CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

annaqz

社长，想请教一下，我按照帖子方法编译的CP2K 8.2，Centos系统是8.5。安装完后进行简单例子测试的时候没有问题。后续在计算实际例子以及CP2K官网的算例时，发现总会卡住。提交命令是nohup mpirun -np 4 cp2k.popt xxx.inp |tee xxx.out &。卡壳的地方如下图所示，不知道这个是什么原因造成的。查看的时候，发现cp2k一直在运行。运行一段时间后会自行终止。

sobereva

annaqz 发表于 2022-1-1 11:36
社长，想请教一下，我按照帖子方法编译的CP2K 8.2，Centos系统是8.5。安装完后进行简单例子测试的时候没有 ...

我没遇见过
尝试对角化能否正常运行

丁越

annaqz 发表于 2022-1-1 11:36
社长，想请教一下，我按照帖子方法编译的CP2K 8.2，Centos系统是8.5。安装完后进行简单例子测试的时候没有 ...

编译的时候写--with-elpa=no，OT卡住是elpa库的bug导致

annaqz

sobereva 发表于 2022-1-1 23:59
我没遇见过
尝试对角化能否正常运行

好的，那我试试，谢谢社长！

annaqz

丁越 发表于 2022-1-2 17:44
编译的时候写--with-elpa=no，OT卡住是elpa库的bug导致

好的，感谢回复！我运行过几次算例，差不多5次有3次会出现这种情况。那这样的话我是需要重新编译安装cp2k是吗？

sobereva

annaqz 发表于 2022-1-3 10:35
好的，感谢回复！我运行过几次算例，差不多5次有3次会出现这种情况。那这样的话我是需要重新编译安装cp2k ...

现在有CP2K 9.1了，你可以先编译个新版本试试

丁越

annaqz 发表于 2022-1-3 10:35
好的，感谢回复！我运行过几次算例，差不多5次有3次会出现这种情况。那这样的话我是需要重新编译安装cp2k ...

可以参考一下这个：
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=21263

annaqz

sobereva 发表于 2022-1-3 21:27
现在有CP2K 9.1了，你可以先编译个新版本试试

对，我昨天也是发现了。我试试去。

annaqz

丁越 发表于 2022-1-4 09:16
可以参考一下这个：
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25553&fromuid=21263

好的，收到。谢谢

annaqz

sobereva 发表于 2022-1-3 21:27
现在有CP2K 9.1了，你可以先编译个新版本试试

对了社长，我要编译这个最新版的，那我之前编译的那个8.2版本的CP2K，需要先卸载一下吗？

sobereva

annaqz 发表于 2022-1-4 12:42
对了社长，我要编译这个最新版的，那我之前编译的那个8.2版本的CP2K，需要先卸载一下吗？

不用
环境变量指向新安装的CP2K的目录就完了

annaqz

sobereva 发表于 2022-1-5 00:50
不用
环境变量指向新安装的CP2K的目录就完了

好的，明白了。那我编译一下9.1看看。谢谢社长！！

静哥哥

社长大大，早上好，我安装的是centos8.5, cp2k9.1，编译器是intell 2018,安装后发现报错如下，psmp安装有问题，ssmp能用，local下有ssmp 、sopt两个版本，没有psmp.。我知道Version popt is now an alias for psmp with OMP_NUM_THREADS=1.  Version sopt is now an alias for ssmp with OMP_NUM_THREADS=1.

Discovering programs ...
Makefile:146: warning: overriding recipe for target 'popt'
Makefile:140: warning: ignoring old recipe for target 'popt'
/opt/cp2k91/Makefile:146: warning: overriding recipe for target 'popt'
/opt/cp2k91/Makefile:140: warning: ignoring old recipe for target 'popt'
Version popt is now an alias for psmp with OMP_NUM_THREADS=1.
Version sopt is now an alias for ssmp with OMP_NUM_THREADS=1.
/opt/cp2k91/Makefile:51: /opt/cp2k91/arch/local.psmp: No such file or directory
make[2]: *** No rule to make target '/opt/cp2k91/arch/local.psmp'.  Stop.
make[1]: *** [/opt/cp2k91/Makefile:140: psmp] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
/opt/cp2k91/Makefile:51: /opt/cp2k91/arch/local.psmp: No such file or directory
make[2]: *** No rule to make target '/opt/cp2k91/arch/local.psmp'.  Stop.
make[1]: *** [/opt/cp2k91/Makefile:147: popt] Error 2
make -C /opt/cp2k91/exts/dbcsr -f /opt/cp2k91/exts/build_dbcsr/Makefile \
   ARCHFILE=/opt/cp2k91/arch/local.ssmp \
   LIBDIR=/opt/cp2k91/lib/local/ssmp/exts/dbcsr \
   OBJDIR=/opt/cp2k91/obj/local/ssmp/exts/dbcsr \
   USE_ACCEL="" \
   ACC="" \
   ACCFLAGS=""
make -C /opt/cp2k91/exts/dbcsr -f /opt/cp2k91/exts/build_dbcsr/Makefile \
   ARCHFILE=/opt/cp2k91/arch/local.ssmp \
   LIBDIR=/opt/cp2k91/lib/local/ssmp/exts/dbcsr \
   OBJDIR=/opt/cp2k91/obj/local/ssmp/exts/dbcsr \
   USE_ACCEL="" \
   ACC="" \
   ACCFLAGS=""
Removing stale archives for ssmp ...
Removing stale archives for ssmp ...
Removing stale archives ...
Removing stale archives ...
Resolving dependencies ...
Resolving dependencies ...
Resolving dependencies for ssmp ...
Resolving dependencies for ssmp ...
echo git:d8d7100 > "/opt/cp2k91/obj/git-ref.tmp"
echo git:d8d7100 > "/opt/cp2k91/obj/git-ref.tmp"
make: *** [Makefile:135: all] Error 2

PoorChaos

请问老师, 之前编译了8.2版,已经通过toolchain安装CP2K依赖的库
如果编译9.1版, 是否可以跳过前面toolchain等步骤
直接按步骤"2.3 编译CP2K"
把/***/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/arch/下所有文件拷到/***/cp2k-9.1/arch目录下
然后编译即可?

静哥哥

社长，为字形检查了每一步，根据“把/sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/arch/下所有文件拷到/sob/cp2k-8.1/arch目录下”，在我的路径下/opt/cp2k91/tools/toolchain/install/arch下只有三个文件local.sdbg、local.ssmp、local_static.ssmp。请问这里是不是就不对了，导致后面没有psmp版本。请问为该怎么处理呢。奇怪的是在通过toolchain安装CP2K依赖的库  中并没有报错，一切都ok