dmol3中ts opt如何分析

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-2 09:38
ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts co ...

那请问是ts conf出来的xsd就是直接显示的中间体的样子吗？
我现在较为混乱的一个点是，如果我用ts conf没有发现中间体，这是不是说明我可以直接将ts search的xsd进行过渡态精修进行ts opt计算；如果发现了中间体，那我就得重新建立配对，分别进行ts search后寻找过渡态后重复进行ts conf和ts opt。
因为如果我没有进行过ts conf的话，那我也不能确定是否存在多个过渡态，那也无法进行过渡态精修吧？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-2 13:15
那请问是ts conf出来的xsd就是直接显示的中间体的样子吗？
我现在较为混乱的一个点是，如果我用ts conf ...

1、是，除非计算出现中断。
2、我认为先优化过渡态比较好，之后再想办法从反应物到过渡态过渡态到产物建立LST路径做ts conf。因为往往可能search这个过程都不是必要的。
3、不是，按道理是初始结构接近哪个过渡态就会给优化到那个结构，当然不排除完全优化失败。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-2 14:44
1、是，除非计算出现中断。
2、我认为先优化过渡态比较好，之后再想办法从反应物到过渡态过渡态到产物建 ...

如果先优化过渡态的话，我看说需要先进行hessian计算，但是这个要通过virbation analysis里选择保留的虚频进行anmation才行，可是我不知道该选择哪一个虚频进行保留；
那我只是想要看吸附反应的能垒的话，那我应该就直接通过opt的结果来计算吗？
从反应物到过渡态和过渡态到产物进行ts conf的话是为了得到中间体吗？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-3 09:48
如果先优化过渡态的话，我看说需要先进行hessian计算，但是这个要通过virbation analysis里选择保留的虚 ...

虚频跟踪（也就是说你所谓的保留）沿着反应方向（通常会是最负的那个），最终结果是看精修的。TS confirm就是字面的意思，做确定，而不是去搜索或优化。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-3 17:13
虚频跟踪（也就是说你所谓的保留）沿着反应方向（通常会是最负的那个），最终结果是看精修的。TS confirm ...

我现在用ts conf计算得到了某中间体，现在我对反应物和中间体及中间体和产物配对后进行ts search，但是中间体和产物的配对无法搜索到过渡态，这是为什么呢？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-5 10:11
我现在用ts conf计算得到了某中间体，现在我对反应物和中间体及中间体和产物配对后进行ts search，但是中 ...

那个中间体再优化下呢？然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-5 18:27
那个中间体再优化下呢？然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。

我又重新看了一下我的构型，我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似，我是不是可以认为这个搜索出来的中间体其实并不是中间体，而是一个非常靠近产物的结构，所以我的反应应该是基元反应？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-8 10:35
我又重新看了一下我的构型，我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似，我是不是可以认为这个搜索出来的 ...

那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

请问是即使构型优化显示成功了，也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-9 09:59
请问是即使构型优化显示成功了，也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

存在，比如精度比较低，优化算法不加，这都有可能。

SUN12

卡开发发 发表于 2020-6-2 09:38
ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts co ...

老师您好，我想问一下，TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊？
##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS was found at:

## Image          5    6  7  8     -19.467579      0.0019      0.1969


##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS with a lower energy than reactant was found at:

## Image          2    1  4  5     -19.467959      0.0017      0.0893

Perform further geometry optimization to get global minimum


A minimum smaller than 1 kcal/mol could be a spurious one



##  Current TS is connected directly with product

SUN12

卡开发发 发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

那老师，“ts conf得到的结果与生成物非常相似”这种情况下，还需要将ts conf得到的产物与原来的反应物搜一个过渡态吗？

卡开发发

SUN12 发表于 2021-5-16 23:49
老师您好，我想问一下，TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊？
##  Current TS is not connected ...

程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次，然后保守一些可以继续用新的产物和之前的反应物及过渡态再进行TS conf。

SUN12

卡开发发 发表于 2021-5-17 00:28
程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次，然后保守一些可 ...

好哒，谢谢您

xuhaoxuxing

卡开发发 发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

卡老师，您好，我看您发的帐，回答的问题都很专业，想请教您几个关于用Dmol3过渡态搜索的问题：1.TS search 不计算频率，能否进行TS conf。2。是先用进行TS opt,再进行TS conf .3.进行消虚频时，怎么看收敛曲线。期待您的回复！