关于TS confirmation的问题，一直不确认过渡态

lzc

各位老师，我最近找了个TS 以后，用MS/castep里面的TS confirmation进行过渡态确认，但是出现下面的情况 ，这个是表示我前面的过渡态搜索时有问题吗？都已经path9了，因为体系比较大，时间太长了，麻烦各位老师帮忙分析一下，谢谢谢谢

zyj19831206

没有看到极小点，就表示没找到。

卡开发发

看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-27 06:12
看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

是不是极小点？具体你说的应该怎么操作？

smutao

卡开发发 发表于 2015-11-27 06:12
看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

这个图是怎么得到的？
感觉看着很智能

卡开发发

smutao 发表于 2015-11-27 12:00
这个图是怎么得到的？
感觉看着很智能

直接对过渡态搜索产生的轨迹做过渡态确定，程序很智能，操作很无脑。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-27 10:59
是不是极小点？具体你说的应该怎么操作？

我个人觉得可以把任务停下，数据传回来，然后提取0.56这个构型做个优化看看与你先前的反应物或产物是否一致，不一致的话就分别对反应物、中间体，中间体、产物分别搜索过渡态看看。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-27 12:42
我个人觉得可以把任务停下，数据传回来，然后提取0.56这个构型做个优化看看与你先前的反应物或产物是否一 ...

是观察红外光谱振动，然后把那个特定频率提取出来吗？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-27 14:36
是观察红外光谱振动，然后把那个特定频率提取出来吗？

要么看输出文件中的0.56的构型对应的原子坐标，要么看轨迹文件0.56那一桢的结构

smutao

可以试试把卡开发发说的那个0.56的结构取出来
做一个频率计算 往往会得到多个虚频
然后 看看有没有对应过渡态的虚频振动结构
如果有的话 说明离过渡态不远了

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-27 17:04
要么看输出文件中的0.56的构型对应的原子坐标，要么看轨迹文件0.56那一桢的结构

我今天测试了confirmation 发现xtd 文件只有一步步，没有看到配位数啊

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-12-1 22:51
我今天测试了confirmation 发现xtd 文件只有一步步，没有看到配位数啊

和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根据这个一帧一帧往后翻，实在不行也只好outmol文件里面找找对应的坐标，拷贝出来重新转成xsd文件。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

还是不明白怎么选取

zyj19831206

zyj19831206 发表于 2015-12-2 10:42
还是不明白怎么选取

明白了，要首先导入energy evolution,才能一个个查看每个配位的结构。

小木木虫

您好，我做TS confirmation时，程序报错，原因Molecular superposition and fix atoms are incompatible，这个您会解决吗？恳请帮助，谢谢