如何通过MD模拟得到红外光谱

fsh · 发表于 Post on 2020-2-7 01:46:15

通过MD模拟得到红外光谱，看网上有两种说法：一种是通过偶极矩自相关函数的傅里叶变化得到红外光谱；另一种是通过速度自相关函数的傅里叶变化；
第一种应该是没有问题的。但是第二种通过速度自相关函数的傅里叶变换得到的不应该是声子态密度吗？有说需要在进行一些修正才能得到红外光谱，想请教一下是如何修正呢？
还有个问题：对于常见的xyz或pdb轨迹文件有程序或脚本能快速计算出各帧的总偶极矩随时间的变化序列吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-7 02:28:21

xyz和pdb根本不记录原子电荷信息，显然算不了偶极矩。

能记录含有电荷信息的多帧、通用的文件格式是pqr。参考比如
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425（http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html）

如果是gmx，也有专门的办法读入电荷
将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法
http://sobereva.com/365（http://bbs.keinsci.com/thread-5417-1-1.html）

VMD直接就有measure dipole命令对特定的选区对象计算偶极矩。

fsh · 发表于 Post on 2020-2-7 18:11:20

sobereva 发表于 2020-2-7 02:28
xyz和pdb根本不记录原子电荷信息，显然算不了偶极矩。

能记录含有电荷信息的多帧、通用的文件格式是pqr ...

明白了，谢谢老师

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-20 11:15:41

楼主这个Gromacs做红外光谱的方法搞定没有？教教我怎么弄。

可救救孩子吧 · 发表于 Post on 2021-9-29 14:27:54

lao7 发表于 2020-11-20 11:15
楼主这个Gromacs做红外光谱的方法搞定没有？教教我怎么弄。

我也想学

lao7 · 发表于 Post on 2021-10-15 00:02:35

可救救孩子吧发表于 2021-9-29 14:27
我也想学

别学了我当时绘制出来了不够精细比不上高斯

wildon · 发表于 Post on 2023-4-20 12:07:23

请问如何通过偶极矩自相关函数的傅里叶变化得到红外光谱，有没有相关资料可以查阅

goldNAN · 发表于 Post on 2023-4-20 13:33:10

第二种是声子态密度，包含了所有的振动模式，包含红外active 和红外 inactive的
第一种才是正确的，参见文献【Computing vibrational spectra from ab initio molecular dynamics】
gmx计算的方法见链接https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E5%85%89%E8%B0%B1/

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