用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT（SODFT）计算

beefly · 发表于 Post on 2024-1-22 17:30:07

本帖最后由 beefly 于 2024-1-22 17:32 编辑

Hilbrac 发表于 2024-1-20 03:11
老师，我想问一下，这个是否能用类似 freq(numer, raman) 这样的关键词把拉曼谱也一起算了呢？

不能直接做，因为g16目前没有二分量方法的解析极化率。可以自己写脚本，调用g16做数值极化率（polar=numer）对坐标位移的数值差分，得到极化率导数矩阵，然后存入fchk文件，剩下的交给gaussview

Hilbrac · 发表于 Post on 2024-1-24 15:23:56

本帖最后由 Hilbrac 于 2024-1-24 16:24 编辑

beefly 发表于 2024-1-22 17:30
不能直接做，因为g16目前没有二分量方法的解析极化率。可以自己写脚本，调用g16做数值极化率（polar=nume ...

感谢老师回复，我目前只知道g16可以用 polar=numer 算数值极化率，但是如何调用g16再进一步算极化率对核坐标的导数再存入fchk文件，对此我还完全不了解，还望老师能指条明路（这种调用脚本做法的参考资料或脚本的写法出处之类的都可以）。
另外，我还想确认一下，目前g16的sodft只有能量的一阶解析（对核坐标）导数，而没有二阶解析（对核坐标）导数对吗？那nwchem的sodft是否有能量的二阶解析（对核坐标）导数呢？

beefly · 发表于 Post on 2024-1-24 17:31:14

Hilbrac 发表于 2024-1-24 15:23
感谢老师回复，我目前只知道g16可以用 polar=numer 算数值极化率，但是如何调用g16再进一步算极化率对核 ...

其实就是高数学的数值导数。网上搜一下一阶、二阶导数的数值求导公式。如果分子不大，也可以人工操作极化率的求导

beefly · 发表于 Post on 2024-1-25 09:07:56

本帖最后由 beefly 于 2024-11-17 23:39 编辑

Hilbrac 发表于 2024-1-24 15:23
感谢老师回复，我目前只知道g16可以用 polar=numer 算数值极化率，但是如何调用g16再进一步算极化率对核 ...

数值差分算拉曼活性可以用freq=numer polar=numer
由于ghf/gks的收敛较慢，能量精度不够，step需要设置大一些

2024.11.17. g16做不了

Hilbrac · 发表于 Post on 2024-2-1 16:56:00

beefly 发表于 2024-1-25 09:07
数值差分算拉曼活性可以用freq=numer polar=numer
由于ghf/gks的收敛较慢，能量精度不够，step需要设置 ...

先谢过老师的回复。
老师这里的意思是：用 polar=numer 关键词让G16用数值方法算出极化率。
那至于之后如何算极化率导数来得到拉曼活性，还是得自己用脚本调用G16对极化率做数值差分才能获得？

beefly · 发表于 Post on 2024-2-1 17:10:42

Hilbrac 发表于 2024-2-1 16:56
先谢过老师的回复。
老师这里的意思是：用 polar=numer 关键词让G16用数值方法算出极化率。
那至于之后 ...

不用。数值频率+数值拉曼可以一起做

Hilbrac · 发表于 Post on 2024-2-5 01:57:30

本帖最后由 Hilbrac 于 2024-2-23 13:44 编辑

beefly 发表于 2024-2-1 17:10
不用。数值频率+数值拉曼可以一起做

我目前在g16手册里，只找到了”freq=nraman“和"freq=nnraman"这两种只做了一次数值差分的拉曼方法。

如果要用二分量方法的话，极化率就已经是”数值的“而非”解析的“了，也没法用这里的”nnraman“关键词了，那老师说的”一起做“要怎么写关键词呢？

beefly · 发表于 Post on 2024-11-18 00:27:47

Hilbrac 发表于 2024-2-5 01:57
我目前在g16手册里，只找到了”freq=nraman“和"freq=nnraman"这两种只做了一次数值差分的拉曼方法。

...

这些方法仅支持解析频率计算。sodft算拉曼的近似做法是先用sodft算数值频率并保存chk，然后在标量dft级别通过“polar=raman cphf=rdfreq”读取Hessian并解析计算极化率导数。示例输入见以下话题的123楼：
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-9-1.html

osric · 发表于 Post on 2024-12-8 14:56:48

各位老师好：
想请问我按照教程设置好，进行了SODFT的单点计算。计算是正常结束的，但是用gaussview打开fchk文件后,发现看不了MOs轨道。Multiwfn也打开不了fchk文件。所以想问是哪里需要特殊设置吗？

beefly · 发表于 Post on 2024-12-8 17:43:27

本帖最后由 beefly 于 2024-12-8 17:44 编辑

osric 发表于 2024-12-8 14:56
各位老师好：
想请问我按照教程设置好，进行了SODFT的单点计算。计算是正常结束的，但是用gaussview打开fc ...

包括GaussView在内的几乎所有轨道显示程序均不支持二分量或四分量计算的复轨道。唯一的例外是ADF的GUI，支持二分量轨道，而且必须是自己的数据格式，不过十年以前的版本显示的轨道是错的，并且很难看，不知道后来的版本改对了没有。

文献中有人用PyMol（https://doi.org/10.1002/qua.25683），修改版的IboView（http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpca.9b01134）实现过复轨道显示。此外，这两个程序似乎也可以做
https://github.com/rbeck4/vmd_plot_complex
https://gitlab.com/quantum_rose/rose

冬天一起堆雪人 · 发表于 Post on 2025-3-31 16:59:53

我搜出来的赝势有红色框部分，为什么您这边没有加这部分呀

冬天一起堆雪人 · 发表于 Post on 2025-3-31 17:24:32

为什么没有红色框这部分呀？如果加这部分格式怎么改呀？

冬天一起堆雪人 · 发表于 Post on 2025-4-1 11:38:28

冬天一起堆雪人发表于 2025-3-31 17:24
为什么没有红色框这部分呀？如果加这部分格式怎么改呀？

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