Gaussian二面角扫描后如何批量保存每一帧结构

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-16 11:53:37

最近想试着拟合一下烷烃的Ryckaert–Belleman二面角势函数参数，论坛中已经有人做过类似工作，比如http://bbs.keinsci.com/thread-17051-1-1.html
整体做下来是没啥问题，拟合曲线也基本一致，但是Gaussian二面角扫描（#p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d,p) nosymm）以后的每一个结构都用gaussview一帧一帧去保存结构太费劲了，想问一下有没有简单的方式或者现成脚本去一次性保存轨迹，看了一下log文件对于每一个角度扫描都会产生多个坐标，应该是每次都保存最后一次的那个坐标吧？

snljty · 发表于 Post on 2020-10-16 12:20:43

http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html也许有帮助

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-16 12:26:23

snljty 发表于 2020-10-16 12:20
http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html也许有帮助

好的，谢谢，我去试试

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-16 14:53:07

问题解决，楼上分享的那个工具很好用，再次感谢。对于我的情况，转成gro更直接，因此改进了一下，可以直接输出轨迹gro，每一帧能量输出到xyz第二行或者gro第一行，便于后面使用。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-16 21:44:39

另外还有个做法，就是gview6打开柔性扫描的输出文件，选择file - save，点advanced，把save molecule group设成Yes

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-16 22:00:31

sobereva 发表于 2020-10-16 21:44
另外还有个做法，就是gview6打开柔性扫描的输出文件，选择file - save，点advanced，把save molecule group ...

好的，谢谢老师。用的gview5，我马上换成gview6

goldNAN · 发表于 Post on 2024-3-20 22:36:30

在低版本GNU下编译需要加 -std=c99 参数

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