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楼主 Author: sobereva
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[CP2K] CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-30 01:33:31 | 只看该作者 Only view this author
zhangtp 发表于 2024-9-29 21:05
sob老师,请问我计算亚铁磁尖晶石切面结构吸附N2O小分子(切面结构扩胞后大约100多个原子),以及计算结构 ...

适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-11-10 18:29:53 | 只看该作者 Only view this author
可以在cp2k官方库下载网站:https://www.cp2k.org/static/downloads/下载所需的库文件,避免**上网那一步。但是安装cp2k 24.3版本的时候如果增加d4色散矫正安装就会报错,提示cmake file 不存在,去掉d4色散矫正之后一切正常。。。。不太清楚为什么

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发表于 Post on 2024-11-14 20:52:27 | 只看该作者 Only view this author
samplex_aaa 发表于 2024-11-10 18:29
可以在cp2k官方库下载网站:https://www.cp2k.org/static/downloads/下载所需的库文件,避免**上网那一步。 ...

我可能明白了,安装d4色散矫正的话,还是需要喂屁N的。。。。我不太会在linux上搞这个,逐年放弃D4了。。。。

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发表于 Post on 2024-11-14 21:25:37 | 只看该作者 Only view this author
samplex_aaa 发表于 2024-11-14 20:52
我可能明白了,安装d4色散矫正的话,还是需要喂屁N的。。。。我不太会在linux上搞这个,逐年放弃D4了。。 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-47650-1-1.html

这个帖子有解决办法的啊,不需要特殊上网
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发表于 Post on 2024-11-16 17:17:36 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-11-14 21:25
http://bbs.keinsci.com/thread-47650-1-1.html

这个帖子有解决办法的啊,不需要特殊上网

谢谢!!

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发表于 Post on 2024-11-16 17:52:04 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-11-14 21:25
http://bbs.keinsci.com/thread-47650-1-1.html

这个帖子有解决办法的啊,不需要特殊上网

您好按照该帖子提示这么操作后,似乎还是不太行。还是报mctc-lib库的问题
我才是旅途的终点!

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发表于 Post on 2024-12-16 19:48:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想请教您一个问题,为什么我编译cp2k2024.3的时候带上用这个参数./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-intel=no前面都可以编译成功,但是到了编译本体的时候会出现报错并且编译不出popt:                                                                  
-D__COMPILE_DATE="\"Mon Dec 16 19:14:17 CST 2024\"" -D__COMPILE_HOST="\"login4\"" -D__COMPILE_REVISION="\"git:6712648\"" -D__DATA_DIR="\"/data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/data\"" -D__SHORT_FILE__="\"qs_block_davidson_types.F\"" -I'/data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/src/' -I'/data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/obj/local/psmp/exts/dbcsr' qs_block_davidson_types.F90
/usr/bin/ld: cannot find -lcosma_prefixed_pxgemm
/usr/bin/ld: cannot find -lcosma
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [/data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/exe/local/dbt_tas_unittest.psmp] Error 1                                                                                                      
而我用这个参数./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-intel=no --with-cosma=no来编译,却可以成功编译出ssmp sdbg psmp pdbg:                                                                                                                                                                                                      -Wl,--start-group -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -Wl,--end-group -lpthread -lm -ldl -lvori -lstdc++ -lstdc++
cd /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k_shell.psmp
cd /data0/software/cp2k/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k.popt
[root@login4 cp2k-2024.3]# ls exe/local/
cp2k.pdbg        dbm_miniapp.pdbg       dbt_unittest.sdbg  grid_miniapp.pdbg      libcp2k_unittest.sdbg           parallel_rng_types_unittest.pdbg
cp2k.popt        dbm_miniapp.psmp       dbt_unittest.ssmp  grid_miniapp.psmp      libcp2k_unittest.ssmp           parallel_rng_types_unittest.psmp
cp2k.psmp        dbm_miniapp.sdbg       dumpdcd.pdbg       grid_miniapp.sdbg      memory_utilities_unittest.pdbg  parallel_rng_types_unittest.sdbg
cp2k.sdbg        dbm_miniapp.ssmp       dumpdcd.psmp       grid_miniapp.ssmp      memory_utilities_unittest.psmp  parallel_rng_types_unittest.ssmp
cp2k_shell.pdbg  dbt_tas_unittest.pdbg  dumpdcd.sdbg       grid_unittest.pdbg     memory_utilities_unittest.sdbg  xyz2dcd.pdbg
cp2k_shell.psmp  dbt_tas_unittest.psmp  dumpdcd.ssmp       grid_unittest.psmp     memory_utilities_unittest.ssmp  xyz2dcd.psmp
cp2k_shell.sdbg  dbt_tas_unittest.sdbg  graph.pdbg         grid_unittest.sdbg     nequip_unittest.pdbg            xyz2dcd.sdbg
cp2k_shell.ssmp  dbt_tas_unittest.ssmp  graph.psmp         grid_unittest.ssmp     nequip_unittest.psmp            xyz2dcd.ssmp
cp2k.sopt        dbt_unittest.pdbg      graph.sdbg         libcp2k_unittest.pdbg  nequip_unittest.sdbg
cp2k.ssmp        dbt_unittest.psmp      graph.ssmp         libcp2k_unittest.psmp  nequip_unittest.ssmp                                
向您请教一下不加这个cosma库影响大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-17 02:53:58 | 只看该作者 Only view this author
生煎小馒头 发表于 2024-12-16 19:48
sob老师您好,想请教您一个问题,为什么我编译cp2k2024.3的时候带上用这个参数./install_cp2k_toolchain.sh ...

可以不带COSMA库
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发表于 Post on 2024-12-23 10:01:49 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师的详细讲解,有机会学习一下,刚好学校以前买过软件包

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发表于 Post on 2024-12-23 14:06:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2024-12-23 14:08 编辑
cl2024_chn 发表于 2024-12-23 10:01
感谢sob老师的详细讲解,有机会学习一下,刚好学校以前买过软件包

啥学校啊,花钱买开源免费软件。

正文第一句话就说了免费
  1. CP2K(https://www.cp2k.org)是非常好、功能强大的第一性原理程序,开源免费
复制代码

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发表于 Post on 2025-1-3 12:48:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2025-1-3 13:37 编辑

https://github.com/cp2k/cp2k/releases/tag/v2025.1  

2025.1发布了

链接: https://pan.baidu.com/s/1hpcBUdEc8uvVGAGIXvsSmw?pwd=r9qh 提取码: r9qh 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2025-4-16 21:38:28 | 只看该作者 Only view this author
在第一步
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install”

报了如下错误,不太理解是什么原因导致的,想请各位老师帮忙看一下。

1.png (1.01 MB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-17 14:52:49 | 只看该作者 Only view this author
e-Lis 发表于 2025-4-16 21:38
在第一步
“运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/

给提示中的文件用chmod加上可执行权限。还不行的话不用并行编译试试
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发表于 Post on 2025-4-23 22:39:12 | 只看该作者 Only view this author
请问出现这样的error应该怎么处理

截屏2025-04-23 22.37.56.png (119.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

截屏2025-04-23 22.37.56.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 18:23:51 | 只看该作者 Only view this author
roosterpan 发表于 2025-4-23 22:39
请问出现这样的error应该怎么处理

OpenBLAS包不完整,重新下
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