固体和表面的非共价相互作用分析

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-1-23 16:59:39

欧拉角发表于 2021-1-23 09:17
需要注意的是，vdW-DF3-opt2应该只有QE新版本能使用，如上面所述实际用PBE-D3BJ差异也不太大。

谢谢！了解，我用的就是6.7版本。待会上机试试

只怪自己不聪明 · 发表于 Post on 2021-1-28 15:35:53

欧拉角发表于 2021-1-22 14:16
这个工作是用QE的pp.x实现的。VASP要实现需要自己编写程序或者修改代码，虽然能做但是在这边公开分享不是 ...

大牛，可私信，期待大佬的成果共享，能够直接写进程序里

风飞 · 发表于 Post on 2021-1-31 19:42:33

老师，您好，按照您的操作，我绘制了我体系的图，如下图所示，请问怎样才能不显示晶胞中的等值面呢？注：我在使用pwo2xsf将out文件转换成.xsf文件时出错了，所以是使用xcrysden 将out文件转换成xsf文件的

风飞 · 发表于 Post on 2021-1-31 19:54:10

sobereva 发表于 2021-1-22 17:41
Multiwfn可以载入CP2K的molden文件，回头我把代码改改支持考虑PBC，使得Multiwfn可以对CP2K的波函数做RDG分 ...

老师，请问关于Multiwfn做promolecular近似的RDG分析帖子的链接是？

欧拉角 · 发表于 Post on 2021-1-31 23:12:08

风飞发表于 2021-1-31 19:42
老师，您好，按照您的操作，我绘制了我体系的图，如下图所示，请问怎样才能不显示晶胞中的等值面呢？注：我 ...

pwo2xsf的设计不是很完善，如果-oc没办法转化可以试试-lc来从中取出最后一帧的结构，单点能计算有可能需要使用-ic来取出第一帧的结构才行。我在写这篇文章的时候没有考虑到要屏蔽区域。我的想法是这样的，也许可以把你关注的区域抠出来做promolecule的密度，然后写个python脚本根据这个密度数据范围来保留RDG的区域，但这不是唯一的做法。

风飞 · 发表于 Post on 2021-2-1 11:06:16

欧拉角发表于 2021-1-31 23:12
pwo2xsf的设计不是很完善，如果-oc没办法转化可以试试-lc来从中取出最后一帧的结构，单点能计算有可能需 ...

老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs.keinsci.com/thread-16243-1-1.html 这个帖子中的方法来画？

欧拉角 · 发表于 Post on 2021-2-1 11:31:04

风飞发表于 2021-2-1 11:06
老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs ...

可以的，output_format=6可以输出cube，但是我不能保证帖子的做法放到非正交的周期边界下一定可行。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-1 20:38:22

风飞发表于 2021-1-31 19:54
老师，请问关于Multiwfn做promolecular近似的RDG分析帖子的链接是？

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-2-2 01:22:53

本帖最后由卡开发发于 2021-2-2 01:26 编辑

风飞发表于 2021-2-1 11:06
老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs ...

20楼的做法应该是可行的，这个其实会写一点脚本就能够实现，我按照这思路写了个程序，虽然可能不是很完善。大致操作步骤如下：1、按照你的结构应该是H2O@MgO(100)，以此为例，先用QE算得RDG和sign(lambda2)rho，直接作图会得到一个糟糕的结果。

2、就以你的H2O为参考，把优化好的H2O@Mg(100)结构拷贝一份，然后删除基底MgO(100)，进行promolecule的密度计算（plot_num=0），因为这样比较节约时间。将这个等值面显示出来，调整到能够覆盖到所关注的区域，比如2e-4。

3、使用我写的程序

nci_screen.py (1.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 18) 来将非关注区域进行屏蔽，使用方法是nci_screen.py -i RDG文件 -r H2O密度文件 -c 密度截断值（按照上述2e-4）> new.xsf。不过这个程序速度比较慢，格点文件写入硬盘可能会消耗不少时间。
4、将产生的new.xsf文件重新导入到vesta进行作图，如果还不能满意就把密度的截断值调整一下。

最后还是得吐个槽，vesta的功能还是偏弱了一些。这个程序写的可能比较随便，就凑合用一下吧

。其他可能的做法可能是写个脚本把xsf文件转换成grd文件拿到M$去分析，在M$可以在Display Style中调整Field的范围。问题本身不是个复杂的问题，就看自己愿不愿意动脑，总是等着别人提供现成的是不会有什么进步的。

风飞 · 发表于 Post on 2021-2-2 08:36:21

卡开发发发表于 2021-2-2 01:22
20楼的做法应该是可行的，这个其实会写一点脚本就能够实现，我按照这思路写了个程序，虽然可能不是很完善 ...

嗯，好的，谢谢老师，之前没怎么学过python这类的程序语言，所以有些吃力，最近正在努力学习中，再次感谢

annaqz · 发表于 Post on 2021-5-25 19:29:38

请教楼主和社长，如果是VASP计算的结果，想分析一下这种相互作用，该怎么做呢？

欧拉角 · 发表于 Post on 2021-5-26 00:35:08

annaqz 发表于 2021-5-25 19:29
请教楼主和社长，如果是VASP计算的结果，想分析一下这种相互作用，该怎么做呢？

也许可以暂时试试看critic2.

annaqz · 发表于 Post on 2021-5-27 12:44:50

好的，那我试一下，谢谢

ymeng · 发表于 Post on 2022-11-22 21:44:33

annaqz 发表于 2021-5-27 12:44
好的，那我试一下，谢谢

您好，问下您的critic2可以正常使用吗？我make的时候一直报错

annaqz · 发表于 Post on 2022-11-23 10:41:30

ymeng 发表于 2022-11-22 21:44
您好，问下您的critic2可以正常使用吗？我make的时候一直报错

我后面没用这个了，我也不知道咋回事呢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Quantum ESPRESSO] 固体和表面的非共价相互作用分析

评分 Rate

评分 Rate