关于TS confirmation的问题，一直不确认过渡态

SUN12

卡开发发 发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

老师，您好，没弄明白这个image 3 怎么提取出来啊，或者说对应与xtd的哪一帧啊？（xtd的frame有65个）

Message: Summary of NEB images after Macroiteration   5


     Image           Neighbours      Energy     Max_Gradient  P_value

## Reactant       1    0  1  0     -19.451866      0.0008      0.0000
## Image          2    1  4  6     -19.448387      0.0020      0.3460
## Image          3    6  7  8     -19.451518      0.0071      0.3821
## Image          4    7  8  2     -19.449347      0.0013      0.3872
## Image          5    4  6  7     -19.447440      0.0026      0.3912
## TS             6    0  2  0     -19.388468      0.0133      0.6741
## Image          7    2  9 10     -19.459901      0.0008      0.8182
## Image          8    9 10 11     -19.456462      0.0008      0.8209
## Image          9   10 11  3     -19.456555      0.0009      0.8372
## Product       10    0  3  0     -19.485960      0.0008      1.0000


##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS was found at:

## Image          3    6  7  8     -19.451518      0.0071      0.3821

卡开发发

SUN12 发表于 2021-5-17 20:26
老师，您好，没弄明白这个image 3 怎么提取出来啊，或者说对应与xtd的哪一帧啊？（xtd的frame有65个）

...

我忘了是不是返回的那个xsd结构应该对应那个找到的极小，这个没有什么印象了，你可能需要自己找一下资料。

SUN12

卡开发发 发表于 2021-5-17 21:08
我忘了是不是返回的那个xsd结构应该对应那个找到的极小，这个没有什么印象了，你可能需要自己找一下资料 ...

好滴，谢谢您

SUN12

卡开发发 发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

老师，您好，我在outmol 里找到了对应坐标（是原子坐标），我想问一下，怎么能将原子坐标转换成分数坐标呢？（因为我想通过VASP 的POSCAR，用VESTA打开，存成cif）

卡开发发

SUN12 发表于 2021-5-18 08:45
老师，您好，我在outmol 里找到了对应坐标（是原子坐标），我想问一下，怎么能将原子坐标转换成分数坐标 ...

你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

SUN12

卡开发发 发表于 2021-5-18 09:17
你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

谢谢您

SUN12

卡开发发 发表于 2021-5-18 09:17
你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

Lattice:
translation vector [a0]    1   35.882119661    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2   17.941059831   31.074827168    0.000000000
translation vector [a0]    3    0.000000000    0.000000000   28.345891875
Cell volume        31606.539 a0^3


df              ATOMIC  COORDINATES (au)                  DERIVATIVES (au)
df            x          y          z            x          y          z
df    C     2.787312   0.120162  13.934592    -0.000301  -0.001114  -0.000485
df    C     5.433432   0.187045  14.031137     0.002738  -0.000560  -0.000237
df    C     7.771757   0.199815  14.111743    -0.005282  -0.000687  -0.000653
df    C    10.302937   0.173302  14.130927     0.007123  -0.000939  -0.000335
df    C    12.642931   0.092108  14.107026    -0.006510  -0.000260  -0.000217
df    C    15.285531   0.054883  14.016733     0.000839  -0.000333  -0.000247
df    C     7.687553  13.249256  13.557535    -0.000532  -0.001013   0.000174
df    C     6.358403  10.955136  13.570433     0.000015   0.000612   0.000120
df    C     5.124516   8.968634  13.614169     0.001143  -0.000371   0.000511
df    C     3.827543   6.787658  13.686042    -0.002015  -0.004857   0.000034
df    C     2.649840   4.762334  13.752275     0.001932   0.003858  -0.000540
df    C     1.370437   2.441305  13.806282    -0.000214  -0.000714  -0.000267
df    C    10.404662  13.261482  13.553963     0.000340  -0.000963   0.000200
df    C    11.743167  10.969179  13.573431    -0.003046   0.004075  -0.000297
df    C    12.912777   8.950678  13.616866     0.002379  -0.005069   0.000357
df    C    14.160138   6.733910  13.688992    -0.000026   0.000511  -0.000081
df    C    15.319496   4.703824  13.756949    -0.000006   0.000492  -0.000068
df    C    16.639361   2.402601  13.831998     0.000238  -0.000124  -0.000238
df    C   -15.170955   0.047781  13.800285     0.000725   0.000399  -0.000131
df    C   -12.513835   0.037227  13.736443    -0.003610  -0.000199   0.000336
df    C   -10.177910   0.002354  13.720430     0.004373  -0.000233   0.000093
df    C    -7.630530  -0.034169  13.724506    -0.005111  -0.000101  -0.000016
df    C    -5.295356  -0.070403  13.743419     0.003578   0.000205   0.000211
df    C    -2.640198  -0.020027  13.787731    -0.000761   0.000210  -0.000322
df    C    25.535047  13.264895  13.456540    -0.000064   0.000573  -0.000333
df    C    24.151538  11.006151  13.396670     0.000215   0.000158   0.000160
df    C    22.966280   8.989778  13.371134     0.001097   0.001262   0.000684
df    C    21.730572   6.775609  13.414336    -0.001639  -0.005016   0.000731
df    C    20.645888   4.702594  13.543430     0.002686   0.004572   0.000194
df    C   -16.529070   2.398785  13.719624    -0.000214  -0.000773   0.000244
df    C    -7.633680  13.182370  13.536591     0.000474  -0.000825   0.000151
df    C    -6.373873  10.845265  13.434431    -0.001018   0.002220   0.000517
df    C    -5.220362   8.815078  13.369504     0.001108  -0.000891   0.001167
df    C    -3.940178   6.619737  13.392620     0.002926  -0.003543   0.001232
df    C    -2.724287   4.619440  13.495627    -0.002465   0.004554   0.000353
df    C    -1.341762   2.365159  13.692139     0.000038  -0.000794   0.000067
df    C    -6.201108 -15.451895  13.564278     0.000278  -0.000769   0.000049
df    C    -3.549814 -15.404070  13.497358    -0.003810  -0.000544   0.000150
df    C    -1.220716 -15.337254  13.420191     0.005456  -0.001026  -0.000265
df    C     1.322812 -15.316715  13.345861    -0.005403  -0.000208   0.000070
df    C     3.653433 -15.341758  13.305703     0.004567   0.001342  -0.000206
df    C     6.305762 -15.410690  13.381780    -0.000120   0.001318  -0.000145
df    C    -1.216166  -2.337545  13.899855    -0.000043   0.000309  -0.000276
df    C    -2.490900  -4.661897  13.930641    -0.002306  -0.003055  -0.000168
df    C    -3.683228  -6.676792  13.925782     0.001902   0.004718  -0.000661
df    C    -5.000587  -8.843854  13.868276    -0.002645  -0.003243  -0.000799
df    C    -6.241649 -10.825836  13.771911     0.001844   0.002567  -0.000051
df    C    -7.573717 -13.114414  13.657395     0.000476  -0.000269   0.000346
df    C     1.494027  -2.265124  13.908644     0.000091  -0.001050  -0.000241
df    C     2.875284  -4.547981  13.760951    -0.001683   0.000797  -0.000353
df    C     4.013169  -6.565217  13.453824     0.001512  -0.001301   0.000223
df    C     5.434969  -8.589216  12.697483     0.000611   0.001426  -0.001374
df    C     6.648782 -10.743616  12.656566     0.002043   0.002128  -0.001014
df    C     7.748355 -13.125963  13.367653     0.000463   0.001444  -0.000023
df    C    -6.207666  15.486373  13.733492    -0.000572   0.000801  -0.000473
df    C    -3.558586  15.429547  13.796694     0.002163   0.000515  -0.000824
df    C    -1.218345  15.440651  13.718856    -0.003493   0.000070   0.000040
df    C     1.317249  15.479422  13.627826     0.004570   0.000841   0.000844
df    C   -14.282773 -15.519813  13.585860    -0.003271   0.000240   0.000640
df    C   -11.631484 -15.483671  13.580245     0.000488  -0.000070   0.000278
df    C   -19.253328  -2.306593  14.065843    -0.000229  -0.000506  -0.000269
df    C   -20.581717  -4.612305 -14.171041     0.000917   0.002708  -0.000700
df    C    14.113874  -6.626200 -14.155112    -0.001182  -0.004276  -0.000693
df    C   -23.006887  -8.857445  14.119073     0.004183   0.005635   0.000697
df    C   -24.105597 -10.914461  13.985378    -0.001651  -0.004777  -0.002051
df    C   -25.447224 -13.197987  13.730734     0.000399   0.001691  -0.000347
df    C   -16.537737  -2.302389  13.946041    -0.000583   0.001131   0.000123
df    C   -15.210454  -4.589880  13.937478     0.003163  -0.005450  -0.000046
df    C   -14.008411  -6.600791  13.892842    -0.004179   0.006345  -0.000244
df    C   -12.741798  -8.792088  13.811629     0.000609  -0.003016  -0.000084
df    C   -11.594382 -10.826994  13.725080    -0.000909   0.000701   0.000394
df    C   -10.284172 -13.125759  13.648962    -0.000176   0.000198   0.000328
df   Rh     7.353526  -8.905331   9.365940    -0.000157  -0.001433  -0.000964
df    O    10.283340  -7.402918   9.033198    -0.001850   0.001808   0.003968
df    O     5.541510  -9.942998   6.805356    -0.002631  -0.002065   0.001051

卡开发发

SUN12 发表于 2021-5-18 09:58
Lattice:
translation vector [a0]    1   35.882119661    0.000000000    0.000000000
translation v ...

建议上个完整的outmol，以及索引到对应结构的方式，我看看能否写个通用的程序。

SUN12

卡开发发 发表于 2021-5-18 10:48
建议上个完整的outmol，以及索引到对应结构的方式，我看看能否写个通用的程序。

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