CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

abin

喵星大佬 发表于 2021-2-19 15:10
已经找到了mpi不应该出mpi的问题，可能是mpi装的有点问题？

不过不知道是啥设置原因咋的，7.1到8.1同 ...

能提供算例我试试吗？

可以发送到 hpc4you@163.com

我仅仅简单测试了算例， make test那个。
所有算例都通过， 时间没有明显区别。

有人提及是cosma模块导致的问题。
不过我用Mar-20-2021克隆的开发版，编译后，是否开启cosma模块，
速度没有差异。 也许修正了。

abin

ball2006 发表于 2021-3-24 16:22
编译QUIP模块，编译不过去
==================== Installing QUIP ====================
QUIP-1ff93b3400 ...

回复需要审核，

所以再写一份给你，以免一会就忘记了。

我的记忆中， 使用intel2020u2可以搞定。
使用intel2020u4需要修正源码。

不要迷信intel编译器的威力。
也许使用gcc10+MKL最新版+MPICH，就很棒了。

waitingseven

安装之后只有psmp版本成功，直接cp2k.psmp xxx.inp | tee xxx.out运行之后发现明明有36个核心，cpu利用率一直浮动，有时候用1个，有时候7个，最多用20多个，没有用满，如果加上mpirun -np 36的话要么运行停止不动，要么运行过程输出跟测试文件结果不一样，用vasp可以36个核直接用满，不知道是不是编译出问题了还是这个软件本身就这样

sobereva

waitingseven 发表于 2021-4-1 14:53
安装之后只有psmp版本成功，直接cp2k.psmp xxx.inp | tee xxx.out运行之后发现明明有36个核心，cpu利用率一 ...

用popt版
有些代码没有用OpenMP并行化，所以psmp有可能对某些情况的计算占用率显著低于popt
popt版本质上等价于OpenMP线程数为1的psmp版，不可能只有psmp版能用

waitingseven

sobereva 发表于 2021-4-1 15:02
用popt版
有些代码没有用OpenMP并行化，所以psmp有可能对某些情况的计算占用率显著低于popt

多谢社长回复，我按照社长的方法用的with-openmpi=install安装出来的popt版不知道是否是其他版友提到的是psmp的软链接版，psmp的计算效率确实愁人，明明这么多核却不用

abin

waitingseven 发表于 2021-4-1 15:06
多谢社长回复，我按照社长的方法用的with-openmpi=install安装出来的popt版不知道是否是其他版友提到的是 ...

cp2k.popt -> cp2k.psmp
8.x版本就是如此。

对应关系如下：
popt         --> MPI + OpenMP + OMP_NUM_THREADS=1
psmp --> MPI + OpenMP

haisenburg

waitingseven 发表于 2021-4-1 14:53
安装之后只有psmp版本成功，直接cp2k.psmp xxx.inp | tee xxx.out运行之后发现明明有36个核心，cpu利用率一 ...

psmp 是 MPI+OpenMP 混编的，模式情况下  psmp  使用的 线程等于计算机的核算，如果用mpirun -np xx  的话，会导致top 查看  cpu 超过100% 且不断浮动，计算速度巨慢！  这是时候强制 OpenMP 超线程等于1 即可，即 使用  mpirun -np xx -x OMP_NUM_THREADS=1  cp2k.psmp     这是时候 等价于 mpirun -np xx  cp2k.popt    这个时候，速度就很快了，大家可以对比下这个时候8.1是不是还比7.1 慢很多？？？

waitingseven

haisenburg 发表于 2021-4-11 22:53
psmp 是 MPI+OpenMP 混编的，模式情况下  psmp  使用的 线程等于计算机的核算，如果用mpirun -np xx  的 ...

多谢回复，请问mpirun -np xx -x OMP_NUM_THREADS=1  cp2k.psmp 这条命令中 xx 和 -x 分别是多少核和多少线程的意思吗？

haisenburg

waitingseven 发表于 2021-4-12 09:07
多谢回复，请问mpirun -np xx -x OMP_NUM_THREADS=1  cp2k.psmp 这条命令中 xx 和 -x 分别是多少核和多少 ...

mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE -x OMP_NUM_THREADS=1 /opt/cp2k-8.1/exe/local/cp2k.psmp -i geo-opt.inp > geo-opt.out

这是我的一个命令

elpa

官网下的cp2k 缺少DSCBR 还得另装
https://cp2k.github.io/dbcsr/dev ... allation/index.html

sobereva

waitingseven 发表于 2021-4-12 09:07
多谢回复，请问mpirun -np xx -x OMP_NUM_THREADS=1  cp2k.psmp 这条命令中 xx 和 -x 分别是多少核和多少 ...

-x是让后面的环境变量设置在运行命令时生效。每个cp2k.psmp MPI进程的下属OpenMP并行线程数由OMP_NUM_THREADS决定。

-np后面的值（CP2K的MPI进程数）与OMP_NUM_THREADS的乘积不应超过CPU物理核心数

elpa

Installing cosma ====================
cosma-2.2.0.tar.gz: OK
Checksum of cosma-2.2.0.tar.gz Ok
Installing from scratch into /home/xxx/cp2k8/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/cosma-2.2.0
ERROR: (./scripts/install_cosma.sh, line 48) Non-zero exit code detected.
请问intelmpi+mkl  编不了cosma有办法解决吗？

sobereva

elpa 发表于 2021-4-14 09:56
Installing cosma ====================
cosma-2.2.0.tar.gz: OK
Checksum of cosma-2.2.0.tar.gz Ok

不编译COSMA就完了，影响不大

waitingseven

sobereva 发表于 2021-4-14 07:09
-x是让后面的环境变量设置在运行命令时生效。每个cp2k.psmp MPI进程的下属OpenMP并行线程数由OMP_NUM_THR ...

多谢社长回复，我重新装了一下系统，从centos 7.6升级到 Centos 8，按照社长的方法装发现到fftw就停了，没办法就按照make ARCH=Linux-x86-64-intel-minimal VERSION=psmp -j 36这个命令装，出现了cp2k.psmp和popt版，目前测试了社长发出来的几个输入文件没发现啥问题，也不知道这种方法装的会不会有什么缺陷，比如会不会有些东西算不了。
先运行export OMP_NUM_THREADS=1, 然后运行mpiexec -np 36 cp2k.popt xxx.inp |tee xxx.out发现所有核的占用率都是100%，比之前psmp版本效率高不少，用的是intel的oneapi.

sobereva

waitingseven 发表于 2021-4-15 15:13
多谢社长回复，我重新装了一下系统，从centos 7.6升级到 Centos 8，按照社长的方法装发现到fftw就停了， ...

没什么事
fftw的问题得看具体报错判断。你也可以自己手动编译fftw，让toolchain直接链接机子里已有的fftw