超详细CP2K编译过程，GNU9.3+intel MKL+openmpi【含视频】

hitvip

喵星大佬 发表于 2021-9-5 16:37
不用mkl就好了。。。。

按照您的建议。使用了 --with-mkl=no后果然好用。非常感谢！

learnerNONE

hitvip 发表于 2021-9-5 10:07
非常感谢您的解答，如您所说，我去掉了那两个软件包，并且采用cent8自带的gcc 8.4.1 来编译，但是我现在 ...

我也遇到了QUIP安装MPI的问题，并在github上获得了解答：
You can try modifying scripts/install_quip.sh to link the correct libraries:
In line 98 of scripts/install_quip.sh replace
'$(resolve_string "${MATH_LIBS}")'
with
'-L"${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm -ldl"'

注意至少在cp2k8.2里install_quip.sh换了位置，在scripts/stage6，或者自己用find ./ -name 搜索。
更改之后，我的quip完美编译，祝你好运

bajia

非常感谢老师分享，我按照这个方法可以编译完成，test也都是通过的，没有报错，不过我在进行cell_opt的时候只能进行一个SCF，之后即不停止，out文件也没有更新，就很郁闷，老师有遇到过这样的状况吗

ChemG

bajia 发表于 2021-9-11 13:13
非常感谢老师分享，我按照这个方法可以编译完成，test也都是通过的，没有报错，不过我在进行cell_opt的时候 ...

这个我也遇到了，你用的应该使用的popt或者psmp结合export OMP_NUM_THREADS=1吧。我自己尝试换用编译出的ssmp或者psmp结合export OMP_NUM_THREADS=2,同时mpirun -np时核数减半可以正常了。但是具体原因不清楚

hitvip

learnerNONE 发表于 2021-9-10 22:09
我也遇到了QUIP安装MPI的问题，并在github上获得了解答：
You can try modifying scripts/install_quip. ...

非常感谢您的回答，这个问题困扰了我好久了，太谢谢啦，我把所有的分给您

learnerNONE

hitvip 发表于 2021-9-11 18:20
非常感谢您的回答，这个问题困扰了我好久了，太谢谢啦，我把所有的分给您

客气了

普朗克的薛定谔

这是在安装的时候使用的编译器吗

雷志杰

普朗克的薛定谔

赞了！

bajia

ChemG 发表于 2021-9-11 16:51
这个我也遇到了，你用的应该使用的popt或者psmp结合export OMP_NUM_THREADS=1吧。我自己尝试换用编译出的 ...

就很郁闷，我是只能用两个核，真的是无语了

叶子之旅

abin 发表于 2021-3-20 20:08
看大家编译过程，
好折腾呀。

请问下王老师，我之前在本地和singularity上成功编译了CP2K，现在想试试docker，遇到点问题。我在toolchain目录下运行"docker build cp2k/toolchain ."后输出以下内容：

Done!
Now copy:
  cp /opt/cp2k-toolchain/install/arch/* to the cp2k/arch/ directory
To use the installed tools and libraries and cp2k version
compiled with it you will first need to execute at the prompt:
  source /opt/cp2k-toolchain/install/setup
To build CP2K you should change directory:
  cd cp2k/
  make -j 48 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"

arch files for GPU enabled CUDA versions are named "local_cuda.*"
arch files for coverage versions are named "local_coverage.*"

Note that these pre-built arch files are for the GNU compiler, users have to adapt them for other compilers.
It is possible to use the provided CP2K arch files as guidance.
Removing intermediate container a79becc429fb
---> ba5e84dea122
Successfully built ba5e84dea122
Successfully tagged cp2k/toolchain:latest

按照提示应该是还要编译CP2K本体吧？我尝试docker container run -it cp2k/toolchain bash进入容器后，发现无法按照以上提示进行make编译操作，因为会报错。查看后发现相对于源代码包里的完整文件，容器内少了很多文件，难道是要把完整的源代码文件复制到容器里进行编译？还是需要docker其他的Dockerfile呢(我看到CP2K源代码包里有很多其他的Dockerfile)？麻烦老师给个思路，谢谢~

abin

叶子之旅 发表于 2021-10-13 08:58
请问下王老师，我之前在本地和singularity上成功编译了CP2K，现在想试试docker，遇到点问题 ...

看docker 手册呀……

Mentary

archer 发表于 2020-9-17 18:30
make出现错误，请问您知道如何解决吗？
cp2k-7.1/Makefile:134: recipe for target 'all' failed
make[2] ...

请问您的问题解决了吗，我也遇到了这样的问题

archer

Mentary 发表于 2021-11-28 15:14
请问您的问题解决了吗，我也遇到了这样的问题

抱歉，我也没有解决

Mentary

archer 发表于 2021-12-1 12:27
抱歉，我也没有解决

好的，感谢您的回复