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[Gaussian/gview] 用gaussian和AmberTool拟合resp电荷出现问题

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发表于 2015-11-3 21:24:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
  背景介绍:本人在读完卢天写的“原子电荷计算方法的对比 ActaPhys. -Chim.Sin. 2012, 28 (1), 1-18之后,了解到可以用AmberTool工具处理milliken电荷得到RESP电荷。我先用上面提到的文章中的在HF/6-31G* 级别下计算得到milliken电荷,再使用AmberTool工具中的antechamber指令处理得到我希望的RESP电荷。于是出现下面的两个问题:

  存在的问题:(1)用”antechamber –L查看具体的支持的格式发现如下图1所示的信息,有图片上可以知道“RESP”“AM1-BCC”是分属于不同的Charge Methods的,可是在上面提到的文章中认为“AM1-BCC”是一种简单的近似计算RESP电荷的方法,这就把我弄糊涂了。(2)问题(1)中提到的antechamber指令我的完整指令是antechamber -ilyp-20peg.chk  -fi gout -o lyp-20peg.mol2-fo mol2 -c resp -nc 0.运行之后直接报错,报错信息如下图2. 按照图示信息,我在关键词中添加了“iop(6/33=2)iop(6/42=6) iop(6/50=1”和关键词“geom=check guess=read”读取优化后的结构文件*.Chk,计算完成后依旧报错,报错信息与图2完全相同。
                              

charge method

charge method

error information

error information
     希望解决的问题:(1)在问题(2)中提到的iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1”这几个关键词“原子电荷计算方法的对比”中说到计算MK电荷才需要,为什么计算resp电荷也会出现提示让我加上去,还有这个过程我还有哪些基本问题没有弄清楚?希望推荐阅读的资料;(2)在读到的文献中提到拟合RESP电荷的相关表述“the one-conformation two-step RESP method
was used to derive the atom charges by fitting the electrostatic potential generated from QM calculations at HF/6-31G+(d)level.”中提到的“two-step”指的就是先用g09优化结构,计算milliken电荷和antechamber指令得到resp电荷这两步吗?
  由于本人是自己在单独摸索这个过程,中间可能会有一些低级问题和错误,希望大家不吝赐教。
感谢

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发表于 2015-11-3 22:17:12 | 显示全部楼层
这篇文章也建议看看
拟合静电势电荷的计算方法(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221

不是文章认为AM1-BCC是对RESP的近似,而是AM1-BCC的作者初衷就是弄一个又快结果质量又接近RESP的方法。这是两种方法,所以antechamber当然会单独列出。

你的antechamber命令行不对。chk是高斯的私有格式,显然antechamber没法利用它。

计算MK电荷本身完全不需要那些IOp。antechamber要从高斯的out文件中读取分子表面上一堆点的静电势数据才能计算RESP电荷,那些数据在高斯算MK电荷的同时结合那些IOp的时候才会输出到高斯输出文件中。

Mulliken电荷跟RESP电荷没有丝毫关系,而且那不叫milliken电荷,此文专门说了这事
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

2019-May-14补充的重要说明
antechamber算RESP电荷的做法早已过时,目前最佳的计算RESP电荷的方法是用Multiwfn,又快又灵活强大,远比antechamber好用得多,详见:
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
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发表于 2015-11-3 23:54:02 | 显示全部楼层
iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1)这几个关键字是要求Gaussian输出RESP Fitting。其中
iop(6/33=2)是进行RESP Fitting并输出到Gaussian的.log文件。
iop(6/42=6)是指定精度(的关键字之一)。
以上两个关键字可以在Gaussian 03及之前的版本中使用。
iop(6/50)=1是Gaussian 09 C.01之后推荐的独立于高斯输出文件的resp文件格式,在antechamber中称为"gesp",使用时需要在高斯输入文件末尾指定单独的gesp的文件名称。
Gaussian 09B.01(可能还有G09A,没有该版本不知道)“误删”了RESP Fitting的代码,所以以上关键字没一个管用。
Gaussian 09C.01及后续版本恢复了误删的代码并且加上了gesp的代码,所以以上关键字全部可以使用。

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发表于 2015-11-6 23:55:58 | 显示全部楼层
iop(6/50)=1,在最后加上XX.gesp,算完可以的gesp文件,在用antechamber去处理,得到prep文件

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发表于 2016-12-13 11:20:34 | 显示全部楼层
我想问是iop(6/50=1) 还是iop(6/50)=1

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发表于 2016-12-14 00:36:29 | 显示全部楼层
zn574622667 发表于 2016-12-13 11:20
我想问是iop(6/50=1) 还是iop(6/50)=1

前者
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发表于 2017-3-12 20:51:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-11-3 22:17
这篇文章也建议看看
拟合静电势电荷的计算方法(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=22 ...

sob大神,我在gaussian中采用关键词:
#b3lyp Pop=MK iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
来计算resp是,最后报了l602的错误,我尝试调整iop,才没有报错:
Pop=MK IOp(6/33=2,6/41=10,6/42=17)
通过antechamber也得到了resp的电荷,前面那个iop不知道为什么会报错。我用的是G09D01版本的

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发表于 2017-3-12 21:24:37 | 显示全部楼层
kjxwl3 发表于 2017-3-12 20:51
sob大神,我在gaussian中采用关键词:
#b3lyp Pop=MK iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
来计算resp是,最后报 ...


对于Ambertools16 + Gaussian 09 D.01/E.01,就用以下步骤就行了,不要做额外的修改(除了理论方法和基组)。6/50=1是不需要的
(1) 产生Gaussian计算MK电荷的输入文件 antechamber -i ethanol.mol2 -fi mol2 -o ethanol.gjf -fo gcrt
(2) 用Gaussian执行 g09 < ethanol.gjf > ethanol.out
(3) 做RESP电荷计算并产生分子的库文件(会从ethanol.out中读取分子附近格点上的静电势数据) antechamber -i ethanol.out -fi gout -c resp -o ethanol.prepin -fo prepi

你的关键词里也没定义基组,此时是STO-3G,得到的RESP电荷会很烂
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发表于 2017-3-29 16:29:57 | 显示全部楼层

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发表于 2017-8-20 10:47:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 小范范1989 于 2017-8-20 11:03 编辑
sobereva 发表于 2017-3-12 21:24
对于Ambertools16 + Gaussian 09 D.01/E.01,就用以下步骤就行了,不要做额外的修改(除了理论方法和基 ...

sob老师好,按照您说的这个方法。我用高斯09D01计算了输出文件,
# b3lyp 6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj Pop=mk iop(6/33=2) iop(6/42=6)
然后,采用 antechamber -i ethanol.out -fi gout -c resp -o ethanol.prepin -fo prepi指令,执行之后,产生了好几个输出文件,有ANTECHAMBER.ESP 还有ANTECHAMBER_RESP1.OUT等文件。这个RESP得到的原子电荷从哪个输入文件中找呢?找哪一快数据呢?谢谢老师指点。
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