计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

31#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-8 05:59:45 | 只看该作者 Only view this author
ZhangChuanzheng 发表于 2023-12-7 11:23
老师,您好,我想问一下,基团修饰的周期性表面计算电荷也可以使用这种方式吗?

这类体系建议用CP2K算REPEAT电荷,参考下文
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
此外,在北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里有完整算REPEAT电荷的例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

206

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1325

Level 4 (黑子)

终身学习

32#
发表于 Post on 2024-2-5 13:51:51 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在模拟硫酸化修饰的蛋白时,模仿http://sobereva.com/441中的计算ACE-ASP-NME的做法计算了B3LYP-D3/6-311G**水平下被修饰残基的RESP电荷,然后再进一步求得RESP2电荷。最终模拟出的结果没有观察到明显的不合理性,但是由于硫酸根带有明显的负电荷,是否应该加上弥散函数重新计算。
Open source enables open science.

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

33#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-6 04:58:29 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-2-5 13:51
老师好,我在模拟硫酸化修饰的蛋白时,模仿http://sobereva.com/441中的计算ACE-ASP-NME的做法计算了B3LYP- ...

硫酸根那几个氧原子应当带上弥散

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Seyilaxa + 5 谢谢老师!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

39

eV
积分
44

Level 2 能力者

34#
发表于 Post on 2024-5-20 23:55:31 | 只看该作者 Only view this author
tsyjcyh 发表于 2022-6-9 09:36
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

请问你是在Windows下使用Linux虚拟机运行这个脚本吗?我使用Windows怎么没有办法运行RESP.sh和RESP2.sh脚本?

5

帖子

0

威望

39

eV
积分
44

Level 2 能力者

35#
发表于 Post on 2024-5-20 23:58:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想请问一下我的分子如果是在乙醇和水的混合溶液里面反应的话,这个时候计算我的分子RESP2原子电荷应该在什么溶剂模型条件下去计算单点能?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

36#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 01:00:50 | 只看该作者 Only view this author
raymond 发表于 2024-5-20 23:55
请问你是在Windows下使用Linux虚拟机运行这个脚本吗?我使用Windows怎么没有办法运行RESP.sh和RESP2.sh脚 ...

Shell脚本显然不可能直接在Windows下运行,看下文了解点基本常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

对于Windows用户,要么vmware虚拟机里的linux客户机里运行,要么WSL里运行(我不推荐)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

37#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 01:02:11 | 只看该作者 Only view this author
raymond 发表于 2024-5-20 23:58
sob老师您好,我想请问一下我的分子如果是在乙醇和水的混合溶液里面反应的话,这个时候计算我的分子RESP2原 ...

用混合溶剂
定义方式看下文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

此时应当手动用量化程序结合Multiwfn计算RESP2电荷,不适合用我的脚本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

39

eV
积分
44

Level 2 能力者

38#
发表于 Post on 2024-5-21 09:57:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 01:02
用混合溶剂
定义方式看下文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

好的懂了,谢谢sob老师

1

帖子

0

威望

17

eV
积分
18

Level 1 能力者

39#
发表于 Post on 2024-12-15 21:34:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我是一个新手,我现在做的是蛋白质和配体的MD。我是通过分子对接的方式得到了复合物的结构后再去做MD的,此时我选择了结合能最低的复合物构象。我想问的是此时用RESP2计算配体的原子电荷时,需要用RESP2.sh对配体进行结构优化吗,还是用RESP2_noopt.sh?谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

40#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-16 02:24:31 | 只看该作者 Only view this author
ptttt88454 发表于 2024-12-15 21:34
sob老师您好,我是一个新手,我现在做的是蛋白质和配体的MD。我是通过分子对接的方式得到了复合物的结构后 ...

构象选用问题参考下文文末的讨论,对RESP还是RESP2(0.5)都一样
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 06:27 , Processed in 0.283566 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list