计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15346|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理求助

[复制链接 Copy URL]

51

帖子

0

威望

1278

eV
积分
1329

Level 4 (黑子)

使用acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理(比如硫酸根O-S-O的键角都是120度),请问有没有其他方法能够生成合理的力场参数?(类似的讨论 http://bbs.keinsci.com/thread-17149-1-1.html)

[ angles ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
     2      1      3      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O2 - S1   - O3        O -    x - O   
     2      1      4      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O2 - S1   - O4        O -    x - O   
     2      1      5      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O2 - S1   - O5        O -    x - O   
     3      1      4      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O3 - S1   - O4        O -    x - O   
     3      1      5      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O3 - S1   - O5        O -    x - O   
     4      1      5      1 ;    1.2005e+02    6.1588e+02 ;     O4 - S1   - O5        O -    x - O   


如果做成硫酸和碳酸分子,再用Ligpargen生成OPLS-AA参数,这样做合理么?(Ligpargen貌似目前不支持离子)。

谢谢大家。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-5-12 13:51:48 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“硫酸根、碳酸根的OPLSAA力场文件”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-5-12 13:54:45 | 只看该作者 Only view this author
本来acpype就不是专门适合产生OPLS-AA力场拓扑文件的,这种力场优先考虑ligpargen。ligpargen并非不支持离子,网页上直接就能设净电荷。

通常acpype都是产生GAFF力场的拓扑文件,至少对于硫酸根我试过毫无问题。如果发现acpype在自动通过AM1优化后结构不合理,就甭让acpype优化。把acpype.py里的self.ekFlag = ''改为self.ekFlag = '-ek maxcyc=0'。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

51

帖子

0

威望

1278

eV
积分
1329

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-12 14:41:42 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob回复。

我附上Gaussian已经优化好的mol文件( SO4.mol (547 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 30) ), 将这个文件上传到LigPargen(如下图所示),设定好电荷-2,submit后报错。换了硫酸根的SMILES也还是报错。


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-5-13 07:04:18 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2021-5-12 14:41
谢谢sob回复。

我附上Gaussian已经优化好的mol文件(), 将这个文件上传到LigPargen(如下图所示),设定好 ...

ligpargen对某些体系不兼容,不代表对所有离子体系不兼容,你提交个比如PhO-就能正常得到结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

51

帖子

0

威望

1278

eV
积分
1329

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-13 13:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-13 07:04
ligpargen对某些体系不兼容,不代表对所有离子体系不兼容,你提交个比如PhO-就能正常得到结果

谢谢Sob回复。查了一下OPLS-AA最新的力场文件,对于这两种阴离子都没有参数。可能是因为这个原因,LigParGen不能支持。

如果用GAFF力场进行计算,怎么生成阳离子(Zn2+,K+,Na+等)的参数文件呢。我试了一下acpype,没办法成功,谢谢sob。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-5-13 19:17:29 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2021-5-13 13:23
谢谢Sob回复。查了一下OPLS-AA最新的力场文件,对于这两种阴离子都没有参数。可能是因为这个原因,LigPar ...

这些阳离子在Amber力场自己的ions.itp里就有,直接include就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

23

eV
积分
24

Level 1 能力者

8#
发表于 Post on 2022-4-13 10:57:16 | 只看该作者 Only view this author
遇到同样的问题,需要硫酸根的力场参数,请问你最后是怎么解决的呢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-4-27 07:49:32 | 只看该作者 Only view this author
zhongyuan 发表于 2022-4-13 10:57
遇到同样的问题,需要硫酸根的力场参数,请问你最后是怎么解决的呢

http://sobereva.com/soft/Sobtop能轻易产生硫酸根的拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 02:50 , Processed in 0.307166 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list