固体和表面的非共价相互作用分析

Sancho · 发表于 Post on 2023-8-31 20:07:30

您好，请教您一下，我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子，然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您的教程，操作后出现了很多红色的区域（P1），请问这是怎么回事儿呢？SCF输入文件已上传附件（F2）

978142355 · 发表于 Post on 2023-8-31 20:45:20

Sancho 发表于 2023-8-31 20:07
您好，请教您一下，我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子，然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您 ...

你的信息太少暂时没办法诊断，你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议按照

Set the isosurface between 0.3 and 0.6 to plot the non-covalent interactions.

现在看上去图并没有经过填色，另外你可以在vesta当中style那一栏的volumetric data把show sections关掉，可能qe的pp.x的rdg并没有专门处理遮蔽的选项，所以图可能并不那么好看，只能先试着调整等值面。

Sancho · 发表于 Post on 2023-8-31 20:59:35

978142355 发表于 2023-8-31 20:45
你的信息太少暂时没办法诊断，你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议 ...

您好，十分感谢您的回答，链接附上还请您查看后指教。谢谢！链接：https://pan.baidu.com/s/1cFpACaYpg1zEHfDsFIbxqw?pwd=kabb
提取码：kabb

Sancho · 发表于 Post on 2023-8-31 21:15:03

本帖最后由 Sancho 于 2023-8-31 21:19 编辑

按照您所说的，调整了一下vesta里面的选项，好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢？@978142355

978142355 · 发表于 Post on 2023-8-31 21:47:16

Sancho 发表于 2023-8-31 21:15
按照您所说的，调整了一下vesta里面的选项，好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢？@978142355

这样已经正常了。我之前做过一些金属体系，应该就是差不多的样子。

Sancho · 发表于 Post on 2023-8-31 22:05:29

978142355 发表于 2023-8-31 21:47
这样已经正常了。我之前做过一些金属体系，应该就是差不多的样子。

感谢您的解答，不过金属内部的RDG画出来是这样吗？感觉等值面过于圆润了。

978142355 · 发表于 Post on 2023-8-31 22:52:31

Sancho 发表于 2023-8-31 22:05
感谢您的解答，不过金属内部的RDG画出来是这样吗？感觉等值面过于圆润了。

#18和#24楼做的也是金属体系，和你的比较接近。

Sancho · 发表于 Post on 2023-10-16 21:29:13

您好，我在即将发表的工作中使用了您写的脚本，请问需要如何引用？

Sancho · 发表于 Post on 2023-10-16 21:29:17

您好，我在即将发表的工作中使用了您写的脚本，请问需要如何引用？

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