纯有机物分子NPT过程一直出LINCS WARNING求助

sun666 · 发表于 Post on 2021-1-30 01:30:20

对与纯的有机物分子npt过程一直出错，试gromacs双精度版本还是出现一堆LINCS WARNING报错。
找了两天的问题看不出是哪里的问题。
有机物分子图如图一。力场是acpype.py生成的GAFF力场，电荷由./RESP.sh生成的RESP电荷，有机物分子itp文件（改为RESP电荷其中有些H原子为负电荷）如附件一
创建3nm×3nm×3nm的盒子放入44个此分子。
最小化过程通过gmx_d进行，设置emtol=0时E的图像如图2(另外请问老师最小化过程横坐标代表什么)。
请教老师是哪里的问题呢，一直没有搞明白。

Markmahao · 发表于 Post on 2021-1-30 10:31:05

要看看lincs发生在哪里（哪几个原子），我记得论坛里有一个是磷酸根的电荷没算好导致的，你可以用社长文章里的原子电荷重新生成试试。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-30 12:08:15

能量极小化过程的横坐标是极小化的步数，不是时间

对于有磺酸基的情况，有一些需要注意的，下面是我之前的笔记：

对于磺酸基，由于氢带的电荷很正，氧的电荷很负，而且氢的质量很小，在某些情况下，可能出现由于氢受到磺酸基上的氧原子的静电吸引太厉害，位移太大而出错。解决方法：
(1)可以把步长改小，不用LINCS
(2)可以把氢的原子质量改大，变成重氢，而与之相连的氧的上面质量相应地减少。这样氢的运动就会减慢，避免此问题。
(2)修改拓扑文件，把这个磺酸基的氢与氧之间的1-4作用项给去掉。
在这里也提了：http://bbs.keinsci.com/thread-12179-1-1.html

对于磷酸基上连有OH时也注意一下以上问题

sun666 · 发表于 Post on 2021-1-30 23:37:24

sobereva 发表于 2021-1-30 12:08
能量极小化过程的横坐标是极小化的步数，不是时间

对于纯有机物的模拟，只要把与O相连的H变为重氢吗，还是要把与C相连的H也变为重氢（重氢要把H原子质量设为多少呢）。
步长减小，把基团上O与H的14作用去除后，进行了一个有机物分子在庚烷溶剂中的npt模拟可正常进行，但是对于纯有机物还是报错。这是玄学吗

报错中“rms 21.984571, max 1441.132202 (between atoms xxx and xxx)bonds that rotated more than 30 degrees:”我看了一下报错的原子
1.C与与此C相连的H之间会发生大于30度旋转（我们用了hbond不是已经把与C相连的H固定了吗为什么还有这个旋转30度）
2.C1与相连的C2上的H原子之间会发生大于30度旋转（这个都不是键，为什么会报错）

另外npt中除了LINSC WARNING还出现“Step 5650 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.83194 1.83194 1.83194”，这个是压力设置不当吗，该如何设置，我用的Berendsen压浴。

不用LINCS的意思是约束算法不采用LINCS吗，要设置成SHAKE吗。

chengweiwei03 · 发表于 Post on 2021-1-31 08:22:04

把mdp文件里面constraint=H这个限制去掉，再试试

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-31 12:35:57

sun666 发表于 2021-1-30 23:37
对于纯有机物的模拟，只要把与O相连的H变为重氢吗，还是要把与C相连的H也变为重氢（重氢要把H原子质量设 ...

显然只变与O相连的H

不用管那个warning

不用LINCS是指根本不用约束，没说用SHAKE

sun666 · 发表于 Post on 2021-1-31 17:23:40

sobereva 发表于 2021-1-31 12:35
显然只变与O相连的H

不用管那个warning

感谢社长，但是在mdrun过程中不能使用-maxwarn命令，程序直接终止的
“WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 4912 and 4922
at distance 2.196 which is larger than the table limit 2.074 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.

Step 10530  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 21.0493 21.0493 21.0493

Step 10540  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 2.79918 2.79918 2.79918

Step 10550  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.4054 1.4054 1.4054

Step 10560  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.03904 1.03904 1.03904”

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-1 20:34:49

sun666 发表于 2021-1-31 17:23
感谢社长，但是在mdrun过程中不能使用-maxwarn命令，程序直接终止的
“WARNING: Listed nonbonded inter ...

出现这个warning不代表模拟一定不能顺利跑下去，只是说当动力学明显不稳定时往往伴随出现这个提示而已，通常暗示着更深层原因（诸如拓扑文件不合理、mdp不合理等）

sun666 · 发表于 Post on 2021-2-3 14:10:54

本帖最后由 sun666 于 2021-2-3 23:33 编辑

sobereva 发表于 2021-2-1 20:34
出现这个warning不代表模拟一定不能顺利跑下去，只是说当动力学明显不稳定时往往伴随出现这个提示而已， ...

请问社长不用LINCS，是将mdp中“constraints = hbonds”直接删除吗。我把H的质量设置为6，O为11可以吗，会对结果产生什么影响呢，是不是不精确。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-4 03:19:06

sun666 发表于 2021-2-3 14:10
请问社长不用LINCS，是将mdp中“constraints = hbonds”直接删除吗。我把H的质量设置为6，O为11可以吗， ...

把H的质量设那么大严重引入人为虚假因素，设成2~4也就罢了

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