谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

KCM@SHU

老师我想问一下我在绘制铁离子和六个水配位的静电势的时候，我不想显示铁离子和水的配位键就想把他消掉，但是我点DynamicBonds后他就变成第二张图样子了，静电势能面都不见了，但是用Mouse - Add/Remove Bonds点的话，可能是由于静电势的原因一直没准确点到原子所以我就想问问老师有没有什么好的方法可以把绘制静电势的时候的配位键都不显示呢？

sobereva

KCM@SHU 发表于 2022-10-8 23:19
老师我想问一下我在绘制铁离子和六个水配位的静电势的时候，我不想显示铁离子和水的配位键就想把他消掉，但 ...

看清楚Graphics - Representation里有哪些rep，分别对应显示什么部分。你应当把CPK的那个rep改成dynamicbonds

用add/remove bonds时必须点击原子正中心，这和是否显示静电势着色的分子表面没任何关系

KCM@SHU

sobereva 发表于 2022-10-10 15:51
看清楚Graphics - Representation里有哪些rep，分别对应显示什么部分。你应当把CPK的那个rep改成dynamicb ...

已经解决了，谢谢老师

Frank

社长，请教个问题，如果是VMD可视化电化学界面PBC体系(XY有PBC，Z没有PBC)，应该如何使用wrap命令？此外，怎么保证盒子边缘的分子不会因为wrap而断开?

sobereva

Frank 发表于 2022-10-17 15:54
社长，请教个问题，如果是VMD可视化电化学界面PBC体系(XY有PBC，Z没有PBC)，应该如何使用wrap命令？此外， ...

看你载入VMD的文件的盒子信息怎么记录的。如果Z方向没有PBC，不想在Z方向被某种方式wrap的话，就把Z方向尺寸设得巨大

pbc wrap接-compound res/chain/fragment使得残基/链/片段保持完整

Gzh_NJ

卢老师好，请教下VMD中观察轨迹时候具体的成键阈值是从哪里可以看到？还是需要按照1.6倍手动计算，这是我在发表文章中SI读到的成键阈值。

sobereva

Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 15:29
卢老师好，请教下VMD中观察轨迹时候具体的成键阈值是从哪里可以看到？还是需要按照1.6倍手动计算，这是我在 ...

每个原子都有radius属性（范德华半径，大多来自Bondi范德华半径，但有些来路不明），原子间距离小于radius之和的0.6倍才会被视为成键。内置的半径没法改，但可以载入后对原子的radius属性进行设置，然后用mol bondsrecalc all重新计算

Gzh_NJ

sobereva 发表于 2023-8-28 15:49
每个原子都有radius属性（范德华半径，大多来自Bondi范德华半径，但有些来路不明），原子间距离小于radiu ...

谢谢卢老师，请教下老师VMD中内置的半径数值从哪可以查看？然后准备写到文章SI中作为判断成键断键的标准。

sobereva

Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 19:06
谢谢卢老师，请教下老师VMD中内置的半径数值从哪可以查看？然后准备写到文章SI中作为判断成键断键的标准 ...

看源代码，或者载入个体系，然后查询原子的radius属性

lyj714

Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 19:06
谢谢卢老师，请教下老师VMD中内置的半径数值从哪可以查看？然后准备写到文章SI中作为判断成键断键的标准 ...

1. /*
   
2. * corresponding table of VDW radii.
   
3. * van der Waals radii are taken from A. Bondi,
   
4. * J. Phys. Chem., 68, 441 - 452, 1964,
   
5. * except the value for H, which is taken from R.S. Rowland & R. Taylor,
   
6. * J.Phys.Chem., 100, 7384 - 7391, 1996. Radii that are not available in
   
7. * either of these publications have RvdW = 2.00 Å.
   
8. * The radii for Ions (Na, K, Cl, Ca, Mg, and Cs are based on the CHARMM27
   
9. * Rmin/2 parameters for (SOD, POT, CLA, CAL, MG, CES) by default.
   
10. */
    
11. static const float pte_vdw_radius[] = {
    
12.     /* X  */ 1.50f, 1.20f, 1.40f, 1.82f, 2.00f, 2.00f,
    
13.     /* C  */ 1.70f, 1.55f, 1.52f, 1.47f, 1.54f,
    
14.     /* Na */ 1.36f, 1.18f, 2.00f, 2.10f, 1.80f,
    
15.     /* S  */ 1.80f, 2.27f, 1.88f, 1.76f, 1.37f, 2.00f,
    
16.     /* Ti */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
17.     /* Ni */ 1.63f, 1.40f, 1.39f, 1.07f, 2.00f, 1.85f,
    
18.     /* Se */ 1.90f, 1.85f, 2.02f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
19.     /* Zr */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
20.     /* Pd */ 1.63f, 1.72f, 1.58f, 1.93f, 2.17f, 2.00f,
    
21.     /* Te */ 2.06f, 1.98f, 2.16f, 2.10f, 2.00f,
    
22.     /* La */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
23.     /* Eu */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
24.     /* Er */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
25.     /* W  */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 1.72f, 1.66f,
    
26.     /* Hg */ 1.55f, 1.96f, 2.02f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
27.     /* Fr */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 1.86f,
    
28.     /* Np */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
29.     /* Md */ 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f, 2.00f,
    
30.     /* Mt */ 2.00f, 2.00f, 2.00f
    
31. };

复制代码

Gzh_NJ

sobereva 发表于 2023-8-28 19:58
看源代码，或者载入个体系，然后查询原子的radius属性

谢谢卢老师

Gzh_NJ

lyj714 发表于 2023-8-29 09:31

感谢老师

hanlu

老师，我用的这个命令 ，gmx trjconv -f md.xtc -o md1.xtc -pbc mol -s md.tpr ，没有生成新的md1.gro,不过有md1.xtc文件，想问一下为啥没产生md1.gro文件，不过载入轨迹之后，没有乱建现象。

sobereva

hanlu 发表于 2023-11-9 17:21
老师，我用的这个命令 ，gmx trjconv -f md.xtc -o md1.xtc -pbc mol -s md.tpr ，没有生成新的md1.gro,不 ...

本来就不生成md1.gro，你-o指定的明明是.xtc

hanlu

sobereva 发表于 2023-11-9 17:32
本来就不生成md1.gro，你-o指定的明明是.xtc

哦哦，我看错了老师，谢谢老师，那老师我这个命令合适么？