CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

yoghurt117 · 发表于 Post on 2021-6-22 14:31:23

My OS is Mint20. But according to your method ,it shows errors like this:
mint@i5:~/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0$ make -j 4 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"
Discovering programs ...
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: psmp] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: ssmp] Error 2
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: sdbg] Error 2
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: pdbg] Error 2
make: *** [Makefile:121: all] Error 2

Sorry , My linux Chinese input is not ok, so i have to use English.

Akaiconan · 发表于 Post on 2021-7-9 15:20:01

社长好，我按照您的方法编译完成以后，跑一些输入文件时（popt版本），用命令“mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out ”时，总是出程序停止的问题。改成不加‘mpirun -np 4’，只写'cp2k.popt test.inp |tee test.out'，就能运行的很顺利，想请问一下这两者的区别在哪。
如果因为上述操作没有造成计算效率的严重下降，我也就不细究出问题的原因了，如果会造成，还得请教一下改善的方法。
非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-10 09:41:44

Akaiconan 发表于 2021-7-9 15:20
社长好，我按照您的方法编译完成以后，跑一些输入文件时（popt版本），用命令“mpirun -np 4 cp2k.popt tes ...

不写mpirun -np x相当于串行运行CP2K
mpirun -np 4老出现问题而且和不写的时候速度差不多，大概率是根本没有正常并行运行，四个进程没有协同工作而是相当于单独算了四个串行进程。仔细检查MPI库，确保当前激活的MPI和编译时用的MPI是同一个

alonewolfyang · 发表于 Post on 2021-7-30 16:13:13

本帖最后由 alonewolfyang 于 2021-7-31 09:34 编辑

sobereva 发表于 2021-7-10 09:41
不写mpirun -np x相当于串行运行CP2K
mpirun -np 4老出现问题而且和不写的时候速度差不多，大概率是根本 ...

请教老师，我在CentOS 7 上编译了CP2K 7.1，也产生了四个版本的CP2K，在使用您给的例子test.inp的时候提示root权限下mpi不能用，这和ORCA的编译那好像一样，我用root权限做的，怎么能改改呀，没看懂系统给的解决办法，是直接把这两行玩意加到bashrc里面还是咋回事，后来改了也不行

alonewolfyang · 发表于 Post on 2021-7-31 16:34:39

alonewolfyang 发表于 2021-7-30 16:13
请教老师，我在CentOS 7 上编译了CP2K 7.1，也产生了四个版本的CP2K，在使用您给的例子test.inp的时候提 ...

结合本帖子和其他资源，问题已解决

丁越 · 发表于 Post on 2021-9-29 22:28:25

啦啦黑还黑发表于 2021-2-18 14:22
8.1的toolchain安装支持intel mpi了，就别用openmpi了。
cp2k用intel可以比openmpi快30%
之前7.1版本tool ...

请问刘博用Intel编译器编译的CP2K-8.2/1有popt版本么，还是只有一个ssmp版本的？如果有的话还请老师指点下编译过程

陪锂到天边 · 发表于 Post on 2021-10-11 13:57:13

社长您好，我是非管理员用户，能否用toolchain脚本进行cp2k的安装呢？我等了好久他都安不起

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 19:54:56

陪锂到天边发表于 2021-10-11 13:57
社长您好，我是非管理员用户，能否用toolchain脚本进行cp2k的安装呢？我等了好久他都安不起

可以

yzy1995123 · 发表于 Post on 2021-12-15 13:38:37

求助，我根据您的方法安装的，用openmpi和mkl，到了编译elpa库的时候一直错误，toolchain/build目录下库中也没有编译过程输出的log文件，想知道该怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-16 07:34:54

yzy1995123 发表于 2021-12-15 13:38
求助，我根据您的方法安装的，用openmpi和mkl，到了编译elpa库的时候一直错误，toolchain/build目录下库中 ...

把patch装上再试
yum install patch

yzy1995123 · 发表于 Post on 2021-12-16 12:26:50

sobereva 发表于 2021-12-16 07:34
把patch装上再试
yum install patch

还是不太行，同样的错误，line 67变成了line 100

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-16 14:48:51

yzy1995123 发表于 2021-12-16 12:26
还是不太行，同样的错误，line 67变成了line 100

看报错随机应变
不可能同样的错误，只可能是依然有错误。patch命令都能用了怎么还可能提示没有。交代问题时候注意语言表达准确

yzy1995123 · 发表于 Post on 2021-12-16 16:24:47

sobereva 发表于 2021-12-16 14:48
看报错随机应变
不可能同样的错误，只可能是依然有错误。patch命令都能用了怎么还可能提示没有。交代问 ...

不好意思老师，可能我表述的不够准确，现在报错是这样的

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-16 16:57:06

yzy1995123 发表于 2021-12-16 16:24
不好意思老师，可能我表述的不够准确，现在报错是这样的

仔细看ELPA部分安装过程的日志
要么干脆别装ELPA，对绝大多数情况没什么用处

yzy1995123 · 发表于 Post on 2021-12-16 18:58:58

sobereva 发表于 2021-12-16 16:57
仔细看ELPA部分安装过程的日志
要么干脆别装ELPA，对绝大多数情况没什么用处

好的，感谢老师

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