计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

[复制链接 Copy URL]

1481

帖子

0

威望

4552

eV
积分
6033

Level 6 (一方通行)

16#
发表于 Post on 2023-1-15 13:23:04 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2023-1-15 13:20
我用的是gaussian算的,不是orca。。

我说的就是RESP_ORCA.sh,拖到最后,你就会看到需要注释的那一行

存为pdb以后,用gv打开,存为mol2格式就行了。
又菜又爱玩

65

帖子

0

威望

358

eV
积分
423

Level 3 能力者

17#
发表于 Post on 2023-1-15 15:11:06 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-1-15 13:23
我说的就是RESP_ORCA.sh,拖到最后,你就会看到需要注释的那一行

存为pdb以后,用gv打开,存为mol2格 ...

我用的是舍长的利用高斯脚本算的。那不行我再装个orca,用你的方法注释一下,再算一下

65

帖子

0

威望

358

eV
积分
423

Level 3 能力者

18#
发表于 Post on 2023-1-15 15:34:36 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-1-15 13:15
终于看到有人和我一样了。
我是注释掉了这一行
#rm SP.* SP_* Nval.txt

我明白了,我把脚本里的最后部分的rm 语句删除就可以保留优化完的结构了,谢谢哈

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-16 04:13:11 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2023-1-15 13:03
请问老师,利用基于结构文件傻瓜式一键调用Gaussian和Multiwfn计算RESP2电荷的方法 用脚本一键得到了电荷, ...

脚本产生的.chg文件里的坐标本来就是优化完的坐标,根本不需要再额外折腾什么
如果想转为其它格式,用Multiwfn载入chg文件,主功能100的子功能2选择相应选项就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

358

eV
积分
423

Level 3 能力者

20#
发表于 Post on 2023-1-16 08:12:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-16 04:13
脚本产生的.chg文件里的坐标本来就是优化完的坐标,根本不需要再额外折腾什么
如果想转为其它格式,用Mu ...

原来是这样, 谢谢sob老师

2

帖子

0

威望

371

eV
积分
373

Level 3 能力者

21#
发表于 Post on 2023-2-21 02:29:40 | 只看该作者 Only view this author
请教下关于给MD的磷酸化的有机分子配体算resp电荷的问题:
请问这里‘阴离子,个人建议用def2-TZVP加弥散的版本ma-TZVP’ 的阴离子包不包括净电荷为负的磷酸化的有机分子?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-21 02:40:42 | 只看该作者 Only view this author
czl 发表于 2023-2-21 02:29
请教下关于给MD的磷酸化的有机分子配体算resp电荷的问题:
请问这里‘阴离子,个人建议用def2-TZVP加弥散的 ...

包括
为了节约时间,可以只对磷酸基部分带弥散
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

183

帖子

0

威望

1028

eV
积分
1211

Level 4 (黑子)

23#
发表于 Post on 2023-10-17 11:51:31 | 只看该作者 Only view this author
(1)老师,请问 【如果是带电体系或局部带显著电荷的体系则应当在溶剂模型表现实际溶剂环境下进行优化】,然后是用溶剂优化的结构算气相下的单点吗?
(2)即电荷是否要求气、液结构相同,谢谢~
科音学员

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

24#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-17 21:09:57 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2023-10-17 11:51
(1)老师,请问 【如果是带电体系或局部带显著电荷的体系则应当在溶剂模型表现实际溶剂环境下进行优化】, ...

算RESP2(0.5)电荷需要气相和溶剂环境下都算单点得到波函数文件,得到各自的RESP电荷然后求平均。此类体系优化时应当在溶剂模型下做,不牵扯到在气相下优化结构,即便算气相下的RESP电荷也要用溶剂下优化的结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1229

eV
积分
1465

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

25#
发表于 Post on 2023-10-25 20:50:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JCenter 于 2023-10-25 21:10 编辑
sobereva 发表于 2023-10-17 21:09
算RESP2(0.5)电荷需要气相和溶剂环境下都算单点得到波函数文件,得到各自的RESP电荷然后求平均。此类体系 ...

老师,对于计算中性溶质分子的RESP2(0.5),我的结构优化是在iefpcm溶剂模型而非气相下进行的。这样做可以吗。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

26#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 05:38:40 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-10-25 20:50
老师,对于计算中性溶质分子的RESP2(0.5),我的结构优化是在iefpcm溶剂模型而非气相下进行的。这样做可以 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

27#
发表于 Post on 2023-11-2 22:17:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-17 21:09
算RESP2(0.5)电荷需要气相和溶剂环境下都算单点得到波函数文件,得到各自的RESP电荷然后求平均。此类体系 ...

老师,这个话的意思是如果是阴离子,那第一步的结构优化就直接考虑实际溶剂环境嘛?然后再分别计算气相的单点能和实际溶剂下的单点能嘛?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

28#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 03:13:12 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-11-2 22:17
老师,这个话的意思是如果是阴离子,那第一步的结构优化就直接考虑实际溶剂环境嘛?然后再分别计算气相的 ...

建议如此
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

29#
发表于 Post on 2023-11-3 07:46:18 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

4

帖子

0

威望

57

eV
积分
61

Level 2 能力者

30#
发表于 Post on 2023-12-7 11:23:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,基团修饰的周期性表面计算电荷也可以使用这种方式吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 02:33 , Processed in 0.201439 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list