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楼主 Author: sobereva
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[VMD] 谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 07:07:13 | 只看该作者 Only view this author
hanlu 发表于 2023-11-9 20:25
哦哦,我看错了老师,谢谢老师,那老师我这个命令合适么?

合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-11-10 08:56:35 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-9-30 14:21:45 | 只看该作者 Only view this author

这一段代码是出自哪个文件的呢?虽然看到命令行更改原子半径的语句了,但仍想试试看能不能动源文件;除了改掉一堆默认2.0埃的半径,还有点想补齐118个元素(

顺便说一句,隔壁ovito的原子半径定义可以在源码里面找到,倒数第二列的范德华半径与VMD一致,有些倒数第三列的共价半径则出自OpenBabel。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
社长,想问一下,VMD的Dynamic Bonds能否跨周期显示成键。
因为目前单个周期显示结构边缘不整齐,想着多显示一个周期,但是多显示一个周期之后Dynamic Bonds没有跨周期成键。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
鱿鱼起司 发表于 2026-4-7 18:51
社长,想问一下,VMD的Dynamic Bonds能否跨周期显示成键。
因为目前单个周期显示结构边缘不整齐,想着多显 ...

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢社长

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