使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

happyknighthawk · 发表于 Post on 2018-6-29 23:02:04

hxd_yi 发表于 2016-1-8 15:57
这个脚本可以帮你，使用方法：脚本保存为gt.sh，然后执行./gt.sh *.out，就可以把out文件中结果提取出来 ...

非常感谢，先用着，回头一定好好自己学！

chemholic · 发表于 Post on 2018-8-5 19:56:35

hxd_yi 发表于 2016-1-8 15:57
这个脚本可以帮你，使用方法：脚本保存为gt.sh，然后执行./gt.sh *.out，就可以把out文件中结果提取出来 ...

脚本非常好用，用*.out通配符可以一次提取多个文件！！效率大大提高了！！！

但是有个小bug，对于单原子的计算结果，由于不含振动频率，提取出的结果有问题提，不知道该如何改进下呢？

abin · 发表于 Post on 2018-8-6 12:55:32

habigale 发表于 2015-3-18 14:15
例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP，执行：sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M ...

用find结合-exec

wfmf1994 · 发表于 Post on 2018-9-25 08:48:26

老师，您好，您那个批量运行的脚本生成文件只有out文件，如果还想要fchk文件应该加上什么?

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-26 21:34:55

wfmf1994 发表于 2018-9-25 08:48
老师，您好，您那个批量运行的脚本生成文件只有out文件，如果还想要fchk文件应该加上什么?

运行文中第三个脚本，把所得chk批量转换，当然前提是每个gjf文件里都设了%chk

wfmf1994 · 发表于 Post on 2018-9-28 18:42:35

sobereva 发表于 2018-9-26 21:34
运行文中第三个脚本，把所得chk批量转换，当然前提是每个gjf文件里都设了%chk

谢谢老师

我以为可以通过某个命令直接输出fchk.

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-28 19:17:49

wfmf1994 发表于 2018-9-28 18:42
谢谢老师我以为可以通过某个命令直接输出fchk.

formcheck关键词可以输出，但是是输出到scratch目录下，而且名字没法自己设

wfmf1994 · 发表于 Post on 2018-10-17 10:48:50

老师，我们的服务器如果运行 g09<> .out 运行不了是不是说明安装有点问题？
对于转换fchk的脚本我加上图2的那个路径成功了，但批量提交的加上图2的路径运行完会有inp文件，且out文件提示l1不可执行。
如果出现这种问题如何用脚本批量提交？

highlight · 发表于 Post on 2018-10-17 11:08:40

wfmf1994 发表于 2018-10-17 10:48
老师，我们的服务器如果运行 g09 .out 运行不了是不是说明安装有点问题？
对于转换fchk的脚本我加上图2 ...

显然是你没有指定好环境变量，建议先学习一下 http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

然后在 /home/你的用户名/.bashrc 最后追加：
export g09root=/home/gaussian
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

wfmf1994 · 发表于 Post on 2018-10-17 14:36:10

highlight 发表于 2018-10-17 11:08
显然是你没有指定好环境变量，建议先学习一下 http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

然后在 ...

原来如此，已经弄好了，谢谢

egghead · 发表于 Post on 2018-10-30 14:30:52

老师，看您显示几何优化结果的命令，并学习linux系统里grep命令，我试着写了两条命令，请您看看对不对。
1、找输出文件结果中能量值
grep zero-point C4H8.out -A3

2、看几何优化收敛过程中能量变化情况
grep -E “out of|SCF Done” C4H8.out

2中我试的结果是先显示E(RB3LYP) =。。。。后显示Step number 。。。 out of a maximum of 。。。，这样对吗?不是我看报告，能量看错地方了吧

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-30 21:38:20

egghead 发表于 2018-10-30 14:30
老师，看您显示几何优化结果的命令，并学习linux系统里grep命令，我试着写了两条命令，请您看看对不对。
1 ...

2里没必要有out of，直接提取SCF done就完了（假设你用的是HF或普通泛函计算）

egghead · 发表于 Post on 2018-10-31 07:55:52

sobereva 发表于 2018-10-30 21:38
2里没必要有out of，直接提取SCF done就完了（假设你用的是HF或普通泛函计算）

谢谢老师

17度的冰 · 发表于 Post on 2018-12-24 21:11:53

老师，在G16里运行批处理脚本，都需要更改哪些设置呢？好像不是将G09直接改为G16就可以的。

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-25 01:00:09

17度的冰发表于 2018-12-24 21:11
老师，在G16里运行批处理脚本，都需要更改哪些设置呢？好像不是将G09直接改为G16就可以的。

直接改就可以

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