求关于高斯计算具体键的键能的方法

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-12 20:48:25

各位大神，目前我计算具体某个分子的时候，因为直接选取的opt优化，最后结果会有一个能量值E出现，这个E是分子的最低稳定能，假如我要知道具体某个键的键能，比如过氧键-O-O-的键能，我想知道通过高斯计算可以得到吗？如果可以计算，那我在上传文件时，应该选择哪个模式？或者应该加什么关键词？先谢过了

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-12 20:58:13

直接从这个键中间劈两半，分别opt freq，注意多重态设定。

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-12 21:10:40

liyuanhe211 发表于 2015-11-12 20:58
直接从这个键中间劈两半，分别opt freq，注意多重态设定。

意思是说我在画结构的时候，只画一半？那个半键（-O-）就直接这样裸着，计算出来的能量E就是-O-O-键键能的一半？？多重态设定是什么意思

问了很白的问题

求你别发火！！！我知道你耐心不好

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-12 21:47:09

比如计算双氧水O-O键能，T是温度
1 对HOOH做opt freq，得到H(T)_HOOH
2 对OH做opt freq，自旋多重度设2，得到H(T)_OH
键能即2*H(T)_OH - H(T)_HOOH。

想得到更精确的结果建议用热力学组合方法。

上面的方式得到的具体来说是键解离能(BDE)，能和实验热力学数据对比。单纯的理论方式研究键能不需要优化片段，也不用振动分析，只需要整体的单点能减各个片段的单点能就够了，结构都用优化好的整体的结构。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-13 05:34:06

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-13 05:36 编辑

暖玉生烟发表于 2015-11-12 21:10
意思是说我在画结构的时候，只画一半？那个半键（-O-）就直接这样裸着，计算出来的能量E就是-O-O-键键能 ...

就整个结构劈两半，画两个圈，左边圈里原子的坐标粘到一个文件里，右边的粘到另一个文件里，当成初猜算就是了。量化的输入显然不需要考虑“键”的问题。（就想GV里geom=connectivity没用）

计算出来（相减）是键能，不是键能的一半。

你要是打断的键不是环上的键，真的就碎成两个了，那就是两边都设2；如果打断了环上的键，整个分子还连着，按说应该还是0，我见别人算过，自己没算过，不清楚这种情况该怎么具体处理，结构上或许应该刻意拉远一点，以及可能涉及波函数初猜的问题？以及分子内的断键如何避免它算成异裂就不会了。

完蛋了，没耐心在论坛上都被人记住了

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-13 06:24:25

liyuanhe211 发表于 2015-11-13 05:34
就整个结构劈两半，画两个圈，左边圈里原子的坐标粘到一个文件里，右边的粘到另一个文件里，当成初猜算就 ...

对于打断环上的O-O时，把结构适当调整使两个O远离，此时当做双自由基来算
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
此时的能量和原本的能量差就是O-O键能。

但最好还应当考虑调整结构过程造成的其它部分的能量变化，应当设计个过程估算出来从键能中扣除掉。

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-13 12:03:01

sobereva 发表于 2015-11-12 21:47
比如计算双氧水O-O键能，T是温度
1 对HOOH做opt freq，得到H(T)_HOOH
2 对OH做opt freq，自旋多重度设2， ...

Sob老师，对您的解释，我有两点疑问，第一步中的H（T）是指输出文件中的HF吗？我之前计算分子能一直是拿HF用的，我没有设定过温度，所以我在输出的log文件中也没找到H(T)

再一个就是第二步中对OH计算，我在GV上作图时只作这一部分吗？（图0）因为我的化合物不是这种小的，如果过氧化物从过氧键那断开，这种裸着半个键还适用吗？
最后还要请教一个问题，我在其他的文件中看到一个计算O2键能的说法，是用两个氧原子能之和减去氧气分子能得到的（图1和2），我的化合物原子太多，我感觉不适合这种方法，但是我想请教的是这种计算方法合理吗？

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-13 14:41:01

sobereva 发表于 2015-11-13 06:24
对于打断环上的O-O时，把结构适当调整使两个O远离，此时当做双自由基来算
谈谈片段组合波函数与自旋极化 ...

我的过氧键没在环上，一旦从中间截开就是两个片段，我现在疑惑的是把两个片段分别计算还是一起计算，只是把中间截开？？？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-13 16:42:17

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-13 16:48 编辑

暖玉生烟发表于 2015-11-13 14:41
我的过氧键没在环上，一旦从中间截开就是两个片段，我现在疑惑的是把两个片段分别计算还是一起计算，只是 ...

说过了“就整个结构劈两半，画两个圈，左边圈里原子的坐标粘到一个文件里，右边的粘到另一个文件里”。分到两个文件里算。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-13 16:53:41

sobereva 发表于 2015-11-13 06:24
对于打断环上的O-O时，把结构适当调整使两个O远离，此时当做双自由基来算
谈谈片段组合波函数与自旋极化 ...

已阅读博文。试着按照其中过程计算“过氧杂”的环己烷断裂（SMILES：C1CCCOO1 --> ·OCCCCO· ）的键能成功了。不过确实还需要思考一下怎么扣除C链成环<-->展开的能量差异。

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-13 16:55:37

liyuanhe211 发表于 2015-11-13 16:42
说过了“就整个结构劈两半，画两个圈，左边圈里原子的坐标粘到一个文件里，右边的粘到另一个文件里[/back ...

就是两个输入文件？但是图却是一个？？然后多重态设成2？GV里面还可以画个圈吗

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-13 17:00:02

暖玉生烟发表于 2015-11-13 16:55
就是两个输入文件？但是图却是一个？？然后多重态设成2？GV里面还可以画个圈吗

画个圈就是形象表述啊(-_-)，而且我那里说要用GV了，直接去输入文件把指定原子的坐标捞出来分开就完了。都分到两个文件里去了当然是两个结构。当然GV里也能做这件事情，选中了剪切黏贴就完了，GV里确实不能画圈就不能画框嘛（有某软件确实能画圈）~~

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-13 17:10:01

liyuanhe211 发表于 2015-11-13 17:00
画个圈就是形象表述啊(-_-)，而且我那里说要用GV了，直接去输入文件把指定原子的坐标捞出来分开就 ...

是不是上面四行不变，其他的分开，可是你看看那些C、H、O我怎么分得开哪个是哪一半的

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-13 17:13:24

暖玉生烟发表于 2015-11-13 17:10
是不是上面四行不变，其他的分开，可是你看看那些C、H、O我怎么分得开哪个是哪一半的

写成Z-Matrix有的时候很容易分
你还是去GV里Cut-Paste吧

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-11-13 17:29:43

liyuanhe211 发表于 2015-11-13 17:13
写成Z-Matrix有的时候很容易分
你还是去GV里Cut-Paste吧

Z-Matrix是什么鬼

在GV里面就是只画一半，你是这意思吧？？计算完，两个一半相加减去总的，就是键能？我理解你的意思没？？

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