lammps和gromacs聚合物建模的方法

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-30 20:11:47

您好大佬，请问您在构建PVDF的rtp文件的时候是如何写[ angles ]和[ dihedrals ] 的参数信息的呢？能不能将您模拟的PVDF的rtp文件分享以下，小白学习以下，非常感谢您的回复。我实在捯饬好久了,rtp文件也搞不定，谢谢大佬了

Kangtor · 发表于 Post on 2021-8-30 22:42:18

1971806673 发表于 2021-8-30 20:11
您好大佬，请问您在构建PVDF的rtp文件的时候是如何写[ angles ]和[ dihedrals ] 的参数信息的呢？能不能将 ...

一般bonds就够了，我手头也没有，明天我写个

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-31 08:19:18

Kangtor 发表于 2021-8-30 22:42
一般bonds就够了，我手头也没有，明天我写个

好的好的，谢谢大佬，写完还望共享一下啊，太感谢您的回复了

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2021-9-11 00:06:45

您好！问您一个问题。MS修改原子name后，保存成什么格式? 然后导入VMD中可以出现修改后的name呢？pdb格式好像不行额

xhzhangwsu · 发表于 Post on 2021-9-26 13:55:21

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的 ...

A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10.2477/jccjie.2018-0034

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-10-15 08:19:03

xhzhangwsu 发表于 2021-9-26 13:55
A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10. ...

谢谢您的回复！但是PolyParGen有个问题就是输出文件中的原子顺序会完全打乱，我有多条链的时候就需要重新恢复顺序，但是我没有明白输出文件和输入文件中原子顺序的关系。

Hollytree · 发表于 Post on 2021-11-30 22:48:05

可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题。

Kangtor · 发表于 Post on 2021-12-1 17:32:08

Hollytree 发表于 2021-11-30 22:48
可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题 ...

具体报错的原因是？

Hollytree · 发表于 Post on 2021-12-1 21:24:45

Hollytree · 发表于 Post on 2021-12-1 21:27:25

尝试做了最简单的一个模型，但是这个模型和我之前在MS里面构建的是不一样的，之前是水分子全在slab模型的上面，不知道为何在生成data文件的以后就变成下面这种图形了

Hollytree · 发表于 Post on 2021-12-1 21:50:36

，在使用nve系综下是没有报错的，但是使用nvt或npt时就会报错

sigusigu · 发表于 Post on 2022-12-1 21:47:17

tjuptz 发表于 2021-2-16 17:19
补充下，topotools的原始教程有较好的生成lammps data及拓扑处理实例。
另外，对于单个结构比较复杂，比如 ...

请问topotools的原始教程在哪里看呢？

neocc · 发表于 Post on 2023-2-12 17:26:29

怎么向cvff力场的聚合物的盒子里面添加spce或者tip4p模型水分子做溶剂化。

minimize最小化，跑md都是水分子报错。

报错有：
最小化过程中能量在30多步暴增到inf
md过程出现bonds atoms xxx xxx missing ...

Olive.Lv · 发表于 Post on 2023-12-15 14:07:38

Lacrimosa 发表于 2020-7-20 10:50
另外topotools直接猜出来的拓扑文件好像也挺准确的，直接运行以下命令就好了
topo clearbonds
topo clear ...

老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下图

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-12-15 16:34:38

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:07
老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下 ...

你输入topo就可以看到手册呀，里面明明写的是topo retypedihedrals

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