使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

17度的冰 · 发表于 Post on 2018-12-25 16:18:02

sobereva 发表于 2018-12-25 01:00
直接改就可以

谢谢老师，也谢谢您在群里的回复，果然用dos2unix把脚本转换一下就能用了~

Frank · 发表于 Post on 2019-1-20 14:25:39

请问老师有没有替换Gaussian输入文件坐标信息的脚本？将输入文件中的坐标信息替换为另外一个xyz文件中的坐标信息。

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2019-2-13 21:55:13

hxd_yi 发表于 2016-1-8 15:53
这个脚本可以用以显示计算结果，包括最小的频率，homo，lomo，电子能量，热力学校正数值。提醒：执行方式为 ...

好物学习了

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-1 01:44:36

加入了第8个脚本，对于经常用counterpoise关键词的人有用

neocc · 发表于 Post on 2019-3-23 00:54:28

执行.sh脚本，异常/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory
琢磨了好半天才发现，这是不同系统编码格式引起的：在windows系统中编辑的.sh文件可能有不可见字符，所以在Linux系统下执行会报以上异常信息

推荐这个链接
bad interpreter:No such file or directory的原因 - 游学四方的博客 - CSDN博客
https://blog.csdn.net/blackbattery/article/details/79395224

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-23 03:36:37

neocc 发表于 2019-3-23 00:54
执行.sh脚本，异常/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory
琢磨了好半天才发现，这是不同 ...

一看有^M，有经验的人立刻就会知道是换行符问题导致的
ultraedit、dos2unix都可以转换

neocc · 发表于 Post on 2019-3-23 09:30:28

sobereva 发表于 2019-3-23 03:36
一看有^M，有经验的人立刻就会知道是换行符问题导致的
ultraedit、dos2unix都可以转换

谢谢sob大大的回复，我是linux小菜鸡，看到这个异常就抓耳挠腮

，检索了论坛发现也没有这方面异常的解决方案，给您留言也是希望给跟我一样的菜鸡一些提示，能少走弯路

Novice · 发表于 Post on 2020-3-31 00:05:46

本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:54 编辑

数据挖掘发表于 2015-5-30 16:26
1 依次执行多个指令
并行 ls *gjf|xargs -I @ echo "nohup g09 @ &" >list;sh list
串行 ls *gjf|xargs ...

谢谢社长的分享，最近有个小困惑，就是我有好几千个小任务要去做xtb优化，我自己参考您这篇博文和 http://bbs.keinsci.com/thread-16125-1-1.html 做了个批量串行任务的脚本

#!/bin/bash
for i in *.xyz
do
mkdir ${i//.xyz/} #创建优化临时文件夹
cp ./${i} ./${i//.xyz/}/ #复制原文件到临时文件夹
cd ./${i//.xyz/}/ #切换工作目录到临时文件夹
xtb ${i} --opt > ${i//xyz/out} #xtb优化任务
mv xtbopt.xyz ../xtbopt/${i} #优化结果改名并转移到结果文件夹
mv ${i//.xyz/out} ../xtbopt/ #优化结果输出信息转移到结果文件夹
echo Your refined ${i} was prepared!
cd .. #切换工作回主目录
rm -rf ./${i//.xyz/} #删除临时文件夹
echo
done

复制代码

可是现在任务太多了，一个个串行运行下来需要太久了，我想用并行的方法去运行，虽然看到了14楼的方法，以及网上查到了一些方法和“GNU parallel" ，由于本人Linux菜鸟，看的很糊涂，都没有成功

麻烦社长或者哪位大神给一个可以并行方式完成以上操作的脚本。

注：1. 我的机器CPU有52核，所以希望xtb以单核方式运行，同时并行50个任务，一个任务结束后能自动提交下一个任务。
2. 由于这个小工作站主要是我自己在用，所以没有安装PBS，如果没有很容易解决的办法，我再考虑尝试安装PBS。

snljty · 发表于 Post on 2020-3-31 00:24:48

Novice 发表于 2020-3-31 00:05
谢谢社长的分享，最近有个小困惑，就是我有好几千个小任务要去做xtb优化，我自己参考您这篇博文和 http:/ ...

crest似乎能满足这个需求

Novice · 发表于 Post on 2020-3-31 00:30:59

本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:40 编辑

snljty 发表于 2020-3-31 00:24
crest似乎能满足这个需求

能说具体点吗

抓到一个夜猫子

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你说的是 -mdopt <FILE> 这个选项吧？这个选项要求所有分子得再一个文件里

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-31 00:32:37

Novice 发表于 2020-3-31 00:05
谢谢社长的分享，最近有个小困惑，就是我有好几千个小任务要去做xtb优化，我自己参考您这篇博文和 http:/ ...

最low的办法：你写个脚本，功能是把这个脚本复制50份（每份只跑1个任务，或串行跑多个任务），然后写个脚本交这50个脚本不就行了？

Novice · 发表于 Post on 2020-3-31 00:42:47

本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:57 编辑

zjxitcc 发表于 2020-3-31 00:32
最low的办法：你写个脚本，功能是把这个脚本复制50份（每份只跑1个任务，或串行跑多个任务），然后写个脚 ...

说实话您说的这个操作我都无法实现（比如怎么让50个脚本不重复计算、如何同时提交50个脚本）

我能想到的就是手动创建50个文件夹，然后将任务手动分配到各个文件夹，再手动提交50个脚本

感觉还是不是特别友好，所以出来问问

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-3-31 01:01:12

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-31 01:06 编辑

Novice 发表于 2020-3-31 00:42
说实话您说的这个操作我都无法实现（比如怎么让50个脚本不重复计算、如何同时提交50个脚本）[/ba ...

举例：
run.sh内容：提交多个脚本。

./run1.sh &
./run2.sh &
...

复制代码

这里加了后台符号&，会一下子提交runN.sh（N为数字1-50）所有脚本。

runN.sh内容：提交一个任务，或串行提交多个任务，例如

g09 1_1.gjf
g09 1_2.gjf
...

复制代码

这里没加后台符号&，只能是一行一行运行。

你把文件名起的与数字有关就行了。总不至于问我./run1.sh, ./run2.sh是不是要手写50行吧

Novice · 发表于 Post on 2020-3-31 01:12:26

zjxitcc 发表于 2020-3-31 01:01
举例：
run.sh内容：提交多个脚本。

多谢指教

遗憾的是我这些文件名字不是有序的，所以现在同时提交多个脚本倒是没问题了，可是创建runN.sh太难了

snljty · 发表于 Post on 2020-3-31 09:14:02

Novice 发表于 2020-3-31 00:30
能说具体点吗抓到一个夜猫子

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http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
可以看下卢老师这个贴的最后一节。
把多个结构合并成一个xyz写脚本应该是很简单的，想办法生成一个索引文件，到时候就分得清哪个是哪个了

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