求助：蛋白与蛋白的MD仿真的自由结合能过高，其中一条链氨基酸残基贡献能数值异常大

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-2-16 23:05:40

求助，实在是找不出原因了，第一次跑MD时盒子取小了有周期性作用。第二次扩大到2nm，取后20ns做mmpbsa能量计算，结果发现和第一次的结果想对比只是静电作用增大了，请问大家在做蛋白与蛋白时，是否都是这么大的结合能数值，另外就是其中一条链的残基贡献能异常的高，请高手帮帮忙，RMSD值，自由结合能值，以及残基贡献能值都附在上面了，感激不尽

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-2-16 23:32:25

模拟的时间不够长，MM-PBSA方法本身的绝对结合自由能结果也不可靠，另外你的初始结构如果不是取的晶体结构的话，可能结构也不会很好

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-2-17 09:41:41

fhh2626 发表于 2020-2-16 23:32
模拟的时间不够长，MM-PBSA方法本身的绝对结合自由能结果也不可靠，另外你的初始结构如果不是取的晶体结构 ...

请问大概延长多长时间比较合适，两次的结果想对比的话静电力过大了，这其中是不是有参数设置错误的原因

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-2-20 01:56:39

看这两篇帖子的话，他们有讨论到需要用 no pbc 的trj去分析。
http://bbs.keinsci.com/thread-9462-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-6822-1-1.html

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[GROMACS] 求助：蛋白与蛋白的MD仿真的自由结合能过高，其中一条链氨基酸残基贡献能数值异常大

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