Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样

Chris——szk · 发表于 Post on 2021-7-23 14:41:45

wuzhiyi 发表于 2021-7-22 21:17
是还是崩溃，还是也没有崩溃？

没有崩溃，就是一直提示这样子的段错误，我发现在官方中提供的文档当中它也同时提供了力场文件，不知道是否需要按照他这样对于具体的体系提供具体的参数？然后体系在前面能量最小化和限制性模拟的时候都没有提示这样子的段错误，再确立好QMatoms之后grompp那一步就发生了段错误相关的提示吧，不知道gromacs和cp2k在做模拟之前是否有必要加上nvt和npt系综的模拟呢

，我在采用那个这样子的方式通过PDB进行简单的qm优化的时候也会出现这样子的段错误的提示emm，谢谢老师解答，不知道是不是盒子的设置上的不合理呢emmm,我用的是WSL2的子系统，谢谢老师哇

@Bruce · 发表于 Post on 2021-8-25 10:13:51

wuzhiyi 发表于 2021-7-22 21:17
是还是崩溃，还是也没有崩溃？

您好。同样的，我使用自己的文件时出现“吐核，段错误“，但是使用例子：小分子在水中的文件并无问题。我的体系比该例子多了上百个水分子。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-8-30 17:40:10

@Bruce 发表于 2021-8-25 10:13
您好。同样的，我使用自己的文件时出现“吐核，段错误“，但是使用例子：小分子在水中的文件并无问题。 ...

能不能把文件和具体的命令提供给我一下？我测试一下，谢谢。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-8-30 17:40:35

Chris——szk 发表于 2021-7-23 14:41
没有崩溃，就是一直提示这样子的段错误，我发现在官方中提供的文档当中它也同时提供了力场文件，不知道是 ...

能不能把文件和具体的命令提供给我一下？我测试一下，谢谢。

HZW · 发表于 Post on 2021-8-31 09:58:12

你好，老师，Plumed安装的时候不需要安装其它额外的库吗？为啥我最近编译Plumed一直弄不上。

@Bruce · 发表于 Post on 2021-8-31 16:49:02

wuzhiyi 发表于 2021-8-30 17:40
能不能把文件和具体的命令提供给我一下？我测试一下，谢谢。

命令：
gmx_mpi_d grompp -f em-qmmm.mdp -c gmx-cp2k-qmmm-test.gro -p system.top -n index.ndx -o em-qmmm.tpr
谢谢！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-9-6 20:53:29

本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-9-6 23:43 编辑

@Bruce 发表于 2021-8-31 16:49
命令：
gmx_mpi_d grompp -f em-qmmm.mdp -c gmx-cp2k-qmmm-test.gro -p system.top -n index.ndx -o em ...

非常感谢，确实是一个问题，金和银时比较蛋疼的金属，所以一开始没有收录进去。我和开发者联系了一下，把这两个金属给加进去，请参照第一页下载最新的gromacs进行编译。不过你需要自己修改生成的inp文件，来给他加上合适的基组和peusdopotentials，千万别用默认的。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-9-6 20:54:31

HZW 发表于 2021-8-31 09:58
你好，老师，Plumed安装的时候不需要安装其它额外的库吗？为啥我最近编译Plumed一直弄不上。

一般来说不需要。。。plumed编译不了可能有很多的问题。。。

HZW · 发表于 Post on 2021-9-6 21:14:33

wuzhiyi 发表于 2021-9-6 20:54
一般来说不需要。。。plumed编译不了可能有很多的问题。。。

我看官方安装教程说强烈建议安装blas和lapack这两个库，可以提升速度。好像最新版的现在自带这两个库

@Bruce · 发表于 Post on 2021-9-7 17:34:46

wuzhiyi 发表于 2021-9-6 20:53
非常感谢，确实是一个问题，金和银时比较蛋疼的金属，所以一开始没有收录进去。我和开发者联系了一下，把 ...

非常感谢！刚卸载重装，并顺利运行。

yxp212121 · 发表于 Post on 2021-11-1 23:31:34

请问老师，openblas、lapack和openMPI必须要事先装好吗，可不可以用install_cp2k_toolchain.sh一起安装？
如果我事先只安装了openMPI,cp2k8.2安装是正常的，但gromacs2021.2安装就会报错

这是怎么回事？

Aridea · 发表于 Post on 2021-11-21 20:36:42

大佬，请教几个问题呀~
1. 我调用cp2k plumed2.62做了well temper mtd，然后单独去github下载安装了同版本的plumed2.6.2来后处理得到的HILLS文件。执行的plumed sum_hills --hills HILLS得到了fes.dat文件。我看hill和convar文件里定义的两个distance的cv还是0-1.5的变化区间，处理后的得到的fes.dat两个cv变成了-0.8-1.7了，这个距离cv处理后出现负值是啥情况呀.
2.上面单独下载安装plumed2.6.2的配置是不是和cp2k编译toolchain安装的plumed配置是不一样的导致的后处理有问题呀，请问cp2k+plumed得到的文件有啥办法调用cp2k里的plumed做后处理嘛
3.我看plumed的默认长度单位为nm 能量都是kJ/mol啥的,cp2k里默认单位长度为A，能量为hartree。这里plumed.dat的输入文件里如果我没指定统一到cp2k的单位，而是用plumed默认的单位出入的参数。最后计算会不会有问题啊，大佬的单位一般是怎么处理的呢，要不要把plumed里单位指定并统一到cp2k一致呢
4. plumed官网教程里我一直不明白reweight和histrogram到底是干啥的这个和直接用sum_hills得到的fes.dat有啥区别呢，如果想得到well temper mtd两个cv的自由能面，后处理怎么输入呢
5.在plumed.dat的输入里我定义了两个距离cv的upper和lower wall。正常得到的Hills和COLVAR文件里的两个cv值也的确基本落在我设定的两个wall的范围内。但是我查看xyz轨迹和普通AIMD轨迹有点像。明显两个距离cv没有达到Hills里的地方呀，例如CV1 指向A B原子的distance，为啥有时候CV1距离都0了这受力上不可能啊，而且轨迹里并没有这么近的距离轨迹显示呀
6.下次再问吧，怕把大佬吓跑不会我了，
救救我~~~~救救我~~

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-11-22 18:19:01

1. 我调用cp2k plumed2.62做了well temper mtd，然后单独去github下载安装了同版本的plumed2.6.2来后处理得到的HILLS文件。执行的plumed sum_hills --hills HILLS得到了fes.dat文件。我看hill和convar文件里定义的两个distance的cv还是0-1.5的变化区间，处理后的得到的fes.dat两个cv变成了-0.8-1.7了，这个距离cv处理后出现负值是啥情况呀.

因为自由能是用格点算的，所以格点的分布会对上下限有影响，用--min和--max手动设置上下限。

2.上面单独下载安装plumed2.6.2的配置是不是和cp2k编译toolchain安装的plumed配置是不一样的导致的后处理有问题呀，请问cp2k+plumed得到的文件有啥办法调用cp2k里的plumed做后处理嘛

cp2k装的plumed在cp2k-8.2/tools/toolchain/build/plumed-2.6.2

3.我看plumed的默认长度单位为nm 能量都是kJ/mol啥的,cp2k里默认单位长度为A，能量为hartree。这里plumed.dat的输入文件里如果我没指定统一到cp2k的单位，而是用plumed默认的单位出入的参数。最后计算会不会有问题啊，大佬的单位一般是怎么处理的呢，要不要把plumed里单位指定并统一到cp2k一致呢

不会。你既可以在plumed里设置plumed单位，也可以在cp2k设置cp2k单位。

4. plumed官网教程里我一直不明白reweight和histrogram到底是干啥的这个和直接用sum_hills得到的fes.dat有啥区别呢，如果想得到well temper mtd两个cv的自由能面，后处理怎么输入呢

reweight 是你采样用一个CV，但想得到另一个CV的自由能平面是用的。histrogram你要算啥？你要得到你采样的CV对应的自由能直接用sum_hills就行啊，你还要啥输入？

5.在plumed.dat的输入里我定义了两个距离cv的upper和lower wall。正常得到的Hills和COLVAR文件里的两个cv值也的确基本落在我设定的两个wall的范围内。但是我查看xyz轨迹和普通AIMD轨迹有点像。明显两个距离cv没有达到Hills里的地方呀，例如CV1 指向A B原子的distance，为啥有时候CV1距离都0了这受力上不可能啊，而且轨迹里并没有这么近的距离轨迹显示呀

如果采样没到的话，自由能按照已有的高斯进行外推得到。

Aridea · 发表于 Post on 2021-11-28 23:58:30

wuzhiyi 发表于 2021-11-22 18:19
1. 我调用cp2k plumed2.62做了well temper mtd，然后单独去github下载安装了同版本的plumed2.6.2来后处理得 ...

今天才看到，大佬回复我论坛没消息提醒，多谢大佬指点，我用cp2k自带的MTD和plumed做了两次测试，两个距离cv范围100ps最后得到的fes结果很不一样特别奇怪：
1.plumed sum_hills得到的两个cv和file.fes做的图是这里灰色的这个，感觉好多空白区域是不是还没跑出这个hill，然后其他地方没采样到呀，按理说100ps时间不少了，不知道输入里那些参数可以进一步改进呢
uwall: UPPER_WALLS ARG=CV1,CV2 AT=1.5,1.5 KAPPA=1000.0,1000.0 EXP=2,2 EPS=1,1 OFFSET=0,0
lwall: LOWER_WALLS ARG=CV1,CV2 AT=0.10,0.10 KAPPA=1000.0,1000.0 EXP=2,2 EPS=1,1 OFFSET=0,0
metad: METAD ARG=CV1,CV2 PACE=200 HEIGHT=1.2 SIGMA=0.35,0.35 FILE=HILLS BIASFACTOR=12 TEMP=298.15 STRIDE=1

2.cp2k自带的MTD,官网后处理py脚本生成的，脚本里大概是对COLVAR的那个文件做的histogram然后log后*-kt处理的，是这里彩虹色的图，像素感特明显。不知道下面那些参数可以改进呢

100000fs, 1fs, NT_HILLS 100, WW 1.5E-3, SCALE 0.3， DIRECTION WALL_PLUS下面所有的K [kcalmol] 2.0

3.另一个问题就是plumed和cp2k这里后处理fes似乎不太一样。plumed的well-temper的后处理sum_hill之后得到的fes.dat直接作图就是需要的fes嘛?
cp2k官网脚本的对histrogram统计处理后的fes能量似乎对于一个体系里几个并行算例（掺杂元素不同）最后得到的自由能bar的range几乎是一样的就很难理解，正常不同系统自由能面应该有明显差别的吧
还有cp2k和plumed的MTD里的fes数值差异挺大的，例如这两个图里plumed 自由能bar大概80kJ/mol≈0.8eV, 而cp2k处理fes的自由能bar范围大概只有0.24eV，这个怎么理解好呀

问题比较多，给大佬递阔落了~

xj1318850094 · 发表于 Post on 2021-12-10 00:31:24

Chris——szk 发表于 2021-4-8 12:02
老师你好，刚刚我修改了gromacs的版本在试了一次，在make这一步出现这样子的报错应该如何解决呢：libxsmm ...

您好，编译时我也出现了同样的错误，请问您是怎样解决的呢

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