使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-27 13:18:46

本帖最后由欢乐多于 2020-6-27 13:57 编辑

喵星大佬发表于 2020-6-27 11:08
没有，单晶结构就是只有在无限重复的情况下成立的。只有几个分子连完整的晶胞都构建不出来。
一般来说只 ...

好的，老师，感谢回复！
那么我可以从晶胞中抠出来几个分子，计算分析分子间相互作用（Hirshfeld surface），还可以用Multiwfn去考察晶体的哪些特征能够使研究充实有意义？读文献不多，文献很少有拿晶体结构讨论的？
化合物好不容易出了单晶，怎么能充分让量化计算与实验单晶数据有机结合起来，充实一下实验内容。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-29 01:30:12

欢乐多发表于 2020-6-27 13:18
好的，老师，感谢回复！
那么我可以从晶胞中抠出来几个分子，计算分析分子间相互作用（Hirshfeld surfac ...

研究分子单体间的弱相互作用，参考
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

还可以通过IGM方法可视化，与Hirshfeld surface分析有一定互补性
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

还可以考察晶体中的孔洞
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）

tjuptz · 发表于 Post on 2020-6-30 14:31:50

看了一下CREST的介绍，流程上虽然作者尽量自动化了，但感觉还是不如molclus简单粗暴。对于最后利用CREST的技巧，molclus里也可以实现一下吧，这样就可以省着再调用crest了

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-30 21:43:51

sobereva 发表于 2020-6-29 01:30
研究分子单体间的弱相互作用，参考
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/44 ...

感谢老师回复，准备充分利用Mutiwfn充实一下文章内容。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-30 21:46:06

tjuptz 发表于 2020-6-30 14:31
看了一下CREST的介绍，流程上虽然作者尽量自动化了，但感觉还是不如molclus简单粗暴。对于最后利用CREST的 ...

这点我也考虑过，现在没时间弄
crest虽然精密，但实际效果上反倒经常不如来简单的方法好，而且整个流程可控性差，过于黑箱，不如用molclus放心

ldatea · 发表于 Post on 2020-7-2 14:14:39

sob老师，跑完动力学以后，出现以下情形是否会漏掉极小值点。
1.用gfn 0几何优化，出现“原本应该有的极小值点，在gfn 0或者gfn 2的势能面中不存在此极小值点”
2.两个极小值点的坐标接近，且能量相差不大时，把两个结构并入1个cluster的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-3 02:11:33

ldatea 发表于 2020-7-2 14:14
sob老师，跑完动力学以后，出现以下情形是否会漏掉极小值点。
1.用gfn 0几何优化，出现“原本应该有的极小 ...

1 可能会。但这不是大问题。重要的极小点几乎一定能被GFN-xTB所描述出来，要漏掉也是一些很浅、化学意义不强的极小点。

2 只要阈值不是特别宽就不用担心这个

ldatea · 发表于 Post on 2020-7-3 18:03:51

sobereva 发表于 2020-7-3 02:11
1 可能会。但这不是大问题。重要的极小点几乎一定能被GFN-xTB所描述出来，要漏掉也是一些很浅、化学意义 ...

谢谢sob老师

hzfish · 发表于 Post on 2020-7-8 20:53:25

创建一个含有xtb的MD任务设置的文件md.inp，内容如下，双斜杠后面的是注释。
$md
temp= 400  //温度(K)
time= 100.0  //模拟的总时间(ps)
dump= 50.0  //每多少fs往轨迹文件里写入一次
step=  1.0  //步长(fs)
hmass=1  //氢原子的质量是实际的多少倍
shake=1  //将与氢有关的化学键距离都用SHAKE算法约束住
$end
我打算使用社长的方法搜索离子液阴阳离子对的2、4、6、8、10聚体的构象。
问题：
1、temp该如何选择？有没有判定标准？
2、time该如何选择？有没有判定标准？

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-9 07:00:01

hzfish 发表于 2020-7-8 20:53
创建一个含有xtb的MD任务设置的文件md.inp，内容如下，双斜杠后面的是注释。
$md
temp= 400 //温度(K ...

没有什么标准。400应该合理，先跑跑，不合适再说
模拟时间越长，构型空间采样越充分，最终得到能量最低构象的几率越高。设多大和体系，以及对结果靠谱程度的要求有关。100 ps一般够了，但对于n聚体，n越大时理应设得越大

hzfish · 发表于 Post on 2020-7-9 20:25:44

sobereva 发表于 2020-7-9 07:00
没有什么标准。400应该合理，先跑跑，不合适再说
模拟时间越长，构型空间采样越充分，最终得到能量最低 ...

谢谢社长！

yyyyss11 · 发表于 Post on 2020-7-12 22:31:52

老师，请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束（例如下面的形式），对于MD过程好像并不起作用。请问有没有方法能在MD中实现这种键长键角等的限制性约束？谢谢老师。
$constrain
distance: 1,2,1.4
angle: 5,7,8,auto
dihedral: 3,4,1,7,180
$end

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-13 10:25:29

yyyyss11 发表于 2020-7-12 22:31
老师，请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束（例如下面的形式），对于MD过程好像并不起作用。 ...

没办法

yyyyss11 · 发表于 Post on 2020-7-13 13:40:33

sobereva 发表于 2020-7-13 10:25
没办法

好的，谢谢老师

mutron · 发表于 Post on 2020-7-18 04:30:39

yyyyss11 发表于 2020-7-12 22:31
老师，请教一个问题。我尝试在md.inp里面加入限制性的约束（例如下面的形式），对于MD过程好像并不起作用。 ...

试了一下ORCA里面做MD可以固定住一个二面角，所以应该没问题可以去试一下，ORCA的MD有更丰富的选项。至少之前试过做一个小分子显式溶剂的MD可以把溶质分子完全固定住，用regions或者constraint（10^-2 pm for distances, and 10^-4 degree for angles and dihedral angles）都可以，xtb没有办法在做MD的时候exact fixing

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