高斯09E.01win64 下计算CCSD CPU利用率低求助

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 21:26:53

本帖最后由风飞于 2020-7-4 11:42 编辑

老师，您好，
我使用高斯09E.01win64，使用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ 进行计算，体系的原子有18个(C H O) 输入文件如下，刚开始运行到502时，CPU的利用率还挺高的，可是现在到了913，CPU的利用率就特别的低，而且单核的运行速度也下降了很多，如图所示，请问老师怎样提高运算效率呢？

naonao5205 · 发表于 Post on 2020-6-17 21:45:26

应该是正常的后hf特别费硬盘这是硬盘限制速度

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 21:56:19

naonao5205 发表于 2020-6-17 21:45
应该是正常的后hf特别费硬盘这是硬盘限制速度

我用的硬盘是三星PM961，是M.2口512GB高速固态硬盘，刚刚看了高斯的并行测试http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html 贴子中说：体系越大，并行效率越高；td以及freq的并行效率低于scf 我在想是不是我这个体系小，并行的核数多了反而没好处，

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-6-17 22:06:31

你可以打开log文件看算到哪一步了，到底是在进行振幅迭代，还是已经迭代完在算(T)部分了。

PS：你用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ，这体系也不小，内存才给8GB，实在是太寒酸了，可能算到一半会挂掉。给80GB还差不多。

thanhtam · 发表于 Post on 2020-6-17 22:06:38

多给点内存，有191G为什么不用。
8171M只有52个核，nproc设小一点吧

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:14:53

本帖最后由风飞于 2020-6-17 22:16 编辑

zjxitcc 发表于 2020-6-17 22:06
你可以打开log文件看算到哪一步了，到底是在进行振幅迭代，还是已经迭代完在算(T)部分了。

PS：你用CCSD ...

嗯，我看了一下还是进行振幅迭代，连1都没跑完我改成了80G试试，谢谢您

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:16:44

thanhtam 发表于 2020-6-17 22:06
多给点内存，有191G为什么不用。
8171M只有52个核，nproc设小一点吧

嗯，我已经设置成了52 试试，内存设置成了80G，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-18 11:53:19

PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-18 13:50:30

sobereva 发表于 2020-6-18 11:53
PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

那我在Linux下装高斯，然后再试试

naonao5205 · 发表于 Post on 2020-6-19 11:51:02

风飞发表于 2020-6-17 21:56
我用的硬盘是三星PM961，是M.2口512GB高速固态硬盘，刚刚看了高斯的并行测试http://bbs.keinsci.com/th ...

个人经验是cpu运算能力和读取速度之间不匹配我用orca算DLPNO-CCSD(T)的T部分的时候就是读取大概500mb/s但是cpu也占不满，我之前也发贴咨询过硬盘问题 http://bbs.keinsci.com/thread-15974-1-1.html 可能是cpu给太多了吧

风飞 · 发表于 Post on 2020-6-29 21:32:05

本帖最后由风飞于 2020-7-4 11:43 编辑

sobereva 发表于 2020-6-18 11:53
PS: 这种机子这种任务居然用win64版...win64版对于核数很多的时候速度比linux慢甚巨

老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ进行计算太耗时和内存，我的体系只含C、H、O的18-45个原子不等，请问是否可以在ORCA采用进行该级别下的单点计算，到时候文章中这样写高斯和ORCA这样结合使用，审稿人是否会质疑呢？
计算机配置是：双路8171M 2T机械+0.5T的固态），我这边还没来的及装ORCA，如果采用ORCA在这样的条件下CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz能算动吗？之前在Windows下算，只有21个原子，都实在吃不消，我怕后来到48个原子，也算不动，

snljty · 发表于 Post on 2020-6-29 21:36:55

风飞发表于 2020-6-29 21:32
老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz进行计算太耗 ...

t1diag不是计算级别，不用写上。48个原子ORCA也算不动，换DLPNO-CCSD(T)无压力。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-30 00:30:57

风飞发表于 2020-6-29 21:32
老师，您好，我现在已经在linux下装了高斯16，考虑到在高斯下采用CCSD(t,tidiag/aug-cc-pvtz进行计算太耗 ...

注意级别的正确写法，那叫CCSD(T)/aug-cc-pVTZ。
即便极好的机子，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ对于普通有机体系连20个原子都算不动

对这些体系要在同一级别下算，只有用DLPNO-CCSD(T)才有可能，仔细看此文相关信息
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

hlmkh · 发表于 Post on 2020-6-30 01:53:14

Can you share Gaussian 09E.01win64?

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 22:56:10

本帖最后由风飞于 2020-7-4 00:41 编辑

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[Gaussian/gview] 高斯09E.01win64 下计算CCSD CPU利用率低求助

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