT|os.O_WRONLY|os.O_EXCL,0600)
                                                                          ^
SyntaxError: leading zeros in decimal integer literals are not permitted; use an 0o prefix for octal integers
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory

L4tte

后来发现直接提交VASP的任务不会报错，前面的报错对应的任务是运行了遗传算法，算法中间会调用VASP计算，但是看报错信息，应该是算法还没开始就报错了

GauCPGro

您好，soft-hpc的链接过期了，我加群问了没有要到，方便再分享一个吗？谢谢