批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本

小苹果 · 发表于 Post on 2020-2-11 12:12:03

sobereva 发表于 2020-2-11 11:54
6和10位的差异可以充分忽略，凭我的经验小数点第七位之后的差异绝对不可能造成在电子态能量横向比较问题 ...

好的，谢谢老师。

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-2-11 12:33:56

小苹果发表于 2020-2-11 01:35
直接从Gaussian结果文件中批量提取TDDFT的S1态的能量和振子强度输出到txt或excel文件怎么写，在论坛中找 ...

脚本已更新：
Extract TDDFT information from Gaussian16 output files [ added on 2020.02.10 ]

小苹果 · 发表于 Post on 2020-2-11 15:01:38

冰释之川发表于 2020-2-11 12:33
脚本已更新：
Extract TDDFT information from Gaussian16 output files [ added on 2020.02.10 ]

非常感谢，我学习学习。

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-4-3 22:10:48

本帖最后由冰释之川于 2020-4-8 08:46 编辑

2020.04.07更新：
在Extraction_Scripts.sh脚本中新增对ORCA输出的热力学量的提取以及对xtb输出的SPE进行提取
5 Extract Zero-point energy (ZPE) and thermal correction to G, H and U (Gcorr, Hcorr, and Ucorr) from ORCA-4.2.1 output files [updated on 2020.04.03 ]
8 Extract SPE from xtb-6.3(pre) output files [ updated on 2020.04.07 ]

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-5-12 21:46:28

2020.05.12更新：
在Extraction_Scripts.sh脚本中新增利用Shermo 2.0对Gaussian/ORCA/GAMESS-US/NWChem频率任务输出文件计算热力学校正量。
9 Calculate ZPE, Gcorr, Hcorr, and Ucorr by using Shermo 2.0 [ updated on 2020.05.12 ]

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-5-12 23:23:24

附上批量修改gjf关键词的bash脚本，是在sob老师的基础上修改的

#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do

sed '1c %nprocshared=64' ${inf} > ${inf}.txt
sed '2c %mem=32GB' ${inf}.txt > ${inf}
sed '4c #p M062X/Def2TZVP SCRF(Solvent=Ethanol) int=ultrafine freq geom=allcheck guess=read' ${inf} > ${inf}.txt

cp ${inf}.txt ${inf}
done
rm *.txt

Aridea · 发表于 Post on 2021-5-16 01:55:04

666,很棒的脚本，谢谢分享！

skdmax · 发表于 Post on 2021-5-16 08:23:46

OPT FREQ任务的out文件可以转化成gjf文件吗?我用这个时候转出来都是空白的。

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-5-17 08:18:11

skdmax 发表于 2021-5-16 08:23
OPT FREQ任务的out文件可以转化成gjf文件吗?我用这个时候转出来都是空白的。

可以啊，我一直在用优化任务的输出文件转成gjf，你贴一下你的*.out文件看看

skdmax · 发表于 Post on 2021-5-17 16:50:54

谢谢您

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-5-18 08:16:20

skdmax 发表于 2021-5-17 16:50
谢谢您

PAd3_opt2gjf.7z (212.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
我这边转换没问题啊

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2021-6-24 19:31:26

冰释之川发表于 2020-2-8 15:59
这是调用Multiwfn批量输出gjf的，要取10位小数得改Multiwfn了
关于输出的gjf如何批量改关键词，我 ...

请问冰老师，我用multiwfn批量生成gjf文件以后，按照这里的方法用notepad++把第一行换成了新的三行（chk路径、内存、关键词），在集群上提交一直报错。
我在windows下的notepad++窗口中看到的是三行，但是报错内容显示我的输入文件有错，显示的是前三行在一行里。
然后我在集群的ssh终端窗口中打开输入文件，显示是这样：

这些 ^M, 不知道为什么在notepad++里就看不到，请问是格式的问题么？
谢谢老师！

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-6-24 20:46:58

万卷书万里路发表于 2021-6-24 19:31
请问冰老师，我用multiwfn批量生成gjf文件以后，按照这里的方法用notepad++把第一行换成了新的三行（chk ...

linux命令dos2unix filename，直接把文件转换为unix格式

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2021-6-30 17:19:11

冰释之川发表于 2021-6-24 20:46
linux命令dos2unix filename，直接把文件转换为unix格式

谢谢老师！处理好了

Y30181009 · 发表于 Post on 2021-7-16 18:15:42

冰老师在使用Extraction_Scripts.sh 的子功能3 Extract TDDFT information from Gaussian16 output files输出S1信息的时候没有输出S1单点能，冰老师如果想输出S1单点能的话需要怎么改一下脚本？

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[辅助/分析程序] 批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本

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