比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-23 16:47:55

yuclark 发表于 2021-5-23 11:41
是否适用离子液体溶剂环境

不。
就算此模型或许适合，类似下文，但至少作者目前没有专门考虑过这种情况
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431（http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html）

yuclark · 发表于 Post on 2021-6-19 16:08:58

sobereva 发表于 2021-5-23 16:47
不。
就算此模型或许适合，类似下文，但至少作者目前没有专门考虑过这种情况
通过SMD溶剂模型描述离子 ...

多谢！

fatpig · 发表于 Post on 2021-6-23 16:57:15

用uESE测试了几个含过渡金属(Fe/Co)的中性分子及一价阳离子，对照体系是和实验值比较接近的SMD(M05-2X/6-31g*)数据。

对中性分子，得出的结果基本和SMD一致，可以用。

但对一价阳离子，uESE在某些solvent出现0.5eV级别的误差，但在某些solvent又比较准，所以这部分计算可能是有问题的，最好不要使用在含金属离子上。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-23 16:59:54

fatpig 发表于 2021-6-23 16:57
用uESE测试了几个含过渡金属(Fe/Co)的中性分子及一价阳离子，对照体系是和实验值比较接近的SMD(M05-2X/6-31 ...

作者的训练集里面没有考虑过渡金属的

fatpig · 发表于 Post on 2021-6-23 19:39:07

sobereva 发表于 2021-6-23 16:59
作者的训练集里面没有考虑过渡金属的

对，所以对比的对象是SMD，SMD的训练好像也没有考虑过渡金属吧。

根据测试，最好的还是直接用M05-2X/6-31g*，使用M05-2X/6-31g*/SDD或M05-2X/def2-TZVP的效果都不如M05-2X/6-31g*。

虽然样本不多，但看起来是SMD对中性和正一价的含金属化合物都勉强够用，uESE则部分正一价数据偏差较大，原因不明。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-24 01:08:08

fatpig 发表于 2021-6-23 19:39
对，所以对比的对象是SMD，SMD的训练好像也没有考虑过渡金属吧。

根据测试，最好的还是直接用M05-2X/6 ...

uESE经验性比SMD高得多，对于与训练集明显不同的体系，SMD更好是情理之中

Xian · 发表于 Post on 2021-7-19 21:03:35

Sob老师，请问一下，如果是想优化-2价的配体分子的结构，不需要算溶解自由能，那么可以用这个uESE溶剂模型吗？谢谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-19 21:10:07

Xian 发表于 2021-7-19 14:03
Sob老师，请问一下，如果是想优化-2价的配体分子的结构，不需要算溶解自由能，那么可以用这个uESE溶剂模型 ...

不行，因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了

Xian · 发表于 Post on 2021-7-19 22:00:22

wzkchem5 发表于 2021-7-19 21:10
不行，因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了

好的呢，那我去比较一下真空和PCM条件下优化的结构，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 22:11:33

Xian 发表于 2021-7-19 21:03
Sob老师，请问一下，如果是想优化-2价的配体分子的结构，不需要算溶解自由能，那么可以用这个uESE溶剂模型 ...

(2)uESE/xESE模型并不纳入SCF迭代过程中，也不影响电子结构，不能计算带溶剂模型时的受力和Hessian，相当于是一个“后”溶剂模型。uESE/xESE仅适合基于CM5电荷算溶解自由能的目的。由于uESE/xESE中的参数是基于气相下B3LYP/def2-TZVP级别的结构和波函数计算的CM5原子电荷拟合的，所以自己用uESE/xESE的时候CM5电荷也得在这个级别下计算。

Xian · 发表于 Post on 2021-7-19 22:22:07

sobereva 发表于 2021-7-19 22:11

谢谢老师，我再去看看帖子，加深印象

slope · 发表于 Post on 2021-7-20 18:07:49

老师，请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构，再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算，再用这个结构算uESE算溶解自由能吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-20 18:50:10

slope 发表于 2021-7-20 18:07
老师，请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构，再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算，再用这个结构算uE ...

可

lanthanum · 发表于 Post on 2022-12-11 18:51:40

请问，这个uESE或者SM12溶剂模型，有没有办法外调，用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。

chands · 发表于 Post on 2022-12-11 19:19:00

lanthanum 发表于 2022-12-11 18:51
请问，这个uESE或者SM12溶剂模型，有没有办法外调，用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。

没办法，见23楼。

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[综合交流] 比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

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