2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-6-15 20:01:56

wzkchem5 发表于 2021-6-15 17:00
RI对于大体系确实不如DMol那种multipolar expansion，因为RI涉及Coulomb metric的Cholesky分解，而Coulom ...

这只是DMol3最高展开到16，虽然如此，如果非要判断误差情况你可以很简单比较8极和16极的收敛性测试，我想这不难实现。这样的数值计算中，做好收敛性测试工作尤为重要，并不应该对着默认值随手一选。当然，可能很多程序给出的默认值都是经过一些常见体系测试的，但是也许也有一些程序的参数可能就是随手提供的。基组不同固然不好比较积分，但是不表示这些基组不能比较误差，能量、本征值等结果仍然可以比较，这也是基组赝势构造应该要保证的问题。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-6-15 20:19:13

本帖最后由喵星大佬于 2021-6-15 22:02 编辑

wzkchem5 发表于 2021-6-15 19:49
按你经验，16极矩和4极矩的结果（绝对能量、结构之类的）大概能差多少？

数值没具体对比过，只能说只展开到四级距出来的结构基本合理。
不过在默认的8极下找过一些模型反应的过渡态，极小点和过渡态结构跟XX在差不多级别(同泛函，DNP4.4/6-31G**)下优化出来的几乎是重合的。

所以我说即使是预优化的情况下其实也能得到相当不错的初猜结构，后面优化用XX收敛速度非常快，一般不超过20步(切成了杂化泛函)，唯一的麻烦事就是这两个中间导结构。。。。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-6-16 00:09:36

喵星大佬发表于 2021-6-15 20:19
数值没具体对比过，只能说只展开到四级距出来的结构基本合理。
不过在默认的8极下找过一些模型反应的过 ...

过渡金属体系还是最好16。转换不麻烦，推荐ase

，直接xsd或car生成gjf，然后再改改就行了。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-6-16 00:21:27

卡开发发发表于 2021-6-16 00:09
过渡金属体系还是最好16。转换不麻烦，推荐ase，直接xsd或car生成gjf，然后再改改就行了。

我都是导出mol然后用gv改的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-18 19:23:04

喵星大佬发表于 2021-6-14 19:42
能利用局域性加速的前提是不能是导体，导体能带结构是连续的，OT方法不考虑smearing会有各种包括不限于不 ...

突然想起来sob老师做过dmol3、orca和某不能说软件的benchmark：
http://sobereva.com/508
根据这个结果，三四十个原子的体系，dmol3是和orca类似或略慢于orca的，如果两者有crossover point，可能在50个原子以上

xexlalalan · 发表于 Post on 2021-7-1 12:16:17

北大-陶豫发表于 2021-6-12 16:11
以前做量子化学计算的，不太懂第一性原理，想请大佬简单介绍一下，VASP、CP2K、Quantum Expresso 三种程序 ...

QE我没有用过，不太清楚，我只用过VASP和CP2K。个人认为VASP最大的优势是磁性体系的计算。VASP不需要指定体系的自旋多重度，可以自动优化磁矩和自旋多重度（不知道他用的是什么算法）。因此VASP在计算物理，还有具有磁性性质的固体计算中具有很大的优势。
不太清楚QE是不是也能这么做

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-1 15:24:15

xexlalalan 发表于 2021-7-1 05:16
QE我没有用过，不太清楚，我只用过VASP和CP2K。个人认为VASP最大的优势是磁性体系的计算。VASP不需要指定 ...

这个功能，用任何其他的软件搭配一个二三十行的脚本都可以做，无非就是不断改变自旋多重度直至能量最低

乘风万里 · 发表于 Post on 2021-7-7 16:30:37

xexlalalan 发表于 2021-7-1 12:16
QE我没有用过，不太清楚，我只用过VASP和CP2K。个人认为VASP最大的优势是磁性体系的计算。VASP不需要指定 ...

VASP自带的磁性优化算法不一定能优化出基态，单独体系一般都是手动设MAGMOM去算铁磁反铁磁的。而一般的高通量算晶体流程（比如Materials project），算的磁结构都不准的，优化出的绝大部分都是铁磁相。

xexlalalan · 发表于 Post on 2021-7-10 18:56:43

乘风万里发表于 2021-7-7 16:30
VASP自带的磁性优化算法不一定能优化出基态，单独体系一般都是手动设MAGMOM去算铁磁反铁磁的。而一般的高 ...

我一直也感觉VASP的算法计算的不太靠谱，也没有能检验它算的波函数的稳定性的方法。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-7-10 23:51:29

xexlalalan 发表于 2021-7-10 18:56
我一直也感觉VASP的算法计算的不太靠谱，也没有能检验它算的波函数的稳定性的方法。

磁性这个事情，初猜比较重要，各种优化也就那样了

biogon · 发表于 Post on 2021-9-12 13:08:39

xexlalalan 发表于 2021-7-10 18:56
我一直也感觉VASP的算法计算的不太靠谱，也没有能检验它算的波函数的稳定性的方法。

周期性体系的波函数稳定性检测至今都还没有成熟可用的代码

作业抄 · 发表于 Post on 2022-5-21 11:20:36

分享一篇审稿的意见，不知该说什么好

三个审稿人，两个给中，我给拒了，最后是接受了，还是个很好的期刊AEM

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[综合交流] 2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计