求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化

zwl

casea 发表于 2021-11-28 10:57
还有一点，只是单纯的atomtypes 剪切过去也可能会报错。需要检查两个拓扑文件中的atomtypes是否有重复的 ...

您好，按照您的建议进行了更改并运行，还是报错，说ljba.itp中的第三行语法错误，

请您在指导下

牧生

zwl 发表于 2021-11-28 21:55
您好，按照您的建议进行了更改并运行，还是报错，说ljba.itp中的第三行语法错误，

请您在指导下

请给出具体文件，我猜不到是什么错

zwl

您好，文件如图，请您看下，谢谢

牧生

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

划重点：
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。不是ljba_GMX.itp用不着

这下子看得清了吧
如果还报错，把文件全部传上来，看图的话，不方便帮你修改。

wyfgg

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您当时的top与pdb原子类型不匹配的阶段T^T

faylovesnow

wyfgg 发表于 2022-5-24 20:30
我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您 ...

牧生老师的研究方向跟我太契合了

Smes

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师我遇到的情况跟这差不多，我是模拟电解液体系：包括锂离子，六氟磷酸根离子，ec,dec分子。
我的工作步骤是，先用sobtop得到四个分子的itp，使用packmol得到盒子的pdb文件，手写了top文件和mdp文件。我看了您的一些帖子，我把所有itp文件中atomtypes直接全剪到ec.itp后面，进行 gmx grompp -f test.mdp -c elbox.pdb -p elbox.top -o nvt-pr.tpr结果还是报错(pdb文件太大没法上传)。烦请老师帮忙看看，哪里出错

Smes

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp。这个看起来是力场文件是不是gmx直接内置呢。还是要自己找呢

牧生

Smes 发表于 2023-4-5 23:28
老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有[/b ...

不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是没问题的。

如果warning太多，后面的部分有不对应的，比如C1-O，这就不对了。可能需要修改分子出现的顺序或者top。

amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp是自带的，在你当前GMX的目录下面的

Smes

牧生 发表于 2023-4-6 07:08
不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是 ...

老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

牧生

Smes 发表于 2023-4-8 11:09
老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

如果确定是对应上的，就可以忽略这个提醒，继续下一步。

探索者

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师好，我再合并3个itp文件时，还是有这个问题，仔细检查后，还是出错，麻烦老师帮我看看

探索者

这个是3个分子的相关文件

探索者

探索者 发表于 2024-6-12 20:58
这个是3个分子的相关文件

老师，刚刚又检查发现，atomtypes重复定义了两次c3，删除下边的一个，重新试了一下，还是报错

探索者

找到问题了，谢谢老师