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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 22:19:19 | 只看该作者 Only view this author
Caroline2022 发表于 2024-3-26 19:36
老师,请问如何在Shermo的控制语句中做修改,使得Shermo的计算热力学量结果的文件可以保存下来。类似于ibko ...

没有这种语句
把振动分析的输出文件都保留下来,利用shell脚本让Shermo批量算一下也就是一瞬间的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-15 20:29:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wilely 于 2024-4-15 20:35 编辑

我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物,开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离,电荷要设置吗,这么做可以把?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 01:11:10 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-4-15 20:29
我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物,开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离 ...

可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子,整体净电荷为0,不需要刻意设定,默认就是0
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发表于 Post on 2024-4-18 11:54:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-16 01:11
可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子,整体净电荷为0,不需要刻意设定,默认就是0

有一个客体带正电荷,一个客体中性,与环糊精同时结合时,怎么设置没看到有说明?像我这种体系,DFT法优化好单个分子后,先优化出一个客体与环糊精的复合物,再用PM6D3方法优化第二个客体与前面复合物的包合,但由于原子数目300多,总是出现L103错误;另外用Autodock(vina)做分子对接出初始结构,然后Gromacs跑单个分子的动力学,可行吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 05:19:34 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-4-18 11:54
有一个客体带正电荷,一个客体中性,与环糊精同时结合时,怎么设置没看到有说明?像我这种体系,DFT法优 ...

稍有量化常识的人都知道,设的是整体的净电荷
提问Gaussian相关问题最忌讳问lxxx,必须始终直接说文字报错
强烈建议系统学学Gaussian的使用基础:北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)。没有量化常识会有很多奇怪的观念、碰到最基本出错都不知道怎么解决。

用autodock对接完全不适合。这种体系初始结构的产生该用的是genmer
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html


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发表于 Post on 2024-5-13 16:17:05 | 只看该作者 Only view this author
有一个小问题请教一下哈:我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇,然后用xtb进行动力学模拟(温度400K,时间100ps),发现跑着跑着体系就散掉了,另外阴离子很容易与阳离子结合在一起,掉到势井中,正常情况下,阴阳离子应该是解离的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-13 22:21:21 | 只看该作者 Only view this author
梵墨 发表于 2024-5-13 16:17
有一个小问题请教一下哈:我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇,然后用xtb进行动力学模拟(温度400K, ...

用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么强。
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sobereva 发表于 2024-5-13 22:21
用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么 ...

好的,谢谢卢老师

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发表于 Post on 2024-10-21 14:38:17 | 只看该作者 Only view this author
XTB现在有了一个做复合物的新功能(Docking Submodule ),这个填补了介于团族与单个分子之间的中等复合物的优化,里面有很多参数像--nostack,--pocket, --nstack INT,不知道怎么设置?卢老师有兴趣测试下其效果如何。

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发表于 Post on 2024-10-22 11:59:00 | 只看该作者 Only view this author
我看了下其参数文件,除了param_gfn0-xtb.txt,param_gfn1-xtb.txt,param_gfn2-xtb.txt,还有param_gfn1-si-xtb.txt, param_ipea-xtb.txt参数文件,有什么差别?

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