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[VMD] 求助:如何导出VMD中的原子连接关系

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发表于 Post on 2020-5-14 11:23:04 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ddls2017 于 2020-5-14 11:31 编辑

请教各位老师,如何将VMD显示的每一帧轨迹中原子间的连接关系导出来?非常感谢!

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发表于 Post on 2020-5-14 14:39:38 | 显示全部楼层 Show all

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VMD并非对每一帧重新判断连接关系,除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-14 15:21:40 | 显示全部楼层 Show all
谢谢社长! 我来按你的方法试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-16 09:39:47 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-14 14:39
VMD并非对每一帧重新判断连接关系,除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http ...

社长 ,还是有问题。我按你的方法改了初始脚本,导出来的mol2文件中有每一帧的坐标,但所有帧的连接关系都是VMD当前显示那一帧的,连接关系并没有随着帧号的变化而相应地改变(参见附件)。而我想要把所有帧的连接关系一次性导出来。 2.mol2 (5.48 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2020-5-17 03:29:07 | 显示全部楼层 Show all
ddls2017 发表于 2020-5-16 09:39
社长 ,还是有问题。我按你的方法改了初始脚本,导出来的mol2文件中有每一帧的坐标,但所有帧的连接关系 ...

上传较大文本文件前记得先压缩以节约论坛空间

我不知道你的脚本具体怎么写的。你先随便取几帧,单独生成只含相应单帧的mol2文件,如果连接关系不同,则每一帧都这么导出,最后合并一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-17 10:32:20 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-17 03:29
上传较大文本文件前记得先压缩以节约论坛空间

我不知道你的脚本具体怎么写的。你先随便取几帧,单独生 ...

好的 ,社长,下次我会注意。
我用的初始化文件设置就是社长你推荐的。导出的mol2文件只给出Display中当前显示的那一帧的连接关系,只有显示哪一帧才能导出那一帧的连接关系。这样每一帧单独导出来再合并的话,工作量有点大啊,轨迹中都是几千几万帧。

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发表于 Post on 2020-5-18 00:06:01 | 显示全部楼层 Show all
ddls2017 发表于 2020-5-17 10:32
好的 ,社长,下次我会注意。
我用的初始化文件设置就是社长你推荐的。导出的mol2文件只给出Display中当 ...

把对vmd_frame( )的变量的更新加入你的脚本里再试,这控制当前所在的帧号
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-20 12:16:18 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-18 00:06
把对vmd_frame( )的变量的更新加入你的脚本里再试,这控制当前所在的帧号

多谢社长,我来试试

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发表于 Post on 2022-1-16 03:10:47 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-5-14 14:39
VMD并非对每一帧重新判断连接关系,除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http ...

Sob老师,请问在CP2K中如何设置连接关系?就是我想把xyz文件中每相邻的六个原子设置为一个分子,在计算分子偶极矩时,让CP2K单独计算每个分子的偶极矩,然后跑MD求平均。目前在LOCALIZE MOLECULE_dipole中会计算所有原子的偶极矩,不知道如何修改,感觉是在TOPOLOGY部分修改,官网manual看不太懂。不知道我的意思,老师您是否理解了。

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