计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

[复制链接 Copy URL]

27

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1577

Level 5 (御坂)

31#
发表于 Post on 2023-11-9 20:25:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:32
本来就不生成md1.gro,你-o指定的明明是.xtc

哦哦,我看错了老师,谢谢老师,那老师我这个命令合适么?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

32#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 07:07:13 | 只看该作者 Only view this author
hanlu 发表于 2023-11-9 20:25
哦哦,我看错了老师,谢谢老师,那老师我这个命令合适么?

合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

27

帖子

0

威望

1550

eV
积分
1577

Level 5 (御坂)

33#
发表于 Post on 2023-11-10 08:56:35 | 只看该作者 Only view this author

895

帖子

3

威望

1697

eV
积分
2652

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

34#
发表于 Post on 2024-9-30 14:21:45 | 只看该作者 Only view this author

这一段代码是出自哪个文件的呢?虽然看到命令行更改原子半径的语句了,但仍想试试看能不能动源文件;除了改掉一堆默认2.0埃的半径,还有点想补齐118个元素(

顺便说一句,隔壁ovito的原子半径定义可以在源码里面找到,倒数第二列的范德华半径与VMD一致,有些倒数第三列的共价半径则出自OpenBabel。
√546=23.36664289109

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 05:30 , Processed in 0.152261 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list