求助Acpype生成了小分子的文件，应该用哪些文件呢？

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-18 14:16:18

各位老师好，想麻烦问一下老师们我现在已经用Acpype生成了小分子的文件，但是我不太清楚应该用哪些文件呢？谢谢各位老师~

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-18 18:45:13

此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

里头有_GMX后缀的.gro、.itp、.top，直接在GROMACS里用即可

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-18 19:50:18

sobereva 发表于 2020-11-18 18:45
此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thr ...

好的，谢谢社长~

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-18 19:52:56

sobereva 发表于 2020-11-18 18:45
此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thr ...

另外还想麻烦社长关于把配体的itp文件引入到.top里这个具体怎么操作呢？谢谢社长~

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-18 21:37:15

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-19 10:16:18

牧生发表于 2020-11-18 21:37
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢？谢谢大佬~

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-19 10:51:16

BabysBreath 发表于 2020-11-19 10:16
啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢 ...

能否把小分子include到蛋白质里面去？？

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-19 11:10:16

牧生发表于 2020-11-19 10:51
能否把小分子include到蛋白质里面去？？

对，但是我想知道在哪儿地方加进去呢？我之前看的教程都没有这么操作而是Include prm和itp文件，外加加Moleculetype

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-19 11:23:25

notepad++打开两个itp文件，

把其中一个.itp最前边的atomtypes那一部分剪到另一个.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-11-19 13:16:53

牧生发表于 2020-11-19 11:23
notepad++打开两个itp文件，

把其中一个.itp最前边的atomtypes那一部分剪到另一个.itp中的atomtypes后 ...

我仔细看了一下，如果是蛋白的话生成拓扑后好像没有itp吧或者有的那个itp只有position_restraints，而没有atomtypes这样

无垠 · 发表于 Post on 2022-7-23 13:13:49

BabysBreath 发表于 2020-11-19 10:16
啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢 ...

求助一下各位大佬怎么制作蛋白配体的混合的拓扑文件？已经生成小分子itp,但是不知道该怎么加进去

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-23 13:59:29

无垠发表于 2022-7-23 13:13
求助一下各位大佬怎么制作蛋白配体的混合的拓扑文件？已经生成小分子itp,但是不知道该怎么加进去

在top文件合适的位置加上#include "...itp"

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