lammps和gromacs聚合物建模的方法

Heritis · 发表于 Post on 2021-3-15 14:12:18

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 13:08
说明你的结构里缺少周期性边界参数

请问怎么操作呢？我的.pdb模型是用packmol生成的，是packmol程序的问题吗？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-15 18:09:19

本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-3-15 18:11 编辑

Heritis 发表于 2021-3-15 14:12
请问怎么操作呢？我的.pdb模型是用packmol生成的，是packmol程序的问题吗？

你想加盒子参数可以直接在vmd中用molinfo写入参数
例:
molinfo top set a 10
molinfo top set b 10
molinfo top set c 10
就是一个边长10的立方盒子
pbc set cell也可以

Heritis · 发表于 Post on 2021-3-15 21:00:39

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 18:09
你想加盒子参数可以直接在vmd中用molinfo写入参数
例:
molinfo top set a 10

好的，我试试，谢谢！

zero! · 发表于 Post on 2021-4-2 12:34:22

请问一下，我用方法一生成的data文件中氧原子ID排在氢原子后面，不符合TIP4P的要求，请问有什么解决办法吗？
另外我的模型中还有CNT，我只需要data文件除了坐标信息外只包含水分子的键角信息，有什么命令可以解决吗？

junyang · 发表于 Post on 2021-5-4 13:31:55

谢谢分享

liuxdhs · 发表于 Post on 2021-7-5 15:33:15

谢谢楼主的分享，我想请教一个问题，如果事先设置端基的原子类型会比较麻烦，那应该如何解决呢？
不同的力场，对于不同的原子会有不同的分配，封端的原子类型可以忽略吗？非常感谢！

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-5 19:31:22

liuxdhs 发表于 2021-7-5 15:33
谢谢楼主的分享，我想请教一个问题，如果事先设置端基的原子类型会比较麻烦，那应该如何解决呢？
不同的力 ...

封端是原子类型不能省略

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2021-8-8 14:00:57

您好！
我用MS设置的CF3-CH3的碳只有一种类型，如图，怎么像您帖子中出现CF和CH两种碳呢？

Kangtor · 发表于 Post on 2021-8-11 16:29:04

ZZU_SCU 发表于 2021-8-8 14:00
您好！
我用MS设置的CF3-CH3的碳只有一种类型，如图，怎么像您帖子中出现CF和CH两种碳呢？

把它的原子的名字改一下就行

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-8-13 12:04:29

楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的聚合物链有5个重复单元组成，每个重复单元是42个原子，如果用LigParGen生成的话，稍微超过支持的原子数目了。不知道按照您的方法，是否可以用LigParGen生成一个重复单元的itp文件，然后得到整个分子也就是5个重复单元的itp文件呢？
论坛里找到一些帖子但是因为对Gromacs不是很熟悉，所以看得不是很懂。可否请您帮助解答下。
先谢谢啦！

Kangtor · 发表于 Post on 2021-8-13 14:33:53

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的 ...

itp中要有一整个链的原子信息和键接关系。

我觉得是不可以的

你先去了解一下pdb2gmx命令，然后就能理解我说的了

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-8-13 23:38:38

Kangtor 发表于 2021-8-13 14:33
itp中要有一整个链的原子信息和键接关系。

我觉得是不可以的

谢谢您的回复！抱歉，我没有太看懂您帖子关于Gromacs的内容，请问是针对什么情况下使用的呢？
pdb2gmx的内容我之前也看了，但是可能刚接触，看的云里雾里不是很明白。
那请问下您是怎么生成opls的itp文件的呢？我目前只知道类似用LigParGen这样的方法。
先谢谢您啦！

Kangtor · 发表于 Post on 2021-8-14 22:37:27

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 23:38
谢谢您的回复！抱歉，我没有太看懂您帖子关于Gromacs的内容，请问是针对什么情况下使用的呢？
pdb2gmx的 ...

我认为你只要设好pdb2gmx的各个文件，产生聚合物的itp文件很容易

dengzijunwind · 发表于 Post on 2021-8-15 00:45:18

聚合物建模真不容易，前段时间也在做pvdf模拟。学习了

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-8-20 00:58:34

Kangtor 发表于 2021-8-14 22:37
我认为你只要设好pdb2gmx的各个文件，产生聚合物的itp文件很容易

谢谢楼主您的回复！不好意思，这几天忘记上论坛，回复晚了。
我自己搜索了一些资料，然后看了pdb2gmx的说明，但是感觉还很凌乱，gromacs的手册感觉写的也比较简略。
麻烦问下楼主，这个有类似的教程或者哪里可以找到相应的详细一点的步骤，或者麻烦您稍微解释一下可以吗？
万分感谢！

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