请问cp2k能够在跑MD时给分子施加一个速度吗？

@Bruce

您好，请问在用CP2K进行AIMD时，我可以给分子施加一个定向的速度，让该分子沿着某个方向移动吗？
谢谢！

jianying8996

可以，有速度设置

@Bruce

jianying8996 发表于 2020-7-12 13:35
可以，有速度设置

好的，谢谢

weichengdo

请问，关于后处理的这个.xyz，wfn.ener,这些如何来分析，或者说怎样得到其MSD,RDF这些的数据

raolixiang

vmd就可以

tuzhidingdong

weichengdo 发表于 2020-7-14 17:02
请问，关于后处理的这个.xyz，wfn.ener,这些如何来分析，或者说怎样得到其MSD,RDF这些的数据

我写的一个简单的Python脚本永远从ener文件中提取能量。

1. 
   
2.         from ase.io import read, write
   
3.         import os
   
4.         import MDAnalysis
   
5.         import MDAnalysis.analysis.rdf
   
6.         import MDAnalysis.analysis.rms
   
7.         import matplotlib.pyplot as plt
   
8.         import pandas as pd
   
9.         import re
   
10. 
    
11. 
    
12.         os.chdir(‘Your file directory’)
    
13. 
    
14.         font1 = {'family' : 'Times New Roman',
    
15.         'weight' : 'normal','size':'24'
    
16.         }
    
17. 
    
18. 
    
19. 
    
20.         
    
21.         df = pd.read_csv('your file name.ener',sep='\s+',skipinitialspace=True,engine='python',)
    
22. 
    
23. 
    
24.         a1=df['Step']
    
25.         a2=df['Nr.']
    
26.         a3=df['Time[fs]']
    
27.         a4=df['Kin.[a.u.]']
    
28.         a5=df['Temp[K]']
    
29.         a6=df['Pot.[a.u.]']
    
30. 
    
31.         fig = plt.figure(figsize=(24,16),dpi=300)
    
32.         plt.subplot(2,3,1)
    
33.         plt.scatter(a1, a2, alpha=0.85, label='Kin',linewidth=2)
    
34.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
35.         plt.ylabel(r"Energy (a.u).",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
36.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
37.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
38. 
    
39.         plt.subplot(2,3,2)
    
40.         plt.scatter(a1, a4, alpha=0.85, label='Pot',linewidth=2,c='orange')
    
41.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
42.         plt.ylabel(r"Energy (a.u).",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
43.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
44.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
45. 
    
46. 
    
47.         plt.subplot(2,3,3)
    
48.         plt.scatter(a1, a5, alpha=0.85, label='Cons Qty',linewidth=2,c='grey')
    
49.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
50.         plt.ylabel(r"Energy (a.u).",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
51.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
52.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
53. 
    
54.         plt.subplot(2,3,4)
    
55.         plt.scatter(a1, a3, alpha=0.85, label='Temp',linewidth=2,c='forestgreen')
    
56.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
57.         plt.ylabel(r"Temp (K)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
58.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
59.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
60. 
    
61.         plt.subplot(2,3,5)
    
62.         plt.scatter(a1, a6, alpha=0.85, label='UsedTime',linewidth=2,c='purple')
    
63.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
64.         plt.ylabel(r"UsedTime (s)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
65.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
66.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
67.         
    
68. 
    
69.         a8=[]
    
70.         for i, element in enumerate(a6):
    
71.             nv=a6[:i]
    
72.             su = sum(nv)
    
73.             a8.append(su/60)
    
74.         
    
75.         plt.subplot(2,3,6)
    
76.         plt.scatter(a1, a8, alpha=0.85, label='Accumtime',linewidth=2,c='cadetblue')
    
77.         # plt.plot(a1, a7, alpha=0.85, label='Energy',linewidth=2)
    
78.         plt.xlabel(r"Time (fs)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
79.         plt.ylabel(r"Accumtime (min)",fontsize=24,family='Times New Roman')
    
80.         plt.legend(edgecolor='none', prop=font1,)
    
81.         plt.tick_params(labelsize=16)
    
82. 
    
83. 
    
84. 
    
85.         dm = pd.DataFrame({'Time (fs)':a1,'Kin':a2,'Temp':a3,'Pot':a4,'Cons Qty':a5,'UsedTime':a6})
    
86.         dm.to_excel("Energychek.xlsx")
    
87. 
    
88. 
    
89. 
    
90. 
    
91.         plt.subplots_adjust(wspace =0.3,hspace =0.3 )
    
92.         plt.savefig('Energychek.png', transparent=True,format='png')#指定分辨率,边界紧，背景透明
    
93.         plt.show()
    
94.         print ('congratulate！！！')

复制代码

dongdong

您好，在哪个session可以给特定分子设置速度啊? 我看在SUBSYS里面有几个关于速度的设置，不知道是不是在这里设置。

jidian050604

dongdong 发表于 2020-10-18 20:54
您好，在哪个session可以给特定分子设置速度啊? 我看在SUBSYS里面有几个关于速度的设置，不知道是不是在这 ...

您好，请教下，cp2k给分子添加速度，使用SUBSYS 下的VELOCITY只能添加初始速度，请问您是如何解决的，困扰很长时间了，感谢

丁越

jidian050604 发表于 2022-1-27 15:37
您好，请教下，cp2k给分子添加速度，使用SUBSYS 下的VELOCITY只能添加初始速度，请问您是如何解决的，困 ...

你可以写成如下这样，输入文件就不会太冗长了。
&VELOCITY #You can set initial atomic velocities in this section
  @INCLUDE ./vel.xyz
  &END VELOCITY
vel.xyz文件中格式如下，不含有元素名：
-0.0001904719    -0.0001899788   -0.0000550986
0.0002580315     0.0000387927    -0.0004177493
0.0000209981     -0.0001094941   -0.0002439860
0.0000799201     -0.0000993306   -0.0000616618

jidian050604

丁越 发表于 2022-1-27 16:52
你可以写成如下这样，输入文件就不会太冗长了。
&VELOCITY #You can set initial atomic velocities in ...

非常感谢您的指导！

annaqz

丁越 发表于 2022-1-27 16:52
你可以写成如下这样，输入文件就不会太冗长了。
&VELOCITY #You can set initial atomic velocities in ...

麻烦问一下，我想给其中一个原子设定，x,y方向自由，在z方向以0.001Å/fs的速度移动，需要怎么写关键词呢，我看velocity这有两个关键词，一个是DEFAULT_KEYWORD，另一个就是PINT_UNIT。

丁越

annaqz 发表于 2022-11-29 18:51
麻烦问一下，我想给其中一个原子设定，x,y方向自由，在z方向以0.001Å/fs的速度移动，需要怎么写关键 ...

这是sob老师前几天群里答疑时发的

annaqz

丁越 发表于 2022-11-29 19:19
这是sob老师前几天群里答疑时发的

好的，非常感谢。但是这个是给所有原子一个速度吧，要是给指定原子一个速度，需要怎么设置呢？

丁越

annaqz 发表于 2022-11-29 20:26
好的，非常感谢。但是这个是给所有原子一个速度吧，要是给指定原子一个速度，需要怎么设置呢？

就给一个原子设置初始速度，其他的为零

chands

丁越 发表于 2022-11-29 23:13
就给一个原子设置初始速度，其他的为零

我怕这个会破坏速度的分布，等到平衡又是另一番情况。