关于生成能量最小化的tpr文件出现“Invalid order for directive atomtypes”问题

TOPGAO · 发表于 Post on 2020-10-22 16:27:27

我再进行“ gmx grompp -f .\step4.0_minimization.mdp -c .\complex.gro -p .\topol.top -o ion.tpr”时出现Fatal error:Syntax error - File UNK_GMX.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
我的蛋白是直接用gromacs生成的
我看了之前的求助帖子，按照上面的解决方法改了top文件，但是还是一样的报错，请问这种错误还需要怎么修改参数

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-23 06:14:14

你引入含有[atomtyes]的UNK_GMX.itp，导致在[moleculetypes]之后出现了[atomtypes]，明显不满足gmx对字段顺序的要求

TOPGAO · 发表于 Post on 2020-10-23 11:10:54

sobereva 发表于 2020-10-23 06:14
你引入含有[atomtyes]的UNK_GMX.itp，导致在[moleculetypes]之后出现了[atomtypes]，明显不满足gmx对字段顺 ...

谢谢老师，问题已解决

22060351 · 发表于 Post on 2021-8-11 12:18:09

TOPGAO 发表于 2020-10-23 11:10
谢谢老师，问题已解决

您好，我也遇到了同样问题，请问是怎么解决的

skypeside · 发表于 Post on 2022-7-28 11:22:22

您好，可以把解决后的itp文件和pro文件看看嘛？我也遇到这个问题，但是还没有解决

skypeside · 发表于 Post on 2022-7-28 13:39:51

您好可以看下你atomtypes出错之后修改的文档吗？我也遇到了相同的问题但是还是没有解决，可以麻烦您指教一下吗？

牧生 · 发表于 Post on 2022-7-28 16:50:03

skypeside 发表于 2022-7-28 13:39
您好可以看下你atomtypes出错之后修改的文档吗？我也遇到了相同的问题但是还是没有解决，可以麻烦您指教一 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

skypeside · 发表于 Post on 2022-7-29 08:51:19

非常感谢！

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[GROMACS] 关于生成能量最小化的tpr文件出现“Invalid order for directive atomtypes”问题