计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9726|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA做TDDFT计算时出现I/O Operation Failed问题

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

57

eV
积分
61

Level 2 能力者

各位老师好,本人计算小白,刚开始用ORCA做TDDFT计算,遇到“FATAL ERROR ENCOUTERED” "I/O OPERATION FAILED"问题,输入文件如下:

! B3LYP D3 def2-TZVP def2/J def2-TZVP/C RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF opt freq noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs   8 end
%tddft
nroots 10
TDA false
end
* xyz   0   1
C      0.84484901    5.92903392   -9.34042271
C      0.78991981    7.13917346   -8.71639172
……
*
<span]ATI-Ex.proc6.scfgrad后就没有进行下去了。
<span]请问各位老师这是什么问题?该如何解决?谢谢各位老师!

2425

帖子

1

威望

6197

eV
积分
8642

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-3-3 14:20:31 | 只看该作者 Only view this author
再来一次。

如果还这样,
可以考虑添加或者更换一个硬盘。

如果是多人共用的存储,
可以考虑修改读写目录。

或者还有其他可能,

先重跑一次吧。

另,RIJCOSX,gridx4,你是搞笑的吗?
或者建议,优化和能量计算,分开做。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

4

帖子

0

威望

57

eV
积分
61

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 15:53:33 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-3-3 14:20
再来一次。

如果还这样,

请问RIJCOSX,grid4是有什么问题?开始还不太会写命令,用Multiwfn生成了一个输入文件。

2425

帖子

1

威望

6197

eV
积分
8642

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-3-3 17:53:33 | 只看该作者 Only view this author
11hanche 发表于 2021-3-3 15:53
请问RIJCOSX,grid4是有什么问题?开始还不太会写命令,用Multiwfn生成了一个输入文件。

看手册,
我就不粘贴复制了。

搜索RIJCOSX就看到了。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2021-3-3 19:53:41 | 只看该作者 Only view this author
11hanche 发表于 2021-3-3 15:53
请问RIJCOSX,grid4是有什么问题?开始还不太会写命令,用Multiwfn生成了一个输入文件。

GridX4太小了。TDDFT单点可能还可以,但是opt freq肯定不行,容易结构优化不收敛,频率计算也容易有假虚频。
另外你确定你是要做激发态结构优化吗(而不是先做基态结构优化再在基态结构基础上算TDDFT)?如果只优化第一激发态的结构,不需要写nroots 10,一般可以把nroots设成1或者2(取决于第一激发态和第二激发态离得多远),占用硬盘会小很多。此外也可以考虑把基组减小到def2-SVP,对于一般的体系,尤其是def2-TZVP跑不动的那种大体系,def2-SVP对于结构优化来说还算可以接受,最后用triple-zeta基组算个单点就行了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-3-3 23:05:43 | 只看该作者 Only view this author
如果是量化初学者,建议先从Gaussian上手,遇到问题的几率会小得多。优化第一激发态算最低三个态足矣(这也是Gaussian默认的)。ORCA不像G16那样有TDDFT的解析Hessian,算freq这一步耗时极高
激发态优化用低档次3-zeta基组诸如6-311G*或def-TZVP完全足够,没要带f极化的昂贵的3-zeta基组诸如def2-TZVP。一般def2-SVP也可以接受。

另外,TDDFT计算用PBE0多数情况比用B3LYP更合适

相关信息看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

57

eV
积分
61

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-4 08:51:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-3 19:53
GridX4太小了。TDDFT单点可能还可以,但是opt freq肯定不行,容易结构优化不收敛,频率计算也容易有假虚 ...

谢谢解答,我重新算下试试。
基态结构优化后算的激发态,是想算吸收和发射光谱,所以先算了10个态。

4

帖子

0

威望

57

eV
积分
61

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-4 09:00:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-3 23:05
如果是量化初学者,建议先从Gaussian上手,遇到问题的几率会小得多。优化第一激发态算最低三个态足矣(这也 ...

谢谢sob老师,我再试试。
鉴于高斯版权问题,目前只能从开源软件入手,配合购买的MOMAP。是想计算分子的吸收和发射光谱以及其它激发态的性质,请问老师ORCA相比其它开源量化软件是否更适合做激发态的计算?
sob老师提到的三篇文章都看过了,没学到位,我会再详细看看。

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-3-4 23:44:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-3-4 23:46 编辑
11hanche 发表于 2021-3-4 08:51
谢谢解答,我重新算下试试。
基态结构优化后算的激发态,是想算吸收和发射光谱,所以先算了10个态。

那你输入文件写错了,opt freq和%tddft写在同一个文件里,意思是优化激发态结构然后算激发态频率,而不是做基态结构优化和频率分析之后再做个TDDFT。要优化基态结构然后在优化的结构上算激发态,opt freq和%tddft必须是两个独立的输入文件。又或者也可以用$new_job连接成一个输入文件,但是我个人不太喜欢那样做,容易引起歧义。如果你的意思是你已经把基态优化做完了,现在这个输入文件就是做激发态结构优化的(算发射光谱用),那么输入文件写得也有问题,因为一次只能优化一个态,而且默认优化第一个态,你现在的写法等于优化第一个激发态的结构,但是算10个态,这样会浪费很多计算量。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2021-3-5 00:03:23 | 只看该作者 Only view this author
11hanche 发表于 2021-3-4 09:00
谢谢sob老师,我再试试。
鉴于高斯版权问题,目前只能从开源软件入手,配合购买的MOMAP。是想计算分子的 ...

ORCA根本不是开源程序

在免费程序里,TDDFT方面ORCA是首选
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 00:45 , Processed in 1.141081 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list