直接用文献中的cif得到甲烷水合物gro文件，氢原子多了一倍，该如何解决

faylovesnow

牧生 发表于 2022-7-26 18:49
做出来了。我做的是275k，10mpa
有水合物晶种情况下，生长极为迅速。
没有晶种时，二氧化碳与水分开形 ...

那是不是由于您模拟的温度和压力较文献高， so 在无晶种的情况下形成不了水合物呢？您有没有试试在250k和50Mpa条件下进行模拟呢

牧生

faylovesnow 发表于 2022-7-26 21:16
那是不是由于您模拟的温度和压力较文献高， so 在无晶种的情况下形成不了水合物呢？您有没有试试在250k和 ...

我今天开始跑一下这个条件，也设定5 微秒。
试过了这个250 K温度和50 Mpa压力，很快就会出现笼状结构了。

Dalin

牧生 发表于 2021-9-16 12:16
https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937

这个教程，已经很详细了，努力照着做，一定能成功。最好全程 ...

老师，我进这个网址，里面原作者分享的文件失效了，您这边还有当时练习的相关文件资料嘛？感谢！

牧生

Dalin 发表于 2024-3-4 13:46
老师，我进这个网址，里面原作者分享的文件失效了，您这边还有当时练习的相关文件资料嘛？感谢！

freeze-MD.zip (226.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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该教程不一定全对，比如TIP4PICE的参数就需要使用更恰当的。


看我以前的
使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融化了 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 - 第2页 (keinsci.com)

xingxing123

牧生 发表于 2021-9-16 12:34
今天重新看了一遍这个问题，可以解决了。参照的是这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html ...

楼主你好，我按照相关的步骤建立了水合物的单胞（如图所示），但是有些氢键没办法显示，我猜测是建模过程中删减氢原子出了问题。我想请教两个问题：（1）在步骤一中，把氢原子放在最后是（6 Put hydrogens at the end），再选择自动成键的操作是4 Reorder according to bonding (making indices contiguous in every fragment)这个选项吗？（2）步骤二中，手动删除O后面多余的氢原子是直接把O后面第三、四个氢删掉，还是随机删掉两个都可以呢？

牧生

xingxing123 发表于 2024-5-1 21:23
楼主你好，我按照相关的步骤建立了水合物的单胞（如图所示），但是有些氢键没办法显示，我猜测是建模过程 ...

（1）是的
（2）我已经忘了，隐约记得是随便删了两个，此时不合理没关系，跑一下MD就好了

Flyearth

牧生 发表于 2021-8-21 15:28
就是用已有的冰晶胞，用packmol加上水和甲烷。如9楼所示的那样，然后低温高压下MD

我会继续尝试其他的 ...

我想问一下您解决了水结冰然后气体分子形成气泡的问题了吗，我现在也遇到了，我跑了200ns依然是这种情况，可以交流交流吗

牧生

Flyearth 发表于 2025-3-12 10:14
我想问一下您解决了水结冰然后气体分子形成气泡的问题了吗，我现在也遇到了，我跑了200ns依然是这种情况 ...

解决了的啊，如果只是水和气体，就要比较低的温度和比较高的压力（如250K，30 MPa）。。

如果有种子，对温度和压力的需求就比较温和（如260K，10MPa）。

Flyearth

牧生 发表于 2025-3-12 10:55
解决了的啊，如果只是水和气体，就要比较低的温度和比较高的压力（如250K，30 MPa）。。

如果有种子， ...

我是在250K、70MPa的条件下，把丙烷、氢气还有水放一块跑了200ns，本来是想合成掺氢的丙烷水合物的，后面看轨迹文件差不多刚刚跑一会就结成气泡了，感觉看不到合成水合物的可能性，有看到一些群里讨论说这种结晶要2000ns，也不知道是设置错误了还是步数不够，挺郁闷的

牧生

Flyearth 发表于 2025-3-12 11:08
我是在250K、70MPa的条件下，把丙烷、氢气还有水放一块跑了200ns，本来是想合成掺氢的丙烷水合物的，后面 ...

200 ns，其实挺短的。还需要更长时间。1万原子左右，4090一天大约能跑1500 ns。

按理论水气比应该多少，你就设置到差不多就行，不能明显偏离比例范围，这样才比较容易观察到形成水合物。

实际上，我自己也尝试过跑氢气水合物，从来没成功过。

但是我跑甲烷，CO2，硫化氢水合物都是没问题的。

Flyearth

牧生 发表于 2025-3-12 11:26
200 ns，其实挺短的。还需要更长时间。1万原子左右，4090一天大约能跑1500 ns。

按理论水气比应该多少 ...

那在形成水合物结构之前，会出现气泡属于正常现象吗

牧生

Flyearth 发表于 2025-3-12 11:33
那在形成水合物结构之前，会出现气泡属于正常现象吗

是正常的

Flyearth

牧生 发表于 2025-3-12 12:08
是正常的

老师，我将之前计算的水合物体系增加到了3000ns，但是水分子与气体分子分层的现象依然存在，感觉依然没有形成水合物的趋势，不知道应该如何去改善解决呢
C:\Users\111\Desktop\1.PNG

牧生

Flyearth 发表于 2025-4-10 10:03
老师，我将之前计算的水合物体系增加到了3000ns，但是水分子与气体分子分层的现象依然存在，感觉依然没有形 ...

如果没有在体系中预先加入小块水合物晶体作为种子，一般很难看到水合物的形成。

如果你单纯的用tip4pice和甲烷来跑水合物的形成，温度设为260-240k之间，压力400bar以上，还有可能在有限的时间内看到甲烷水合物成核和生长。

这个过程具有随机性，可能跑了5微秒也没有，也可能1微秒就有了。


你这个体系中，看起来气体分子不是甲烷，需要自己再根据该种气体分子形成水合物的理论比例，确认好水气的个数比例。