超详细CP2K编译过程，GNU9.3+intel MKL+openmpi【含视频】

啦啦黑还黑

8.1编译更方便了，可以在toolchain里选intel mpi了，比openmpi还要快一些，popt版本没了，都直接链接成了psmp。

wth1219

回复楼上几位大神，学校集群不连外网，所有配置必须一一手动完成……

gog

wth1219 发表于 2021-2-9 09:49
求楼主有时间看一下最新的8.1版本要如何编译啊，真的是太难了……

另外如何在其中嵌入最新版本（1月 ...

下载 cp2k开发版，即 cp2k-master

gog

cp2k-7.1 openmpi+mkl编译后的测试。仅sirus组件没安装。请忽略时间，测试期间有在做其他运算。
Number of FAILED  tests 31
Number of WRONG   tests 0
Number of CORRECT tests 3242
Number of NEW     tests 8
Total number of   tests 3281
GREPME 31 0 3242 8 3281 X

Summary: correct: 3242 / 3281; new: 8; failed: 31; 89min
Status: FAILED

gog

啦啦黑还黑 发表于 2021-2-13 18:55
8.1编译更方便了，可以在toolchain里选intel mpi了，比openmpi还要快一些，popt版本没了，都直接链接成了ps ...

请教刘博，用intel 2019.5 全家桶编译cp2kmaster20210224版本, mkl搜索的时候，提示不用mkl提供的ScaLAPACK and BLACS，个人感觉不对劲。怎么解决呢？

Found lib directory /home/al/intel/compilers_and_libraries_2019.5.281/linux/mpi/intel64/lib/release
libmpi is found in ld search path
libmpicxx is found in ld search path
Step intelmpi took 0.00 seconds.
Step valgrind took 0.00 seconds.
Step reflapack took 0.00 seconds.
==================== Linking MKL to user paths ====================
Found directory /home/az/intel/compilers_and_libraries_2019.5.281/linux/mkl
Not using MKL provided ScaLAPACK and BLACS
Step mkl took 0.00 seconds.

疯狂的阿太

wth1219 发表于 2021-2-13 19:59
回复楼上几位大神，学校集群不连外网，所有配置必须一一手动完成……

想请问下手动完成是指自己编译每个库文件吗？

abin

wth1219 发表于 2021-2-13 19:59
回复楼上几位大神，学校集群不连外网，所有配置必须一一手动完成……

没有网络没关系，

我有方法可以搞定。

喵星大佬

abin 发表于 2021-3-17 22:24
没有网络没关系，

我有方法可以搞定。

我寻思去网站上下好传上去也可以忽悠杯奶茶嘛

abin

喵星大佬 发表于 2021-3-20 02:29
我寻思去网站上下好传上去也可以忽悠杯奶茶嘛

你想得太简单了。

我指的是提供针对处理器进行优化编译，
再打包。

可提供hsw skl平台版本。

使用官方提供的预编译版本，
怎么能叫自己处理的版本呢？

对效率没有追求的，
直接使用官方提供的二进制版本，
啥都解决了。

喵星大佬

abin 发表于 2021-3-20 07:29
你想得太简单了。

我指的是提供针对处理器进行优化编译，

我以为你说的就是用他说的libxc5.1呢，一般就稍微改下几个toolchain里的脚本就好了，不过没试过不知道还有啥幺蛾子，针对处理器优化的话没研究过，效率比正常编译的提升大概多少可以给个数嘛

abin

喵星大佬 发表于 2021-3-20 15:21
我以为你说的就是用他说的libxc5.1呢，一般就稍微改下几个toolchain里的脚本就好了，不过没试过不知道还 ...

我就会编译, 就会按照教程完成测试.

我自己不会用cp2k, 没调试过算例.

不过可以给一个侧面的例子.

友方, 8179M 12x16GB, intel全套+vasp6.1.0, 那个频率大概稳定在2.4GHz
跑同一个计算, 只看了前5分钟的计算,
grep LOOP OUTCAR,
大约是每一步 140s

我也是intel编译, 不过是8260ES, 但是内存只有8条, 工作频率是2.3GHz
跑同一个计算, 只看了前5分钟的计算,
grep LOOP OUTCAR,
大约是每一步 20s
如果这里是内存搞到12条, 应该更快一点点的.

有没有优化提速, 你说呢?

abin

看大家编译过程，
好折腾呀。

源码中自带有Dockerfile呀，
有网络就行了，

docker build .

等待吧……
就搞定了。
好像自己编译的，就一定能快出很多似的。

yiranfengbai

请问，按照gcc第二种方法升级后，gcc -v 确实显示9.3.1版，可以一退出root，在个人账户下gcc -v 又显示4.8.5版，然后再进入root时显示4.8.5版，这是怎么回事啊

biogon

abin 发表于 2021-3-20 15:26
我就会编译, 就会按照教程完成测试.

我自己不会用cp2k, 没调试过算例.

这个差距也太大了

abin

biogon 发表于 2021-4-18 20:16
这个差距也太大了

差距大不大，不是我说的。

对方告诉我，
grep LOOP OUTCAR
看了前20个……
我做的版本，大概在20秒多一些。
对方的在140秒左右。

算例和源码都是对方提供的。
我用的测试机器，内存通道还不满呢。

我不会用VASP，
我仅仅是编译了，
并调整了几个编译参数。