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楼主 Author: chenyanli
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[CASTEP/Dmol3/MS] dmol3算三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态时的报错问题

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发表于 Post on 2021-11-23 16:52:04 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-11-19 14:14
frame会对LST的过程有影响,但要找准确不大建议通过LST/QST,建议先找到个粗略的结果(比如受力的标准适 ...

谢谢老师回复。粗略找用dmol3提供的其他过渡态寻找算法是否会更快一些呢,比如LST/optimization。dmol3 过渡态搜索收敛标准好像没有单独列受力标准,只有个收敛质量,这里选个coarse是不是也可以,反正找到之后都要再做TS opt。

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发表于 Post on 2021-11-23 18:02:28 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2021-11-23 16:52
谢谢老师回复。粗略找用dmol3提供的其他过渡态寻找算法是否会更快一些呢,比如LST/optimization。dmol3  ...

力就是RMS converge那一项,在过渡态搜索的More选项中。可以适当降低,但不要降低截断半径、积分精度和SCF收敛标准等。如果不好找还可以试试用ASE调用NEB,方法其实有很多。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2021-12-28 16:16:56 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-11-23 18:02
力就是RMS converge那一项,在过渡态搜索的More选项中。可以适当降低,但不要降低截断半径、积分精度和SC ...

卡老师您好,按照之前的办法,dmol3中过渡态搜索基本都可以实现。但是做ts-optimization出现了一些问题。
1)频率分析出现了多个虚频,看之前卡老师的回答,是点开一个合适的虚频,文件夹内出现了一个振动模式的xtd,再点开过渡态xsd文件进行opt计算;我发现好像即使没有这个xtd也可以进行opt计算,或者点开别的虚频,生成了多个xtd,opt计算的input文件里面好像没有什么变化。是不是这样操作的呢
2)做ts-opt的时候,有时候outmol文件里面出现下面的内容,warning内容软件调整好还可以继续算(这个我搜到过卡老师之前的解答);但是一旦同时出现最后几行,貌似算例就停止了,但是服务器上并没有停止计算,这是什么原因,怎么来调整合适呢。谢谢老师
Warning: Magnitude of eigenvalue  75 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  76 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  77 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  78 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  79 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  80 too small.  Replaced by     0.000100
   Warning: Magnitude of eigenvalue  81 too small.  Replaced by     0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue  82 too small.  Replaced by     0.000100
Searching for Lambda that Maximizes Along the Lowest mode
Geometry optimization: predicted energy change is  -0.015236 Ha

New Cartesian Coordinates Obtained by Inverse Iteration

Warning: Exceeded allowed number of iterative cycles in get_card
   an internal coordinate may have approached 180 degrees,
   new set of delocalized internals will be generated
  Warning: Backtransformation failed
  Message: New Coordinates will be constructed
  

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发表于 Post on 2021-12-28 21:13:33 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2021-12-28 16:16
卡老师您好,按照之前的办法,dmol3中过渡态搜索基本都可以实现。但是做ts-optimization出现了一些问题。 ...

1、影响应该有,我记得应该会多写入一个初始的振动的Eigenvectors。另外是ts-opt而不是普通的opt,先明这点是否正确,
2、这个Warning来自于更新后的Hessian的Eigenvectors有些太小被替换,这个没关系,卡住的问题不妨把outmol传上来,freq建议不要用coarse grained的选项。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
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发表于 Post on 2021-12-29 17:12:44 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-12-28 21:13
1、影响应该有,我记得应该会多写入一个初始的振动的Eigenvectors。另外是ts-opt而不是普通的opt,先明这 ...

谢谢老师回答。
1.是ts-opt
2.outmol文件见附件;freq没有用coarse,不过在没有看到老师回答之前按默认设置的选过coarse,发现在服务器上freq的outmol写了dmol3 successful不再计算了,但是服务器任务没有停止,查看频率的时候,intensity全部为0

Cu_ts_opt.outmol

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发表于 Post on 2021-12-29 21:34:29 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2021-12-29 17:12
谢谢老师回答。
1.是ts-opt
2.outmol文件见附件;freq没有用coarse,不过在没有看到老师回答之前按默认 ...

intensity是0应该正常,DMol3的周期边界计算频率intensity似乎不太正常。这可能是某些bug,我不确定你Hessian计算的时候考虑了多少原子,要不适当增加Partial Hessian中的原子来保证Hessian初始猜测合理,如果还不行再看看将优化过程的最大步长和GDIIS的长度以及使用的坐标做一些调整。
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