使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

mutron · 发表于 Post on 2020-3-29 21:01:59

本帖最后由 mutron 于 2020-3-30 01:47 编辑

编辑掉。。

犯了低级理解错误

，需要“当发现文件名里面有crest字样的时候就会自动以crest_ensemble.xyz文件的格式来读取内容”，把含有crest的文件名写完整没问题了

linqiaosong · 发表于 Post on 2020-4-6 22:16:12

想问一下社长用xtb做半经验动力学的时候能不能像Gaussian跑admp一样设置初速度的方向？我看手册上面好像没有这个选项

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-7 06:59:11

linqiaosong 发表于 2020-4-6 22:16
想问一下社长用xtb做半经验动力学的时候能不能像Gaussian跑admp一样设置初速度的方向？我看手册上面好像没 ...

先跑一下，产生mdrestart文件，然后再篡改mdrestart文件内容，通过restart=true来读入初速度（PS：ORCA的AIMD目前也得用这种做法）

例如

Evanwill · 发表于 Post on 2020-6-6 15:41:44

请问，第一步，用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟，可不可以同时或者依次对多个化合物的xyz文件进行批量动力学模拟，分别形成多个结果文件？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-6 18:43:14

Evanwill 发表于 2020-6-6 15:41
请问，第一步，用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟，可不可以同时或者依次对多个化合物的xyz文件进行批量动力学 ...

如果有明确目的，可以

scf · 发表于 Post on 2020-6-13 05:23:13

表示构象差别的overlay diagram是用什么软件做的？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-13 22:07:30

scf 发表于 2020-6-13 05:23
表示构象差别的overlay diagram是用什么软件做的？谢谢

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

scf · 发表于 Post on 2020-6-14 04:10:02

thanks

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-25 21:43:15

sobereva 发表于 2020-6-13 22:07
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.c ...

老师，您好，在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时，初始由chemdraw画的结构，弄成初始结构，进行构象搜索，得到的构象优化后与单晶差别很大；400~1000K中尝试不同温度，还是没有搜到与单晶相似的构象。
因为有多个14元的大环柔性化合物，仅有其中的1个有单晶数据，因此，以有单晶数据结构的化合物为参照，检测XTB做构象搜索方法的可靠性，尝试多种条件，终未搜索到与单晶相似的构象。

请问老师，xtb有没有适合大环柔性体系构象搜索的条件？

snljty · 发表于 Post on 2020-6-25 21:48:29

欢乐多发表于 2020-6-25 21:43
老师，您好，在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时，初始由chemdraw画的结构，弄成初始结构，进行构象 ...

上面整个流程计算的本身就不是凝聚相的结构，但是单晶是凝聚相。你看看有没有可能是这个原因。

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-25 23:41:34

snljty 发表于 2020-6-25 21:48
上面整个流程计算的本身就不是凝聚相的结构，但是单晶是凝聚相。你看看有没有可能是这个原因。

凝聚相是怎么回事？高斯可以体现凝聚相吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-6-27 00:36:25

欢乐多发表于 2020-6-25 21:43
老师，您好，在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时，初始由chemdraw画的结构，弄成初始结构，进行构象 ...

无论用Gaussian还是xtb等优化构型的时候都是游离的分子，即在真空/溶剂中进行的，而在晶体中，分子构象明显会受到相邻其他分子的相互作用，可能包括氢键，pi-pi堆积等等，所以晶体中的构象在游离态中未必是稳定的。搜索不到晶体的构象是很正常的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 01:10:52

欢乐多发表于 2020-6-25 21:43
老师，您好，在用XTB对14元大环柔性体系做构象搜索时，初始由chemdraw画的结构，弄成初始结构，进行构象 ...

晶体环境对于这种高度柔性的分子构象影响是相当大的
真空下模拟不可能指望得到和晶体中完全一样的结构

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-27 09:33:44

本帖最后由欢乐多于 2020-6-27 09:45 编辑

喵星大佬发表于 2020-6-27 00:36
无论用Gaussian还是xtb等优化构型的时候都是游离的分子，即在真空/溶剂中进行的，而在晶体中，分子构象明 ...

好的，老师，感谢回复！老师，如果用真空下进行团簇搜索，比如放进去2~4个分子，搜到的稳定构象与单晶团簇进行对比，是否有意义？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-6-27 11:08:21

欢乐多发表于 2020-6-27 09:33
好的，老师，感谢回复！老师，如果用真空下进行团簇搜索，比如放进去2~4个分子，搜到的稳定构象与单晶团 ...

没有，单晶结构就是只有在无限重复的情况下成立的。只有几个分子连完整的晶胞都构建不出来。
一般来说只有像蛋白，MOF(按团簇处理)之类分子内相互作用很强的，远远强于分子间作用的物种，在溶液中的结构会和晶体基本一致。

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