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[CASTEP/MS] dmol3算三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态时的报错问题

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发表于 2020-11-27 10:37:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,我现在用dmol3进行三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态搜索,是按下列步骤进行的:
一:找出三氧化二砷在Fe2O3表面最稳定的吸附构型作为反应的初始态IM1;找出五氧化二砷在Fe2O3表面最稳定的吸附构型作为反应的最终态FS
二:通过初始态结构构型和最终态的构型大体找一个中间体,并对其进行结构优化得IM2
三:用IM1作为反应物,IM2作为产物,用LST/QST进行过渡态搜索并进行频率计算。但是在计算的时候老报错,下面是outmol文件中的警告和报错。
#Warning: no global confinement specs in BASFILE
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction
Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.
Warning: Existing Hessian file deleted.
Warning: at least C1 SYM file should be there for optgeom
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Signal Caught:            2
Peak memory usage: 1063720 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 2:
Peak memory usage: 1090420 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 3:
Peak memory usage: 1090044 kB on current thread

... Calling mpi_abort ...
下图是计算的xcd文件。请问各位老师有没有解决方法啊
屏幕截图 2020-11-23 161032.jpg

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Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-27 14:11:27 | 显示全部楼层
是说搜过渡态的时候就报错了吗?
试试直接从当前的最优过渡态结构出发,精修过渡态。

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发表于 2020-11-27 14:41:51 | 显示全部楼层
其实我觉得你的报错截图截得不够完整,如果可以的话最好把outmol文件发上来看看。

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Level 4 (黑子)

发表于 2020-11-27 14:43:56 | 显示全部楼层
虽然不懂过渡态,但我感觉你要想让大佬们帮助解决问题,最好是把完整的参数截图还有完整的outmol文件发上来

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 楼主| 发表于 2020-11-28 21:40:37 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-27 14:11
是说搜过渡态的时候就报错了吗?
试试直接从当前的最优过渡态结构出发,精修过渡态。

嗯嗯,搜索过渡态的时候就报错了。老师您的意思是不是就是用目前的TS.xsd文件再进行过渡态的精修啊

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发表于 2020-11-28 22:34:03 | 显示全部楼层
chenyanli 发表于 2020-11-28 21:40
嗯嗯,搜索过渡态的时候就报错了。老师您的意思是不是就是用目前的TS.xsd文件再进行过渡态的精修啊

从这么多个CG path来看,大概率是路径猜测可能不太好或者LST/QST过程的收敛标准过高,导致搜索次数达到最大次数而出错的。一方面尽可能把反应路径猜测合理一些,一方面也不要指望通过LST/QST直接一次性就能找到个可靠的过渡态。在反应物产物合理的基础上可以以TS Search粗略提供一个过渡态,再通过TS Opt精修,这样会更合适。

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 楼主| 发表于 2020-12-1 09:51:12 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2020-11-28 22:34
从这么多个CG path来看,大概率是路径猜测可能不太好或者LST/QST过程的收敛标准过高,导致搜索次数达到最 ...

嗯嗯好哒。老师在过渡态搜索时xtd文件中animation options里的end frame数值大小会有影响吗

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发表于 2020-12-1 13:27:45 | 显示全部楼层
chenyanli 发表于 2020-12-1 09:51
嗯嗯好哒。老师在过渡态搜索时xtd文件中animation options里的end frame数值大小会有影响吗

会有影响。
满招损,谦受益。热衷于理论和方法研究水平不高但欢迎讨论。

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 楼主| 发表于 2020-12-1 16:32:52 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2020-11-28 22:34
从这么多个CG path来看,大概率是路径猜测可能不太好或者LST/QST过程的收敛标准过高,导致搜索次数达到最 ...

好哒老师,我试一下

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发表于 2020-12-8 19:32:31 | 显示全部楼层
请问您描述的:通过初始态结构构型和最终态的构型大体找一个中间体,并对其进行结构优化得IM2。这个不就是过渡态吗?

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 楼主| 发表于 2020-12-9 15:36:50 | 显示全部楼层
hopedream 发表于 2020-12-8 19:32
请问您描述的:通过初始态结构构型和最终态的构型大体找一个中间体,并对其进行结构优化得IM2。这个不就是过 ...

这个是中间体,用中间体和反应物来进行过渡态搜索,找到的过渡态就是第一步的过渡态

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发表于 2020-12-19 22:19:11 | 显示全部楼层
chenyanli 发表于 2020-12-9 15:36
这个是中间体,用中间体和反应物来进行过渡态搜索,找到的过渡态就是第一步的过渡态

我看dmol3说明书里好像利用LST/QST搞一个反应路径,然后算一下频率,就把这个“中间体”作为反应物和生成物的过渡态,没有像您弄的这么麻烦,所以我有点不解,不知道按那个标准来,是不是因为您的反应物和生成物间含有多个虚频,有几个过渡态要优化呢?望指教

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 楼主| 发表于 2020-12-21 15:56:43 | 显示全部楼层
hopedream 发表于 2020-12-19 22:19
我看dmol3说明书里好像利用LST/QST搞一个反应路径,然后算一下频率,就把这个“中间体”作为反应物和生成 ...

你说的这个应该和我说的这个是一样的,我计算的这个是中间体和反应物之间用LST/QST搞一个反应路径,找一个过渡态,中间体和生成物之间再找一个反应路径,找一个过渡态。
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