CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-24 13:43:42

本帖最后由牧生于 2022-10-24 19:45 编辑

折腾一上午，把cp2k-2022.1装好了，其中，在成都联通的网络下，遇到了spglib-1.16.2无法顺利安装的问题，解决方法如下
将这个文件下载回来，放在toolchain-build目录下，
https://github.com/spglib/spglib/archive/v1.16.2.tar.gz
然后再次执行
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install
解决方法来源：
https://groups.google.com/g/cp2k/c/IgfAnOKAqnE
以此类推，如果遇到某个不能自动安装的，就手动把这个包下回来，放在toolchain-build目录下。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-25 00:01:12

牧生发表于 2022-10-24 13:43
折腾一上午，把cp2k-2022.1装好了，其中，在成都联通的网络下，遇到了spglib-1.16.2无法顺利安装的问题，解 ...

2022.2已经修正了这个问题了

小庄师弟 · 发表于 Post on 2022-11-1 21:34:30

本帖最后由小庄师弟于 2022-11-1 21:35 编辑

我在虚拟机中Ubuntu系统（因为服务器是Ubuntu系统）下安装psmp版，相关依赖库安装成功，在编译时出现这个问题，请问老师该如何解决。
由于安装psmp版本失败，我就安装了ssmp版本，安装成功。下一步打算在服务器上面安装ssmp版本（就一台服务器，应该不存在跨节点并行吧）。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-2 08:28:39

小庄师弟发表于 2022-11-1 21:34
我在虚拟机中Ubuntu系统（因为服务器是Ubuntu系统）下安装psmp版，相关依赖库安装成功，在编译时出现这个问 ...

ssmp版对很多任务性能远低于popt版，即便在单节点内运行也强烈建议用popt版

报错可能是编译器版本和CP2K代码兼容性问题。CP2K官网上明确罗列了编译器版本和CP2K代码的兼容性关系

小庄师弟 · 发表于 Post on 2022-11-2 09:17:11

sobereva 发表于 2022-11-2 08:28
ssmp版对很多任务性能远低于popt版，即便在单节点内运行也强烈建议用popt版

报错可能是编译器版本和CP ...

感谢sob老师，我去排查下编译器和CP2K兼容性问题。

Jianxian · 发表于 Post on 2022-11-17 10:37:29

运行cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install
时提示说：cd 参数太多
这是怎么原因呢？

Jianxian · 发表于 Post on 2022-11-17 15:42:03

各位学长，下面这种情况应该怎么处理？
ERROR: (./scripts/install_openmpi.sh) Cannot find instal/bin
ERROR: (./scripts/install_openmpi.sh, line 78) Non-zero exit code detected.

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-17 16:02:39

Jianxian 发表于 2022-11-17 10:37
运行cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=i ...

截图说明

han- · 发表于 Post on 2022-11-25 20:41:25

老师，这帖子中的 2.3.节都是在虚拟机的centos上操作的，对吗？

ChemG · 发表于 Post on 2022-11-26 14:34:25

han- 发表于 2022-11-25 20:41
老师，这帖子中的 2.3.节都是在虚拟机的centos上操作的，对吗？

虚拟机和装Linux系统的电脑没啥本质区别，系统都是一样的，安装cp2k的操作也没差异

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-27 00:53:27

han- 发表于 2022-11-25 20:41
老师，这帖子中的 2.3.节都是在虚拟机的centos上操作的，对吗？

虚拟机里的操作和实体机子没有丝毫差异。如果全屏显示，都无法分辨是虚拟机还是实体机

413 · 发表于 Post on 2022-12-29 16:21:21

本帖最后由 413 于 2022-12-29 16:33 编辑

请问前面toolchain那里elpa包报错，所以我elpa=no跳过了这个包。其他包挺顺利的。
但是最后编译的时候报了gfortran的错，请问这是啥问题？/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/7/ld: cannot find -lz

补充：centos7的系统，自行升级了gcc7、g++7、gfortran7的版本

cd /home/cp2k-2022.1/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k_shell.ssmp
cd /home/cp2k-2022.1/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k.sopt
gfortran: internal compiler error: Killed (program f951)
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <http://bugzilla.redhat.com/bugzilla> for instructions.
make[4]: *** [dbcsr_mpiwrap.o] Error 4
make[3]: *** [libdbcsr] Error 2
make[2]: *** [dbcsr] Error 2
make[1]: *** [pdbg] Error 2
^Cmake[4]: *** [dbcsr_mpiwrap.o] Interrupt
make[3]: *** [libdbcsr] Interrupt
make[2]: *** [dbcsr] Interrupt
make[1]: *** [sdbg] Interrupt
make: *** [all] Interrupt

-------------------------
gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/7/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared -
-enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --enable-plugin --with-linker-hash-style=gnu --enable-initfini-array --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-7.3.1-20180303/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --enable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linuxThread model: posix
gcc version 7.3.1 20180303 (Red Hat 7.3.1-5) (GCC)

g++ -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=g++
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/7/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared -
-enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --enable-plugin --with-linker-hash-style=gnu --enable-initfini-array --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-7.3.1-20180303/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --enable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linuxThread model: posix
gcc version 7.3.1 20180303 (Red Hat 7.3.1-5) (GCC)

gfortran -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gfortran
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/7/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared -
-enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --enable-plugin --with-linker-hash-style=gnu --enable-initfini-array --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-7.3.1-20180303/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --enable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linuxThread model: posix
gcc version 7.3.1 20180303 (Red Hat 7.3.1-5) (GCC)

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-30 01:37:36

413 发表于 2022-12-29 16:21
请问前面toolchain那里elpa包报错，所以我elpa=no跳过了这个包。其他包挺顺利的。
但是最后编译的时候报了 ...

Google搜cannot find -lz

zongxupeng · 发表于 Post on 2023-1-6 11:27:58

本帖最后由 zongxupeng 于 2023-1-6 11:29 编辑

系统是新安装rocky linux 8.7, 今天尝试安装cp2k2023.1,发现如下报错。

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install

configure: error: Aborting
make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
make: *** No rule to make target 'install'. Stop.
/home/xz/cp2k-2023.1/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 662: /home/xz/cp2k-2023.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.1.4/install_successful: No such file or directory

ping611 · 发表于 Post on 2023-1-6 11:46:31

sob老师，您好！我初次编译cp2k-2023，出现以下问题
Cannot open module file ‘arnoldi_types.mod’ for reading at (1): not a such file or directory

compilation terminated.

make[3]: *** [/home/yscholar/software/cp2k-2023.1/Makefile:519：arnoldi_methods.o] error 1

make[2]: *** [/home/yscholar/software/cp2k-2023.1/Makefile:146：all] error 2

make[1]: *** [/home/yscholar/software/cp2k-2023.1/Makefile:135：popt] error 2

make: *** [Makefile:123：all] error 2

系统 ubuntu22.01 intelmkl数据库编译器gfortran 11.3.0

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