VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

这个世纪的我

老师您好，请问“2020.2.16更新关于各种报错，内存满载报错（任务跑了一段时间自动停止）等一些列有关mpi不兼容的问题。更新提任务后后台任务stopped的问题。”体现在正文哪里了，我没有找到。
我现在遇到了：forrtl: severe (41): insufficient virtual memory，BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES的错误。该错误在运行任务的过程中，概率发生，vasp544，用2021onempi编译的。机器内存64g，正常运行时占用10g左右。尝试加上了ulimit -s unlimited没有用。感谢老师的解答，谢谢！

jiongjiong

wypkdhd 发表于 2021-12-4 11:49
[root@localhost ~]# ~/.vaspkit
-bash: /root/.vaspkit: Permission denied

谢谢 楼主

wypkdhd

这个世纪的我 发表于 2021-12-6 19:35
老师您好，请问“2020.2.16更新关于各种报错，内存满载报错（任务跑了一段时间自动停止）等一些列有关mpi不 ...

体现在用了mpi2015。

hzliew

compilation aborted for /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/mkl/
interfaces/fftw3xf/wrappers/fftw_alignment_of.c (code 2)
make[1]: *** [makefile:150：obj_intel/fftw_alignment_of.o] 错误 2
make[1]: 离开目录“/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/mkl/interf
aces/fftw3xf”
这种错误怎么处理啊

wypkdhd

hzliew 发表于 2021-12-7 21:33
compilation aborted for /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/mkl/
interfaces/fftw3xf ...

建议看看装完intel之后，是否成功source了，看看文中有几个which命令。

这个世纪的我

wypkdhd 发表于 2021-12-7 09:21
体现在用了mpi2015。

感谢老师，之前以为这一块只是解决的内存溢出，重复了以后没有报错了，谢谢！

lufei

老师，您好，我是一个纯新手，刚刚安装了vasp，运行测试文件的时候，出现了这个问题，报错forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，请问一下这个怎么解决

wypkdhd

lufei 发表于 2022-1-4 09:59
老师，您好，我是一个纯新手，刚刚安装了vasp，运行测试文件的时候，出现了这个问题，报错forrtl: severe ( ...

表示你可以详细描述下你怎么装的，现在是虚拟机还是服务器，服务器配置是啥。

snljty

最近遇到一个诡异的情况，在一台CentOS 8 Stream实体机（已安装OneAPI，使用其编译器安装Intel MPI 2015）这个2015版本的Intel MPI安装过程中卡死（已写完/etc/profile.d/mpi*.sh），几个小时无反应，终端无响应。检查top发现一个叫pmi_proxy的进程占了100%的CPU，kill命令无法杀掉。强行关闭终端后该版本mpi的wrapper如mpicc等似乎能正常使用，但mpirun无法正常使用。重启系统后加载环境，用mpirun跑任意命令都会卡死，CPU占用100%（指单核），同样是pmi_proxy进程占满。不知道该从哪个角度排障，还请赐教。

wypkdhd

snljty 发表于 2022-3-8 20:25
最近遇到一个诡异的情况，在一台CentOS 8 Stream实体机（已安装OneAPI，使用其编译器安装Intel MPI 2015） ...

这我琢么了好久，难不成你装的时候，oneapi里面自带的新版本mpi没注释掉，冲突了？然后pmi_proxy 就是mpi的进程，你问我咋办，我还真的没遇到过。上面理由纯粹猜测。
我这边正常是这样/opt/intel/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/pmi_proxy --control-port localhost:38763 --pmi-connect lazy-cache --pmi-a。。oneapi我没装过，装2019 2018 intel的时候，bashrc里面不能写source *****/bin/psxevars.sh和mpivars.sh intel64，只能写compilervars.sh intel64和mklvars.sh intel64

snljty

wypkdhd 发表于 2022-3-10 15:33
这我琢么了好久，难不成你装的时候，oneapi里面自带的新版本mpi没注释掉，冲突了？然后pmi_proxy 就是mpi ...

不是的，我环境一开始是空的，然后要装mpi2015才source /opt/intel/oneapi/compiler/latest/env/vars.sh intel64，并没有加载其他环境。不过谢谢您的回复！

wypkdhd

snljty 发表于 2022-3-10 15:51
不是的，我环境一开始是空的，然后要装mpi2015才source /opt/intel/oneapi/compiler/latest/env/vars.sh  ...

不好意思，我太菜了，帮不了你。确实想不通，可能在你加载vars.sh时候里面包含的psxevars.sh还是psxevars.sh，这只能vi看一下vars.sh，因为psxevars.sh 包含了运行mpi的脚本，意味着那时候你的新版mpi正在运行着，然后你装老版本mpi，如果两个冲突肯定gg，可以加载玩vars.sh后，which mpiexec看看当前运行的mpi是谁。

snljty

wypkdhd 发表于 2022-3-10 16:32
不好意思，我太菜了，帮不了你。确实想不通，可能在你加载vars.sh时候里面包含的psxevars.sh还是psxevars ...

这个我倒是确定没弄错，不管是看$PATH还是which mpicc或者which mpirun之类的结果...顺便您太谦虚了

枝江向大头

楼主你好，请问MPI内存不释放是指的是vasp进程内存越占越大是么。最近有个结构总是跑几个小时没报错就停止了，和这个有关系么，内存的确是越占越大但还没有占满，使用的2019MPI

wypkdhd

枝江向大头 发表于 2022-3-12 09:22
楼主你好，请问MPI内存不释放是指的是vasp进程内存越占越大是么。最近有个结构总是跑几个小时没报错就停止 ...

是的，就是内存越跑越大，通过free -h 或者top 可以看到可用越来越少，直到报错。