请问cp2k能够在跑MD时给分子施加一个速度吗？

丁越

chands 发表于 2022-11-29 23:32
我怕这个会破坏速度的分布，等到平衡又是另一番情况。

程序默认情况下是用MD部分设定的温度来初始化随机速度，但他说的只给一个原子设置初始速度，如果这个原子给定一个初始速度，其他的设零，然后在热浴下缓慢上升到给定温度，慢慢等他们平衡，但这么做也没啥意义吧。

假如是想通过给定一个原子较大的初速度，从而增加与目标分子发生碰撞的概率而发生化学反应的话，但这种做法随机性很大，不如直接用动力学增强采样，MetaD，US等等

chands

丁越 发表于 2022-11-30 08:43
程序默认情况下是用MD部分设定的温度来初始化随机速度，但他说的只给一个原子设置初始速度，如果这个原子 ...

我的想法是其他原子直接copy平衡好的速度，就一个原子设置初速度，如果原子足够多，不至于偏离平衡太远。

丁越

chands 发表于 2022-11-30 08:45
我的想法是其他原子直接copy平衡好的速度，就一个原子设置初速度，如果原子足够多，不至于偏离平衡太远。

如果速度没设好的话这种做法很容易让该原子跑飞，然后模拟就崩了呀。我感觉这么调节也没啥意义吧。

chands

丁越 发表于 2022-11-30 08:55
如果速度没设好的话这种做法很容易让该原子跑飞，然后模拟就崩了呀。我感觉这么调节也没啥意义吧。

这个当然要小心，模拟崩了本来就是喜大普奔……。应该只对合适的体系设置单个原子（分子）的初速度，如吸附。

annaqz

丁越 发表于 2022-11-29 23:13
就给一个原子设置初始速度，其他的为零

好的，我明白了，非常感谢

annaqz

chands 发表于 2022-11-29 23:32
我怕这个会破坏速度的分布，等到平衡又是另一番情况。

我设置一下，和不设置的做个对比吧。感谢

sunjk

请问在velocity这里只设置部分原子的初速度，其它原子用随机速度而不指定应该怎么设置？

gmm

annaqz 发表于 2022-11-29 18:51
麻烦问一下，我想给其中一个原子设定，x,y方向自由，在z方向以0.001Å/fs的速度移动，需要怎么写关键 ...

您好，想请教一下，“给其中一个原子设定，x,y方向自由，在z方向以0.001Å/fs的速度移动”这个问题您后面解决了吗？在cp2k的输入文件中要怎么实现啊