求助金颗粒与多肽动力学模拟添加金属原子力场问题

牧生

lyj714 发表于 2021-6-20 11:43
我说了让你看警告信息的，你怎么就不看。这么对比没意义

对比了一下铝板和铁板与水溶液接触的过程，唯一的区别在于，使用铁板的做em的时候，多了一个note，

NOTE 1 [file em.mdp]:
  You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have
  verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance.

其余的警告都是因为使用gromos54a7_atb.ff力场而出现的警告，这个忽略即可。

那么，可能问题出在这个note上面，这个该怎么解决呢？verlet-buffer-tolerance和rlist是自动设定的吗？

lyj714

牧生 发表于 2021-6-20 13:32
对比了一下铝板和铁板与水溶液接触的过程，唯一的区别在于，使用铁板的做em的时候，多了一个note，

NO ...

就是这个力场的原因啊，非要让我点出问题，我引导你看警告不是没有原因的，如果你做铁，还自己添加了铁的原子信息到ffnbonded.itp中中，肯定会有一个atomtype defined previously警告，这就已经体现了错误地方。明显这个力场中已经添加了有一个铁原子类型了，就在ffnobonded.itp中，自己睁大眼睛去看，注释掉所有关于原先这个铁的所有行，包括预先定义的非键参数那些行。
所以我一直都不提倡那些一遇到警告都不仔细看完，就添加什么-maxwarn去忽略的做法，简直害人不浅。有些警告是必须注意的

牧生

lyj714 发表于 2021-6-20 14:35
就是这个力场的原因啊，非要让我点出问题，我引导你看警告不是没有原因的，如果你做铁，还自己添加了铁的 ...

给大佬递冰可乐。

问题解决了。我输入参数是没有问题的，gromos54a7_atb.ff里面，ffnonbonded.itp只有我输入的参数，先前有的铁参数，我已经删掉的。

真正的原因在NOTE里面提到了，
NOTE 1 [file em.mdp]:
  You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have
  verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance.

于是，将em.mdp里面，将金板适用的这两个0.9，改成1，结果就很正常了。
rcoulomb                    = 0.9   改成1
rvdw                            = 0.9  改成1

angervlf

lyj714 发表于 2021-3-12 12:22
我怀疑你金的参数不对，你这个top中也看不出你具体非键参数写的什么(ffnonbonded.itp)。如果你是照搬sob的 ...

我不太理解，gromacs软件里自带的amber力场不也是已经经过转化的嘛，用的也是C6和C12吧，为什么还要进行转化？

牧生

angervlf 发表于 2023-6-27 06:11
我不太理解，gromacs软件里自带的amber力场不也是已经经过转化的嘛，用的也是C6和C12吧，为什么还要进行 ...

因为文献给出的参数不是标准的参数，所以要转化

angervlf

牧生 发表于 2023-6-27 09:37
因为文献给出的参数不是标准的参数，所以要转化

是的是的，感谢，sob大佬的那篇博文后面没有看，现在理解了